Luật Quản lý thuế đã thực sự chuyển từ cơ chế quản lý đối tượng sang cơ chế quản lý theo chức năng. Theo đó, cơng tác thanh tra thuế cũng thay đổi cả về tổ chức, cơ chế hoạt động và đội ngũ cán bộ làm công tác thanh tra.
Theo Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 28/09/2009, Quyết định số 106/QĐ-BTC ngày 14/01/2010 và Quyết định số 108/QĐ-BTC ngày 14/01/2010 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, Quyết định số 503/QĐ-TCT ngày 29/03/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của cơ quan thuế các cấp thì chức năng thanh tra thuế bao gồm ba cấp từ trung ương đến địa phương theo đúng tổ chức ba cấp của cơ quan thuế: Thanh tra ở Tổng cục Thuế, Thanh tra ở Cục Thuế và Thanh tra ở Chi cục Thuế. Tuy nhiên hiện bộ máy tổ chức thanh tra ngành thuế mới có 02 cấp là Vụ Thanh tra Tổng cục Thuế và Phịng thanh tra ở Cục Thuế mà chưa có Đội thanh tra ở Chi cục Thuế (khơng bao gồm cơ quan Thanh tra Bộ Tài chính).
Bộ máy thanh tra được tổ chức theo hệ thống dọc, gắn với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của CQT các cấp (Xem Sơ đồ 2.1)
Sơ đồ 2.1. Tổ chức bộ máy thanh tra thuế 2017
Bộ phận thanh tra thuộc Tổng cục Thuế (Vụ thanh tra): là đơn vị thuộc
Tổng cục Thuế, thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý Nhà nước của Tổng cục Thuế, có nhiệm vụ chủ yếu là: thực hiện chức năng thanh tra thuế, kiểm tra thuế đối với NNT; thanh tra giải quyết tố cáo về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của NNT trong phạm vi quản lý Nhà nước của Tổng cục Thuế.
Bộ phận thanh tra Cục Thuế (các phòng thanh tra thuế): là đơn vị thuộc Cục Thuế, thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuế trong phạm vi quản lý Nhà nước địa phương của Cục Thuế. Phòng thanh tra thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục Thuế và sự chỉ đạo về công tác nghiệp vụ thanh tra của Thanh tra Tổng cục Thuế. Phịng thanh tra thuế có nhiệm vụ: giúp Cục trưởng Cục Thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra thuế trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến NNT thuộc phạm vi Cục Thuế quản lý.