- Trước hết là do tính độc lập tương đối trong hoạt động của hai cơ quan với những nhiệm vụ, quyền hạn khác nhau do pháp luật quy định dẫn
đến xu hướng độc lập nhau. Khi thực hiện nhiệm vụ từng cơ quan phải bám vào chức năng của mình và thực hiện sự phối hợp trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ được giao. Do vậy giữa CQĐT và VKS có “khoảng cách” nhất định nào đó trong cùng thực hiện nhiệm vụ. Đây là xu hướng tự nhiên và là nguyên nhân quan trọng thuộc về bản chất.
- Điều kiện về nhân lực của VKSQS Quân khu 5, các CQĐT hình sự Quân đội bị hạn chế. Địa bàn quản lý một VKS rất rộng (một VKSQS khu vực kiểm sát từ 3 đến 4 tỉnh, thành phố) và đồng thời thực hiện thẩm quyền thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra với nhiều CQĐT hình sự Qn đội nên khơng đủ người để bám theo hoạt động điều tra. CQĐT thì lại vừa thực hiện thẩm quyền điều tra theo lãnh thổ, vừa thực hiện thẩm quyền điều tra theo quản lý đơn vị hành chính nên việc di chuyển rất xa, khó khăn cả về phương tiện vật chất, cả địa bàn hoạt động khơng quen. Vì vậy, tính nhanh chóng, kịp thời khơng cịn, khó truy ngun dấu vết và ngay cả tính phối hợp giữa các Cơ quan tố tụng trong và ngồi Qn đội cũng khơng được thực hiện tốt. Hơn nữa các CQĐT trong Quân đội lại thiếu lực lượng để bám nắm ở cơ sở nên rất khó khăn trong việc khám phá vụ án. Đây là một thực tế ảnh hưởng rất lớn đến việc hoàn thành nhiệm vụ của các CQĐT hình sự Quân đội và của VKSQS cả hai cấp ở Quân khu 5.
- Việc đào tạo ĐTV, KSV chưa ngang tầm với nhiệm vụ nên chất lượng, hiệu quả công việc chưa cao, ảnh hưởng đến quan hệ phối hợp. Chất lượng cán bộ quyết định chất lượng công việc. Năng lực cán bộ hạn chế thì hiệu quả cơng việc khơng cao, việc điều tra, xử lí vì thế bị kéo dài, nhiều sai sót, dẫn đến căng thẳng làm ảnh hưởng đến quan hệ phối hợp.
- Điều kiện cơ sở vật chất, kỹ thuật, trang thiết bị phục vụ cơng tác cịn thiếu thốn, lạc hậu ảnh hưởng đến hiệu quả công việc cũng như sự phối hợp thiếu kịp thời. Trong điều tra tội phạm, phương tiện kỹ thuật, trang thiết bị phục vụ cơng tác có ý nghĩa rất quan trọng. Cơ quan điều tra sẽ vơ cùng khó khăn nếu khơng có được sự hỗ trợ của các phương tiện kỹ thuật hiện đại.