Cùng với sự phát triển của tổ chức bộ máy, hệ thống chính trị của KTNN dần được kiện toàn, lớn mạnh. Từ năm 2006 Đảng bộ KTNN được giao quyền
Đảng bộ cấp trên cơ sở; và từ tháng 5 năm 2009 được Đảng bộ Khối các cơ
quan Trung ương chính thức công nhận là Đảng bộ cấp trên cơ sở, tổ chức quản lý tập trung thống nhất trong toàn ngành, gồm 4 Đảng bộ cơ sở, 8 Đảng bộ bộ
phận, 8 Chi bộ cơ sở và 6 Chi bộ trực thuộc với hơn 680 đảng viên. Cũng từ
năm 2006 Công đoàn KTNN được phát triển thành công đoàn cấp trên cơ sở; hiện có 12 công đoàn cơ sở, 13 công đoàn bộ phận trực thuộc và trên 1.500
đoàn viên công đoàn. Đoàn thanh niên của KTNN được công nhận là tổ chức
Đoàn cấp trên cơ sở trực thuộc Đoàn thanh niên Khối các cơ quan Trung ương từ năm 2007; hiện có 22 chi đoàn cơ sở trực thuộc và hơn 520 đoàn viên. Văn phòng Đảng – Đoàn thểđược thành lập năm 2007 với chức năng chuyên trách, giúp việc cho BCH Đảng bộ, BBCH Công đoàn và BCH Đoàn Thanh niên.
Công tác xây dựng Đảng được thường xuyên coi trọng, hoạt động ngày càng cải tiến, sáng tạo. Để duy trì sinh hoạt đảng đúng Điều lệ, nâng cao năng lực lãnh đạo của Đảng và phù hợp với đặc điểm hoạt động kiểm toán thường xuyên lưu động, ngày 17 tháng 3 năm 2008 Đảng uỷ KTNN đã ban hành Hướng dẫn số 23 HD/ĐU về thành lập chi bộ đảng sinh hoạt tạm thời đối với các đoàn kiểm toán. Cách làm này đã phát huy tác dụng tốt trong việc quản lý cán bộ,
69
đảng viên trong điều kiện công tác xa cơ quan dài ngày, giúp Đảng uỷ nắm chắc diễn biến tình hình tư tưởng, tâm tư, nguyện vọng và đạo đức, lối sống của cán bộ, đảng viên. Trong 15 năm qua, Đảng bộ KTNN luôn đạt danh hiệu Đảng bộ
trong sạch, vững mạnh. Đặc biệt, năm 2008, Đảng bộ KTNN đã được Đảng uỷ
Khối các cơ quan trung ương tặng Cờ Tổ chức cơ sở đảng trong sạch, vững mạnh tiêu biểu 5 năm liền (2004 – 2008). Luôn được quan tâm xây dựng và kiện toàn, hoạt động công đoàn đi vào nền nếp, góp phần quan trọng động viên, cổ vũ quần chúng tham gia tích cực vào các mặt hoạt động của cơ quan. Hiện nay, được sựđồng ý của Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội, Công đoàn KTNN
đang phối hợp với chính quyền triển khai chủ trương của ngành thực hiện dự án
đầu tư nhằm giải quyết những khó khăn về nhà ở cho cán bộ, công chức, kiểm toán viên, viên chức và người lao động tại Hà Nội. Tổ chức đoàn thanh niên với nhiều đoàn viên ưu tú, có trình độ ngoại ngữ, tin học tốt, trong những năm qua
đã thực hiện nhiều phong trào thi đua, hoạt động thiết thực, hình thức sinh hoạt sáng tạo, gắn liền với nhiệm vụ của ngành, ngày càng đóng góp nhiều hơn vào sự phát triển của KTNN. Phần thưởng cao quý của Đảng và Nhà nước – Huân chương Lao động hạng Ba tặng thưởng Công đoàn và Đoàn thanh niên KTNN là sự ghi nhận và đánh giá rất cao thành tích của các tổ chức này đối với kết quả
hoạt động trong 15 năm qua.