Thanh tra thuế là một chức năng thiết yếu của thuế và trong quản lý thuế, là một khâu trong quy trình hoạt động quản lý thuế, vì vậy địi hỏi thanh tra thuế phải tuân thủ những nguyên tắc và trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật.
Quy trình thanh tra thuế là trình tự các bước cơng việc phải tiến hành
để thực hiện một cuộc thanh tra thuế cụ thể. Yêu cầu của quy trình là nhất thiết các công việc phải được thực hiện theo thứ tự các bước từ khâu chuẩn bị thanh tra và tiến hành thanh tra, kết thúc thanh tra.
Trên cơ sở các quy định của Luật Thanh tra chuyên ngành, Luật Quản lý thuế và khoa học về nghiệp vụ thanh tra cũng như thực tiễn cơng tác thanh tra, quy trình thanh tra thuế được tiến hành theo các bước sau đây:
Bước 1: Chuẩn bị thanh tra
Bước 1 bao gồm các công việc: Khảo sát, nắm tình hình về đối tượng thanh tra về các nội dung: mơ hình tổ chức bộ máy của NNT; hệ thống các quy định của pháp luật liên quan; các thông tin liên quan về NNT; những nội dung dự kiến thanh tra; nhận định những vấn đề nổi cộm, có dấu hiệu sai phạm, đề xuất những nội dung cần thanh tra và cách thức tổ chức thực hiện.
Thủ trưởng cơ quan thuế ra quyết định thanh tra NNT và giao nhiệm vụ cho Đoàn thanh tra; Đoàn thanh tra phổ biến kế hoạch tiến hành thanh tra được duyệt và phân cơng nhiệm vụ cho các tổ, nhóm, các thành viên của Đoàn thanh tra; xây dựng đề cương yêu cầu đối tượng thanh tra báo cáo và thông báo về việc công bố quyết định thanh tra.
Bước 2: Tiến hành thanh tra
thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra tại trụ sở của NNT; kiểm tra, xác minh thông tin, tài liệu; nghiên cứu, phân tích, đối chiếu, so sánh, đánh giá; yêu cầu đối tượng thanh tra giải trình về những vấn đề liên quan đến nội dung thanh tra; tiến hành kiểm tra, xác minh thực tế (nếu cần); nếu phát có sai phạm thì phải tiến hành lập biên bản để xác định rõ nội dung, tính chất, mức độ của hành vi vi phạm, nguyên nhân dẫn đến vi phạm; báo cáo tiến độ, kết quả thực hiện nhiệm vụ thanh tra; ghi nhật ký của thành viên và của Đoàn thanh tra; lập biên bản xác nhận số liệu và dự thảo biên bản thanh tra.
Bước 3. Kết thúc thanh tra
Bước 3 bao gồm các cơng việc: Xây dựng, trình báo cáo kết quả thanh tra: Trưởng đoàn thanh tra xây dựng dự thảo kết luận thanh tra trình người ra quyết định thanh tra. Thủ trưởng cơ quan thuế ký ban hành và công bố kết luận thanh tra, gửi cho đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan theo quy định. Sau khi có kết luận thanh tra, tổ chức việc giao trả hồ sơ, tài liệu không cần thu giữ cho đối tượng thanh tra. Tổng kết hoạt động của Đoàn thanh tra, để đánh giá, rút kinh nghiệm.
Tuy nhiên, sự phân chia thành các bước trong quy trình thanh tra chỉ mang tính chất tương đối vì các bước này có mối liên hệ ràng buộc lẫn nhau, bước trước tạo tiền đề để tiến hành bước sau, bước sau nhằm tiếp tục và hoàn thiện bước trước và có những việc được thực hiện ở bước này, cũng là yêu cầu của bước kia, có những nội dung ở bước sau đã được hình thành trong khi tiến hành bước trước.