Với kim ngạch hàng hoá XNK ngày càng tăng nhanh chóng, trong khi đó yêu cầu đặt gia là đẩm bảo thông quan hàng hoá nhanh, giảm chi phí về thời gian và tài chính để tăng khả năng cho doanh nghiệp, đồng thời phải đáp ứng yêu cầu vừa phải tạo thuận lợi tối đa cho hoạt động XNK và đầu tư, vừa đảm bảo quản lý chặt chẽ theo quy định của pháp luật và tăng thu NSNN đòi hỏi cơ quan hải quan phải chuyển đổi mạnh mẽ sang phương pháp quản lý hải quan hiện đại dựa trên kỹ thuật quản lý rủi ro, trong đó kiểm tra sau thông quan có vai trò, vị trí quan trọng. Với mục tiêu trên cần tập trung vào các giải pháp cơ bản sau:
+ Tập trung rà soát có hệ thống văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn về công tác kiểm tra sau thông quan, đồng thời kiến nghị Tổng cục hải quan kịp thời sữa đổi, bổ sung để phù hợp với chuẩn mực quốc tế.
+ Nâng cao vai trò, vị trí kiểm tra sau thông quan; có sự quan tâm thích đáng và tăng cường đầu tư cho hoạt động kiểm tra sau thông quan.
+ Tăng cường thu thập, tổng hợp, phân tích và xử lý thông tin; trao đổi thông tin với các cơ quan chức năng nhằm hoàn thiện cơ sở dữ liệu về doanh nghiệp. Nâng cao năng lực của CBCC trong hoạt động thu thập, tổng hợp, phân tích và xử lý thông tin.
+ Đẩy mạnh công tác kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp, tăng cường công tác xác minh hoạt động thanh toán của doanh nghiệp.
+ Tăng cường kiểm tra sau thông quan theo chuyên đề; tiến hành phân loại doanh nghiệp theo các cấp độ và tiêu chí về chấp hành pháp luật về hải quan như theo loại hình doanh nghiệp, kim ngạch XNK, mặt hàng có thuế xuất cao.
+ Sắp xếp, bố trí hợp lý CBCC có trình độ, chuyên môn nghiệp vụ, chuyên nghiệp, chuyên sâu làm công tác kiểm tra sau thông quan; đào tạo và đào tạo lại tại chỗ theo hướng chuyên nghiệp, chuyên sâu, đặc biệt chú trọng đào tạo kiến thức về tài chính, kế toán, thanh toán quốc tế, kiểm toán, thanh tra, điều tra, xửa lý vi phạm hành chính, giải quyết khiếu nại, tham gia tố tụng tại toà…. Cập nhật kiến thức, kinh nghiệm, kỹ năng kiểm tra sau thông quan cho đội ngũ CBCC và ISO hoá quy trình nghiệp vụ kiểm tra sau thông quan và các quy trình khác trong lĩnh vựac kiểm tra sau thông quan.
+ Ứng dụng CNTT trong toàn bộ hoạt động kiểm tra sau thông quan, tăng cường sử dụng trang thiết bị hiện đại trong nghiệp vụ kiểm tra sau thông quan.
+ Phối hợp chặt chẽ giữa các Phòng tham mưu, các Chi cục và giữa các đơn vị nghiệp vụ.