Khác với loại hình Kiểm tốn độc lập hay Kiểm toán Nhà nước, chủ yếu gồm 3 bước trên, Kiểm toán nội bộ NHTW các nước thực hiện thêm bước thứ 4 đó là theo dõi việc thực hiện kiến nghị sau kiểm toán. Bởi Kiểm toán nội bộ xác định rủi ro mà các tổ chức của Ngân hàng Trung ương đang gặp phải và đảm bảo rằng rủi ro này được kiểm sốt đầy đủ. Kiểm tốn nội bộ khơng phải là yếu tố bổ sung, cũng không phải là yếu tố thay thế cho cơng tác kiểm sốt của người quản lý các hoạt động của Ngân hàng Trung ương. Trách nhiệm đảm bảo cho các hoạt động của Ngân hàng Trung ương hoạt động an tồn, hiệu quả, tránh những rủi ro thất thốt là trách nhiệm của người quản lý các cấp, trách nhiệm của nhân viên liên quan đến các hoạt động nghiệp vụ. Kiểm tốn nội bộ có tính tư vấn, trợ giúp cho các nhà quản lý nhằm đánh giá hệ thống kiểm soát, chỉ ra những điểm hạn chế trong hệ thống kiểm sốt, chỉ ra những rủi ro có thể xảy ra trong các hoạt động nghiệp vụ cho các nhà quản lý, các nhân viên nghiệp vụ để có những giải pháp tăng cường hệ thống kiểm soát nội bộ để hạn chế rủi ro thấp nhất. Kiểm tốn nội bộ thơng qua hoạt động của mình có những đề xuất, kiến nghị với các cấp quản lý, các nhân viên về cải tiến bộ máy, cải tiến chính sách, các quy trình nghiệp vụ nhằm nâng cao tính hiệu quả, tính an tồn cho các hoạt động nghiệp vụ của Ngân hàng Trung ương. Chính vì vậy theo dõi chỉnh sửa kiến nghị là một bước khơng thể thiếu của hoạt động kiểm tốn nội bộ. Việc theo dõi thực hiện kiến nghị sau kiểm toán thường được thực hiện sát sao và đôn đốc thường xuyên. Ngay trong báo cáo kiểm toán đã yêu cầu các đơn vị phải nhanh chóng thực hiện chấn chỉnh, khắc phục tồn tại theo kiến nghị và có báo cáo gửi lại Ban lãnh đạo NHTW,
Thống đốc (qua Vụ Kiểm toán nội bộ). Trường hợp đơn vị chậm trễ thì Vụ KTNB thường xun đơn đốc và theo dõi tình hình thực hiện. Khơng những thế, Đồn kiểm tốn lần sau hoặc có thể thành lập 01 Đồn kiểm toán thực hiện phúc tra việc thực hiện kiến nghị sau kiểm tốn của Đồn kiểm toán trước.