Do tính đa dạng sinh học cao và vai trò sinh thái rất quan trọng đối với vùng biển, các rạn san hô là tiền đề quan trọng để thiết lập các khu bảo tồn thiên nhiên biển. Bên cạnh mục đích là bảo vệ môi trƣờng và tài nguyên biển, các vùng bảo tồn thiên nhiên còn đƣợc sử dụng nhƣ những mẫu hình để nghiên cứu khoa học và giáo dục dân trí về môi trƣờng.
Rạn san hô ven biển còn có giá trị lớn trong việc che chắn chống xói lở nhiều vùng ven bờ và đảo. Mặt khác, rạn san hô còn có khả năng xử lý chất thải nhất định. Hệ thống rạn san hô có khả năng tiếp nhận một lƣợng chất thải vừa phải và phân huỷ chúng nhờ có hoạt động của vi khuẩn và các thành phần khác của hệ (Kenchington and Hodgson, 1988).
VIII.3.4. Các yếu tố ảnh hưởng
a. Yếu tố tự nhiên
- Bão
Vùng biển Việt Nam nằm trong vùng Tây Bắc của Thái Bình Dƣơng, nơi đƣợc coi là trung tâm bão của thế giới. Hàng năm vùng này chiếm tới 36% tổng số bão trên toàn thế giới (Nguồn lợi Thủy sản Việt Nam, 1996 theo Nguyễn Ngọc Thuỵ, 1988). Thống kê trong 34 năm (1955 – 1988), chỉ riêng vùng Vịnh Bắc Bộ đã có 118 cơn bão đi qua, bình quân tới 3,5 cơn/năm, tốc độ gió đạt tới 40 – 50 m/s. Trong toàn dải ven bờ Việt Nam, vùng vịnh Bắc bộ và Trung Trung bộ là nơi có nhiều bão, các rạn san hô ven bờ ở hai vùng này cũng bị tổn thất nặng so với các vùng Nam Trung bộ trở vào. Bão thƣờng gây sóng lớn, nƣớc dâng… phá huỷ trực tiếp các vùng rạn nông, trƣớc tiên bẻ gãy các tập đoàn dạng cành. Các cành bị bẻ gãy, bị sóng cuộn lên, cùng với đá sỏi ở đáy, chà sát lên các tập đoàn dạng khối trên đới mặt bằng và phần trên của sƣờn dốc. Sau các cơn bão lớn, tỷ lệ san hô chết tăng lên rõ rệt đồng thời cũng có sự thay đổi đáng kể về cấu trúc rạn. Đi kèm với bão là mƣa lớn làm ngọt hóa vùng nông và kéo theo dòng bùn làm đục nƣớc tác hại đến rạn san hô.
Tuy nhiên bão lại có tác động làm tăng tính đa dạng của san hô khi phá hủy đi các loài dạng cành có tốc độ sinh trƣởng nhanh tạo ra không gian cho loài san hô dạng khối có tốc độ sinh trƣởng chậm.