Tác nhân này ảnh hƣởng rất rõ đến San hô vùng Quảng Ninh - Hải Phòng do biên độ thuỷ triều lớn. Mặc dù hoạt động của thuỷ triều ở vùng biển này mang tính tích cực là tăng cƣờng trao đổi nƣớc cho các vùng rạn phát triển song cũng có một số tác động tiêu cực nhƣ khi thuỷ triều rút kiệt kèm theo mƣa lớn nếu kéo dài sẽ hạn chế sự phát triển hay giết chết các tập đoàn San hô vùng triều thấp; thuỷ triều rút kiệt trong lúc rét đậm hay nắng gắt đều ảnh hƣởng đến quang hợp và trao đổi chất của San hô, đặc biệt với nhiệt độ trên 300
C còn làm chết cả các tập đoàn dạng khối. Các tập đoàn San hô chết vì nhiệt độ, hoặc mƣa đều có màu trắng do San Hô bị mất tảo cộng sinh và biến màu đi, các hiện tƣợng này gặp tƣơng đối phổ biến trên các đới nông của rạn San hô Tây vịnh Bắc bộ vào mùa hè.
b. Hoạt động của con người
- Khai thác quá mức và không hợp lý
Việc khai thác quá mức các nguồn lợi hải sản gây sự mất cân bằng sinh thái trong hệ rạn san hô đã đƣợc đề cập tới trong phần trên, nhiều loại đặc sản trên rạn san hô ở các vùng ven bờ đã có nguy cơ bị tuyệt giống. Đây là một tổn thất về khoa học và kinh tế kể cả trƣớc mắt và lâu dài. Song nguy hiểm nhất vẫn là các hình thức khai thác mang tính huỷ diệt. Ở hầu hết các vùng biển ven bờ (chỉ trừ Tây Nam Bộ ), đánh cá bằng thuốc nổ vẫn còn phổ biến, gây nên sự tàn phá rất lớn tới cấu trúc và sinh thái rạn san hô. Việc sử dụng độc tố tƣơng đối phổ biến ở Cô Tô và Bạch Long Vĩ, Côn Đảo… gây ô nhiễm môi trƣờng đáy, huỷ diệt quần xã, gây tác động cực kỳ nguy hiểm và lâu dài. Nguồn lợi Bào Ngƣ bị bị giảm sút ở Cô Tô và Bạch Long Vĩ, có liên quan tới việc khai thác cá bằng chất độc trong khoảng 5 năm qua.
Do bị khai thác quá mức và bằng các công cụ hủy diệt đã khiến cho cá rạn thƣa thớt không đủ số liệu để duy trì cân bằng cho quần xã rạn san hô. Hậu quả sinh thái sẽ xảy ra. Việc khai thác san hô cảnh phổ biến ở vùng Nam Trung bộ và vùng Quảng Ninh-Hải Phòng cũng gây tác hại đến quần xã rạn san hô và môi trƣờng sống trên rạn gây bất lợi về tính cân bằng sinh thái. Việc khai thác vật liệu san hô cho xây dựng sẽ làm phá vỡ cân bằng động lực bờ và tình trạng xói lở bờ biển xảy ra cũng nhƣ làm mất ổ sinh thái của một số nguồn lợi sinh vật đáy nhƣ hải sâm và thân mềm ở các bãi triều san hô chết, đồng thời tăng cƣờng lắng đọng trầm tích trên rạn gây hại cho san hô.