Tổ chức bộ máy và cơ chế hoạt động được thiết lập phù hợp với thể chế
chính trị và thiết chế kinh tế của nước ta trong tiến trình đổi mới, thích ứng với môi trường pháp lý hiện tại, vừa đảm bảo sự chỉ đạo điều hành thống nhất, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý và kiểm soát hoạt động kiểm toán, vừa đảm bảo tính độc lập, khách quan trong hoạt động KTNN. Hiện nay, tổ chức bộ máy của KTNN đã phát triển vượt bậc, vẫn liên tục được củng cố và ngày càng hoàn thiện hơn. Khi mới thành lập chỉ có 4 KTNN chuyên ngành và Văn phòng với chỉ vài chục cán bộ, công chức tiếp nhận từ các bộ, ngành địa phương chuyển về. Đến nay, KTNN đã hình thành bộ máy theo mô hình tập trung thống nhất gồm 25 đơn vị cấp vụ và tương đương, trong đó, gồm 6 đơn vị tham mưu, 7 đơn vị KTNN chuyên ngành, 9 KTNN khu vực và 3 đơn vị sự nghiệp, với hơn 1.500 cán bộ, công chức. Với phương châm “công minh, chính trực, nghệ tinh, tâm sáng”, KTNN luôn quan tâm chăm lo xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức, kiểm toán viên trong sạch, vững mạnh đúng với lời dạy của Bác Hồ “công chức là công bộc của nhân dân”. Trong đó, các đơn vị tham mưu: Văn phòng KTNN;
62
Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Tổng hợp; Vụ Pháp chế; Vụ Quan hệ quốc tế. 03 đơn vị
sự nghiệp: Trung tâm khoa học và bồi dưỡng cán bộ; trung tâm Tin học và Tạp chí kiểm toán. KTNN chuyên ngành là đơn vị trực thuộc KTNN, thực hiện kiểm toán theo chuyên ngành đối với cơ quan, tổ chức ở trung ương. KTNN khu vực là đơn vị trực thuộc KTNN, thực hiện kiểm toán đối với cơ quan, tổ chức ở địa phương trên địa bàn và các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Tổng KTNN. KTNN khu vực có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản và trụ sở riêng.