Quản lý vốn ựầu tư XDCB từ NSNN phải gắn liền với chiến lược ựầu tư XDCB, nằm trong quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế xã hội vùng, ựịa phương. Ngoài ra ựồng thời phải gắn với việc ựổi mới kế hoạch hoá ựầu tư XDCB, có kế hoạch ựúng ựắn ựịnh hướng trên cơ sở vận dụng các quy luật phát triển của nền kinh tế thị trường. Cụ thể gồm một các mục tiêu chủ yếu sau:
- Khai thác tối ựa vốn từ nguồn NSNN cho ựầu tư XDCB. Việc ựể tỷ lệ chi cũng như quy mô bao nhiêu ựể ựầu tư XDCB trong dự toán là một bài toán khó phải giải quyết nhiều mâu thuẩn: mâu thuẩn giữa trước mắt và lâu dài, giữa cung và cầuẦ việc phân bố lại nguồn vốn ựầu tư XDCB cần coi trọng ựể sử dụng có hiệu quả hơn vốn ựầu tư XDCB NSNN.
- Bố trắ vốn ựầu tư XDCB hợp lý, ựiều này ựòi hỏi khi tắnh toán phân khai ngân sách cho từng dự án, từng lĩnh vực, từng ựịa phương phải khắc phục các tồn tại hạn chế lâu nay, tắnh toán ựổi mới cơ cấu phù hợp, không quá tập trung, nhưng không ựược dàn trải. Khi phân bổ phải xem xét xuất phát từ chủ trương, ựịnh hướng giữa các quan hệ tỷ lệ liên quan ựến ựầu tư XDCB. Không coi nhẹ giai ựoạn nào nhất, các giai ựoạn chuẩn bị ựầu tư lâu nay triển khai vội vàng thiếu căn cứ khoa học. Khắc phục hạn chế nãy sinh trong thực tế lâu nay; cơ cấu lại ngân sách theo hướng tăng chi ựầu tư phát triển nhưng không làm giảm chi thường xuyên (ảnh hưởng ựến cung cấp dịch vụ công, lương cán bộ công chức giảm), xoá bỏ bao cấp, trợ cấp dành vốn ựầu tư XDCB NSNN chủ yếu cho hạ tầng kinh tế xã hội, tiếp tục phân cấp quản lý XDCB ựể khai thác sử dụng nguồn lực hiệu quả hơn.
- Quản lý vốn ựầu tư XDCB từ NSNN phải tuân thủ ựúng pháp luật và chống thất thoát, lãng phắ: vốn cho từng dự án phải kiểm soát chặt chẽ, giải ngân kịp thời ựúng chế ựộ, ựúng thời gian quy ựịnh, tăng cường kiểm tra giám sát và ựánh giá kết quả. Mặt khác công việc quản lý vốn ựầu tư XDCB là rất lớn, phải qua nhiều cơ quan, ựơn vị, nhiều khâu và lệ thuộc vào hàng loạt chế ựộ chắnh sách quy ựịnh của Nhà nước do ựó việc xác ựịnh chức năng nhiệm vụ phải rõ ràng, khoa học, phân công phối hợp chặt chẽ, thống nhất, có nguyên tắc, ựúng luật lệ thì mới nâng cao ựược hiệu quả.