Ngày 10 tháng 9 năm 1945, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp thừa uỷ quyền của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt nam dân chủ cộng hoà ký Sắc lệnh số 27 - SL thành lập "Sở thuế quan và thuế gián thu" khai sinh Hải quan Việt Nam với nhiệm vụ “Thu các quan thuế nhập cảnh và xuất cảnh, thu thuế gián thu”. Sau đó, Ngành được giao thêm nhiệm vụ chống buôn lậu thuốc phiện và có quyền định đoạt, hoà giải đối với các vụ vi phạm về thuế quan và thuế gián thu.
Ngay sau khi thành lập, ngành thuế quan cách mạng đã dũng cảm đấu tranh không khoan nhượng với thực dân Pháp nhằm bảo vệ chủ quyền thuế quan của nhà nước. Kháng chiến bùng nổ, theo lời hiệu triệu của Hồ Chủ Tịch, ngành thuế quan tiến hành bao vây kinh tế địch, đấu tranh kinh tế với địch, phục vụ cho đường lối kháng chiến kiến quốc. Giai đoạn này cả nước bước vào cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược; Hải quan Việt Nam phối hợp cùng các lực lượng thực hiện chủ trương bao vây kinh tế và đấu tranh kinh tế với địch. Nhiệm vụ chính trị của Hải quan Việt nam thời kỳ này là bám sát và phục vụ kịp thời nhiệm vụ của Cách mạng, tạo nguồn thu cho Ngân sách quốc gia, kiểm soát hàng hoá xuất nhập khẩu, đấu tranh chống buôn lậu giữa vùng tự do và vùng tạm chiếm.
Hòa bình lập lại nhưng đất nước vẫn chia cắt, với tên gọi mới là Sở Hải quan Trung ương, cán bộ nhân viên Hải quan đã khắc phục khó khăn, vừa ổn định tổ chức vừa ra sức hoàn thành nhiệm vụ bảo vệ độc quyền ngoại thương ngoại hối của Nhà nước, trực tiếp góp phần vào phát triển kinh tế đối ngoại và phục vụ nhiệm vụ chi viện cho chiến trường miền Nam.
Sau chiến dịch Hồ Chí Minh lịch sử, miền Nam giải phóng, đất nước sum họp, ngành Hải quan cũng được thống nhất với tên gọi Cục Hải quan Trung ương thuộc Bộ Ngoại thương. Ngày 20/8/1984, Hội đồng Nhà nước phê chuẩn thành lập Tổng
cục Hải quan trực thuộc Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ). Hải quan Việt Nam được xác định là công cụ chuyên chính nửa vũ trang của Đảng và Nhà nước.
Sau Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ 6, cả nước chuyển mình theo đường lối đổi mới mà Đảng đề ra. Trong hơn 20 năm đổi mới của đất nước, ngành Hải quan đã có những bước tiến mạnh mẽ trên các mặt công tác, như cải tiến quy trình nghiệp vụ hải quan; cải cách thủ tục hành chính, đồng thời xây dựng tác phòng, lề lối làm việc chuẩn mực, hiện đại; tăng cường hiệu quả công tác giám sát quản lý, thu thuế xuất khẩu nhập khẩu; áp dụng khoa học kỹ thuật hiện đại, góp phần đắc lực vào sự phát triển hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, đầu tư du lịch, thúc đẩy hội nhập kinh tế quốc tế của đất nước.
Ngành Hải quan đã có nhiều cải tiến, cải cách thủ tục hành chính và đạt kết quả đáng kể. Ngành đã không ngừng nghiên cứu và triển khai áp dụng các kỹ thuật nghiệp vụ mới nhằm đơn giản hóa quy trình thủ tục hải quan, rút ngắn thời gian thông quan, áp dụng phương pháp quản lý rủi ro, bước đầu áp dụng thủ tục hải quan điện tử… Nhờ đó đã tăng tốc độ giải phóng hàng hóa lên gấp nhiều lần, tạo thuận lợi cho giao thương và kinh doanh. Đến năm 2013, Tổng cục Hải quan đã triển khai phần mềm ứng dụng thông quan điện tử cho 33/33 Cục Hải quan tỉnh thành phố với 120 Chi cục. Đặc biệt có Cục Hải quan đạt 100% chi cục thực hiện thủ tục hải quan điện tử (TTHQĐT). Mới đây nhất, thêm 7 Cục hải quan gồm Thanh Hóa, Nghệ An, Thừa Thiên – Huế, Bình Định, Đắk Lắk, Tây Ninh, Long An được phép triển khai mở rộng TTHQĐT và đi vào thực hiện ngay trong năm 2013. Đến nay, có 9.135 doanh nghiệp tham gia thực hiện TTHQĐT; số lượng tờ khai qua THQĐT đạt 833.055 tờ khai; giá trị kim ngạch xuất nhập khẩu qua TTHQĐT đạt 542.230 triệu USD.
Thông qua đổi mới hoạt động, công tác thu ngân sách của ngành trong những năm qua luôn vượt mức kế hoạch được giao, số thu năm sau cao hơn năm trước, chiếm từ 25% đến hơn 30% tổng thu ngân sách nhà nước, góp phần hạn chế nhập siêu.
Cục Hải quan Nghệ An được thành lập ngày 19/05/1956 theo Nghị định số 161/BNT-NĐ-TC của Bộ trưởng Bộ Thương nghiệp nước Việt Nam dân chủ cộng hòa, với tên gọi ban đầu là Chi sở Hải quan Nghệ An. Ngay từ khi mới thành lập, bộ
máy tổ chức của Chi sở Hải quan Nghệ An còn đơn giản, gọn nhẹ với quân số 25 người, với nhiệm vụ là làm thủ tục cho hàng hóa xuất nhập khẩu qua cảng Bến Thủy, phòng Hải quan Mường Xén, đấu tranh chống buôn lậu qua biên giới và nội địa, góp phần vào công cuộc hàn gắn vết thương chiến tranh, khôi phục sản xuất, phát triển kinh tế sau chiến tranh. Trong thời kỳ chống chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, cán bộ, nhân viên hải quan Nghệ An đã không quản ngại gian khổ, hy sinh, dựa vào nhân dân, dưới sự lãnh đạo của cấp ủy và chính quyền địa phương, phối hợp chặt chẽ với các cấp, các ngành, không những làm tốt thủ tục và bảo vệ an toàn cho hàng chục vạn tấn hàng hóa qua cửa khẩu, mà còn bắt giữ xử lý hàng trăm vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, vàng, bạc nén, vũ khí, chất nổ, tài liệu chiến tranh tâm lý phản động của địch. Sau ngày giải phóng miền Nam thống nhất đất nước, tổ chức Hải quan hai miền Bắc, nam cũng được hợp nhất thành Cục Hải quan trung ương thuộc Bộ ngoại thương. Lúc này, Chi sở Hải quan Nghệ An được đổi tên thành Chi cục Hải quan Nghệ Tĩnh, sau đó đổi thành Hải quan Nghệ Tĩnh. Năm 1984, khi Tổng cục hải quan trực thuộc Hội đồng Bộ trưởng được thành lập, Hải quan Nghệ An đã được bổ sung lực lượng từ cac nguồn quân đội, công an chuyển ngành, tăng cường cho các cửa khẩu, các Đội kiểm soát chống buôn lậu. Trong thời gian này, Hải quan Nghệ Tĩnh đã làm tốt công tác thu thuế xuất nhập khẩu và chống buôn lậu có hiệu quả. Thông qua công tác kiểm tra, kiểm soát tại cửa khẩu, lực lượng Hải quan đã phát hiện, bắt giữ, xử lý 741 vụ buôn lậu, trị giá hơn 8 triệu đồng, trong đó có 114 vụ buôn lậu thuốc phiện nhựa với trọng lượng 369,93 kg, góp phần vào việc gìn giữ trật tự an toàn xã hội và an ninh biên giới. Trong những năm đầu đổi mới, nhờ làm tốt công tác giám sát quản lý hải quan, thực hiện thu đúng, thu đủ và tận thu các nguồn thu, đẩy mạnh công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại nên số thu về thuế XNK của Hải quan Nghệ Tĩnh ngày càng tăng lên; công tác chống buôn lậu được tăng cường, đã bắt giữ, xử lý 403 vụ buôn lậu qua biên giới, trong đó có 712kg thuốc phiện nhựa, 1.000 kg mì chính, 28.854 tút thuốc lá ngoại, 97 xe gắn máy, 126 chỉ vàng, 14,2 kg bạc trắng và các loại hàng hoá khác trị giá hàng trăm triệu đồng.
Tháng 6 năm 1992, Tổng cục Hải quan ra Quyết định số 107/TCHQ-TCCB về việc tách Hải quan Nghệ Tĩnh thành Hải quan Nghệ An và Hải quan Hà Tĩnh. Đến
năm 1994 Hải quan Nghệ An chính thức đổi tên thành Cục Hải quan Nghệ An và hoạt động dưới tên gọi đó cho đến nay.