Năm 1988 Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam ựược thành lập theo Nghị ựịnh số 53/ HđBT ngày 26/3/1988 của Hội ựồng Bộ trưởng ( nay là Chắnh Phủ ) về việc thành lập các ngân hàng chuyên doanh, trong ựó có Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam hoạt ựộng trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn.
Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp hình thành trên cơ sở tiếp nhận từ Ngân hàng Nhà nước: tất cả các chi nhánh Ngân hàng Nhà nước huyện, Phòng Tắn dụng Nông nghiệp, quỹ tiết kiệm tại các chi nhánh Ngân hàng Nhà nước tỉnh, thành phố. Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Trung ương ựược hình thành trên cơ sở tiếp nhận Vụ Tắn dụng Nông nghiệp Ngân hàng Nhà nước và một số cán bộ của Vụ Tắn dụng Thương nghiệp, Ngân hàng đầu tư và Xây dựng, Vụ Kế toán và một số ựơn vị.
Ngày 14/11/1990, Chủ tịch Hội ựồng Bộ trưởng ( nay là Thủ tướng Chắnh phủ) ký Quyết ựịnh số 400/CT thành lập Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thay thế Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam. Ngân hàng Nông nghiệp là ngân hàng thương mại ựa năng, hoạt ựộng chủ yếu trên lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn, là một pháp nhân, hạch toán kinh tế ựộc lập, tự chủ, tự chịu trách nhiệm về hoạt ựộng của mình trước pháp luật.
Ngày 01/03/1991 Thống ựốc Ngân hàng Nhà nước có Quyết ựịnh số 18/NH Ờ Qđ thành lập Văn phòng ựại diện Ngân hàng Nông nghiệp tại thành phố Hồ Chắ Minh và ngày 26/4/1991, Thống ựốc có văn bản số 439/CV Ờ TCCB chấp thuận cho Ngân hàng Nông nghiệp ựược thành lập văn phòng miền Trung tại thành phố Quy
Nhơn Ờ tỉnh Bình định.
Ngày 22/12/1992, Thống ựốc Ngân hàng Nhà nước có Quyết ựịnh số 603/ NH Ờ Qđ về việc thành lập chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp các tỉnh thành phố trực thuộc Ngân hàng Nông nghiệp gồm có 3 Sở giao dịch ( Sở giao dịch I tại Hà Nội và Sở giao dịch II tại Văn phòng ựại diện khu vực miền Nam và Sở giao dịch III tại Văn phòng miền Trung) và 43 chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp tỉnh, thành phố. Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp quận, huyện, thị xã có 475 chi nhánh.
Năm 1993 Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam ban hành quy chế thi ựua khen thưởng tạo ra những chuẩn mực cho các cá nhân và tập thể phấn ựấu trên mọi cương vị và nhiệm vụ công tác. Tổ chức ựược hội nghị tổng kết toàn quốc có các giám ựốc chi nhánh huyện xuất sắc nhất của tỉnh thành phố.
Ngày 30/7/1994 tại Quyết ựịnh số 160/Qđ Ờ NHN9, Thống ựốc Ngân hàng Nhà nước chấp thuận mô hình ựổi mới hệ thống quản lý của Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam, trên cơ sở ựó, Tổng giám ựốc Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam cụ thể hóa bằng văn bản số 927/ TCCB/ Ngân hàng Nông nghiệp ngày 16/08/1994 xác ựịnh: Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam có 2 cấp: Cấp tham mưu và Cấp trực tiếp kinh doanh. đây thực sự là bước ngoặt về tổ chức bộ máy của Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam và cũng là nền tảng cho hoạt ựộng kinh doanh của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam sau này.
Ngày 7/3/1994 theo Quyết ựịnh số 90/TTg của Thủ tướng Chắnh phủ, Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam hoạt ựộng theo mô hình Tổng công ty Nhà nước với cơ cấu tổ chức bao gồm Hội ựồng Quản trị, Tổng giám ựốc, bộ máy giúp việc bao gồm bộ máy kiểm soát nội bộ, các ựơn vị thành viên bao gồm các ựơn vị hạch toán phụ thuộc, hạch toán ựộc lập, ựơn vị sự nghiệp, phân biệt rõ chức năng quản lý và chức năng ựiều hành, Chủ tịch Hội ựồng quản trị không kiêm Tổng giám ựốc.
Ngày 15/11/1996, ựược Thủ tướng Chắnh phủ ủy quyền, Thống ựốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ký Quyết ựịnh số 280/Qđ Ờ NHNN ựổi tên Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thành Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam ( gọi tắt là Agribank ).
Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam hoạt ựộng theo mô hình Tổng công ty 90, là doanh nghiệp Nhà nước hạng ựặc biệt, hoạt ựộng theo Luật các tổ chức tắn dụng và chịu sự quản lý trực tiếp của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Với tên gọi mới, ngoài chức năng của một ngân hàng thương mại, Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam ựược xác ựịnh thêm nhiệm vụ ựầu tư phát triển ựối với khu vực nông thôn thông qua việc mở rộng ựầu tư vốn trung, dài hạn ựể xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho sản xuất nông, lâm nghiệp, thủy hải sản góp phần thực hiện thành công sự nghiệp công nghiệp hóa Ờ hiện ựại hóa nông nghiệp nông thôn.
Trong năm 1998, Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam ựã tập trung nâng cao chất lượng tắn dụng, xử lý nợ tồn ựọng cũ và quản lý chặt chẽ hơn công tác thẩm ựịnh, xét duyệt các khoản cho vay mới, tiến hành các biện pháp phù hợp ựể giảm nợ thấp quá hạn.
Năm 2001 là năm ựầu tiên Agribank triển khai thực hiện ựề án tái cơ cấu với các nội dung chắnh sách là cơ cấu lại nợ, lành mạnh hóa tài chắnh, nâng cao chất lượng tài sản có, chuyển ựổi hệ thống kế toán hiện hành theo chuẩn mực quốc tế, ựổi mới sắp xếp lại bộ máy tổ chức theo mô hình ngân hàng thương mại hiện ựại tăng cường ựào tạo và ựào tạo lại cán bộ tập trung ựổi mới công nghệ ngân hàng, xây dựng hệ thống thông tin quản lý hiện ựại.
Bên cạnh mở rộng kinh doanh trên thị trường trong nước, năm 2002, Agribank tiếp tục tăng cường quan hệ hợp tác quốc tế. đến cuối năm 2002, Agribank là thành viên của APRACA, CICA và ABA, trong ựó Tổng giám ựốc Agribank là thành viên chắnh thức Ban ựiều hành của APRACA và CICA.
Năm 2003, Agribank ựã ựẩy nhanh tiến ựộ thực hiện đề án Tài chắnh cơ cấu nhằm ựưa hoạt ựộng của Agribank phát triển với quy mô lớn, chất lượng hiệu quả cao. Với những thành tắch ựặc biệt xuất sắc trong thời kỳ ựổi mới, ựóng góp tắch cực và rất có hiệu quả vào sự nghiệp phát triển kinh tế xã hội của ựất nước, sự nghiệp Công nghiệp hóa, hiện ựại hóa nông nghiệp Ờ nông thôn, Chủ tịch nước ựã ký Quyết ựịnh số 226/2003/Qđ/CTN ngày 07/05/2003 phong tặng danh hiệu Anh
hùng Lao ựộng thời kỳ ựổi mới cho ngân hàng Agribank.
đến cuối năm 2005, vốn tự có của ngân hàng Agribank ựạt 7702 tỉ VNđ, tổng tài sản có trên 190 ngàn tỷ, hơn 2000 chi nhánh trên toàn quốc và 29.492 cán bộ nhân viên ( chiếm 40% tổng số CBCNV toàn hệ thống ngân hàng Việt Nam), ứng dụng công nghệ hiện ựại, cung cấp những sản phẩm, dịch vụ ngân hàng hoàn hảo... đến nay, tổng số dự án nước ngoài mà Agribank tiếp nhận và triển khai là 68 dự án với tổng số vốn 2.486 triệu USD, trong ựó giải ngân qua Agribank là 1,5 tỷ USD. Hiện nay, Agribank ựã có quan hệ ựại lý với 932 ngân hàng ựại lý tại 112 quốc gia và vùng lãnh thổ, là thành viên của nhiều tổ chức, hiệp hội tắn dụng có uy tắn lớn.
Từ năm 2006 bằng những giải pháp mang tắnh ựột phá và cách làm mới, Agribank thực sự khởi sắc. đến cuối năm 2007, tổng tài sản ựạt 325.802 tỷ VNđ tương ựương với 20 nghìn tỷ USD gấp gần 220 lần so với ngày ựầu thành lập. Tổng dư nợ cho vay nền kinh tế ựạt 242.102 tỷ VNđ trong ựó cho vay nông nghiệp nông thông chiếm trên 70% với trên 10 triệu hộ gia ựình, cho vay doanh nghiệp vừa và nhỏ chiếm trên 36% với gần 3 vạn doanh nghiệp dư nợ. Tổng nguồn vốn 295.048 tỷ VNđ và gần như hoàn toàn là vốn huy ựộng.
Trong chiến lược phát triển của mình, Agribank sẽ trở thành một Tập ựoàn tài chắnh ựa ngành, ựa sở hữu, hoạt ựộng ựa lĩnh vực. Theo ựó, toàn hệ thống xác ựịnh những mục tiêu lớn phải ưu tiên. đó là: tiếp tục giữ vai trò chủ ựạo, chủ lực trên thị trường tài chắnh nông thôn, luôn là người bạn ựồng hành thủy chung tin cậy của 10 triệu hộ gia ựình; xúc tiến cổ phần hóa các công ty trực thuộc, tiến tới cổ phần hóa Agribank theo ựịnh hướng và lộ trình thắch hợp, ựẩy mạnh tái cơ cấu ngân hàng, giải quyết triệt ựể vấn nạn nợ xấu, ựạt hệ số an toàn vốn theo tiêu chuẩn quốc tế, phát triển hệ thống công nghệ thông tin, ựa dạng hóa sản phẩm, nâng cao chất lượng dịch vụ, chuẩn bị nguồn nhân lực chất lượng cao, ựảm bảo các lợi ắch của người lao ựộng và phát triển thương hiệu Ờ văn hóa Agribank.