Do những khó khăn và phức tạp trong quản lý, sử dụng, nên việc quản lý vốn ựầu tư XDCB từ nguồn NSNN phải tuân thủ những nguyên tắc sau ựây:
- Quản lý, sử dụng vốn ựầu tư XDCB từ NSNN phải tiết kiệm, hiệu quả bởi nguồn lực thì hữu hạn mà nhu cầu thì rất lớn. Trong ựiều kiện Ngân sách cũng như mức ựộ tắch luỹ của nền kinh tế còn thấp thì mỗi ựồng vốn bỏ ra càng phải thực sự hiệu quả.
- Công khai minh bạch. Nguồn vốn ựầu tư XDCB từ NSNN là tài sản của dân mà Nhà nước là ựại diện chủ sở hữu. Do vậy, người dân có quyền ựược biết Nhà nước ựã chi tiêu thế nào ựể thuận lợi cho việc theo dõi, giám sát. Công khai minh bạch ở ựây là công khai việc phân bổ vốn ựầu tư hàng năm cho các dự án ựầu tư; công khai về tổng mức ựầu tư, tổng dự toán ựược duyệt, kết quả lựa chọn nhà thầu, số liệu quyết toán,...
- Tập trung thống nhất. Vốn ựầu tư XDCB từ NSNN cần có sự tập trung ưu tiên cho các công trình trọng tâm, trọng ựiểm Quốc gia. Theo nguyên tắc này, Nhà nước cần có thứ tự ưu tiên cho các dự án. Việc sắp xếp thứ tự ưu tiên phụ thuộc vào ựiều kiện cũng như mục tiêu phát triển kinh tế xã hội của từng thời kỳ.
- Phân ựịnh rõ chức năng quản lý của Nhà nước và chức năng sản xuất kinh doanh, phân cấp quản lý về ựầu tư xây dựng phù hợp với từng loại nguồn vốn ựầu tư và chủ ựầu tư. Phân ựịnh rõ trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan quản lý Nhà nước, của chủ ựầu tư, của tổ chức tư vấn và nhà thầu trong quá trình thực hiện dự án ựầu tư.
- Khác với các dự án ựầu tư thuộc các nguồn vốn khác, Nhà nước chỉ quản lý chủ trương ựầu tư, quản lý quy trình ựánh giá tác ựộng môi trường, các dự án ựầu tư thuộc vốn NSNN phải ựược quản lý chặt chẽ theo trình tự thủ tục ựầu tư và xây dựng do Nhà nước ban hành. Các thủ tục này ựược ban hành theo hướng tăng cường cải cách thu tục hành chắnh, xóa bỏ cơ chế "xin-cho".
- Việc quản lý sử dụng nguồn vốn ựầu tư luôn ựi ựôi với công tác kiểm tra, giám sát của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền, ựặc biệt phải áp dụng nghiêm các chế tài của pháp luật [18].