Theo Hiến pháp năm 1959 của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, lần đầu tiên trong lịch sử Nhà nước dân chủ nhân dân Việt Nam, VKSND được quy định là một cơ quan nhà nước độc lập, chịu trách nhiệm trước Quốc hội. Căn cứ các điều 105, 106, Chương VIII của Hiến pháp năm 1959, ngày 15 tháng 7 năm 1960, Quốc hội khóa II, kỳ họp thứ nhất đã thơng qua Luật số 19 về Tổ chức VKSND. Luật này quy định rõ chức năng, nhiệm vụ của VKSND là: “kiểm sát việc tuân theo pháp luật, làm cho pháp luật được chấp hành nghiêm chỉnh và thống nhất, pháp chế dân chủ nhân dân được giữ vững” [26, tr.40].
Theo Hiến pháp 1959, VKSQS thuộc hệ thống VKSND đặt trong Quân đội nhân dân dưới sự chỉ đạo tập trung thống nhất của Viện trưởng VKSND tối cao. Tại Điều 4 Luật tổ chức VKSND quy định: các VKSND gồm có VKSND Tối cao, các VKSND địa phương và các VKSQS. Tổ chức VKSQS các cấp do Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định riêng, căn cứ vào những nguyên tắc tổ chức VKSND quy định trong luật này.
Tại phiên họp từ ngày 24 đến ngày 29 tháng 4 năm 1961, Thường trực Quân ủy Trung ương ra quyết nghị tổ chức VKSQS và bước đầu xây dựng hệ thống cơ quan VKSQS, nhanh chóng thực hiện nhiệm vụ mà Hiến Pháp năm 1959 và Luật tổ chức VKSND năm 1960 đã quy định.
Từ một bộ phận thuộc biên chế Cục Quân pháp, Tòa án binh, TAQS trước đây với nhiệm vụ chủ yếu là thực hành quyền công tố tại các phiên tòa, đến đây VKSQS đã ra đời và trở thành một hệ thống hoàn chỉnh với 2 cấp: VKSQS Trung ương (cấp 1), VKSQS cơ sở (cấp 2).
Ngày 01 tháng 02 năm 1963, Bộ Chính trị Ban chấp hành Trung ương Đảng ra Nghị quyết số 68/NQ-TW về công tác kiểm sát, xác định: “Công tác kiểm sát trong Quân đội do cơ quan Kiểm sát quân sự các cấp đảm nhiệm dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Quân ủy Trung ương. Về mặt chuyên môn, hệ thống Kiểm sát quân sự chịu sự lãnh đạo về nghiệp vụ của Viện trưởng VKSND tối cao” [26, tr.59].
Để đáp ứng yêu cầu duy trì kỷ luật Quân đội, pháp luật của Nhà nước trong toàn quân, ngày 17 tháng 12 năm 1975, Bộ tổng tham mưu ra quyết định số 162/TM, thành lập các VKSQS Quân khu 5, 7, 9, Qn đồn 4. Theo đó ngày 10 tháng 4 năm 1976, Thường vụ Đảng ủy - Bộ tư lệnh Quân khu 5 ra quyết định số 13/QĐKS thành lập VKSQS Quân khu 5.
Mặc dù mới được thành lập, biên chế chưa đủ, nhưng VKSQS Quân khu 5 đã triển khai ngay vào công việc chuyên môn nghiệp vụ, tập trung vào những khâu trọng yếu, phục vụ nhiệm vụ chính trị nhằm bảo đảm an ninh trật tự ở vùng mới giải phóng.
Năm 1987, VKSQS Quân khu 5 nhập cơ quan điều tra hình sự vào Viện kiểm sát, thành lập hai cấp: Viện quân khu và Viện khu vực. Hai Viện khu vực là VKSQS khu 4 gồm các tỉnh Quảng Nam, Đà Nẵng, Nghĩa Bình, Gia Lai, Kom Tum và VKSQS khu 5 gồm các tỉnh Phú Khánh, Thuận Hải, Đắc Lắc, Lâm Đồng.
Năm 1989, thành lập lại CQĐT hình sự Quân đội; tách CQĐT hình sự Quân khu 5 ra khỏi biên chế VKS. Đồng thời xóa phiên hiệu các VKSQS khu vực, thành lập các VKSQS theo địa bàn tỉnh.
Năm 1998, thành lập VKSQS khu vực, ngành Kiểm sát quân sự Quân khu 5 được tổ chức thành 6 khu vực với 7 VKS gồm: 01 VKSQS Quân khu và 06 VKSQS khu vực. Khu vực 1 (Quảng Nam, Đà Nẵng), khu vực 2 (Bình Định, Quảng Ngãi), khu vực 3 (Phú n, Khánh Hịa), Khu vực 4 (Ninh Thuận, Bình Thuận, Lâm Đồng), khu vực 5 (Gia Lai, Kom Tum), khu vực 6 (Đắc Lắc).
Năm 1999, để bảo đảm hiệu quả trong hoạt động quản lý hành chính quân sự, Quân khu 5 cắt 2 tỉnh Bình Thuận và Lâm Đồng chuyển về Quân khu 7. Vì vậy, tỉnh Ninh Thuận thuộc VKSQS khu vực 4 sáp nhập vào VKSQS khu vực 3.
Năm 2003, nằm trong cơ cấu của toàn ngành Kiểm sát quân sự gồm có VKSQS Trung ương, 16 VKSQS Quân khu và tương đương, 34 VKSQS khu vực. Cơ cấu tổ chức của VKSQS Quân khu 5 gồm có Ủy ban kiểm sát và 3 ban nghiệp vụ: Ban công tố và kiểm sát điều tra, kiểm sát xét xử án hình sự (gọi tắt là ban 1); Ban Kiểm sát thi hành án, kiểm sát việc tạm giữ, tạm giam, quản lý, giáo dục người chấp hành án phạt tù, Kiểm sát xét khiếu tố (gọi tắt là ban 2); Ban kế hoạch tổng hợp hành chính (gọi tắt là ban 3) và 3 VKSQS Khu vực gồm: VKSQS khu vực 51 (địa bàn đảm nhiệm gồm các tỉnh Đà Nẵng, Quảng Nam, Quãng Ngãi, Bình Định); VKSQS khu vực 52 (địa bàn đảm nhiệm gồm các tỉnh Gia Lai, Kom Tum, Đắc Lắc, Đắc Nông; VKSQS khu vực 53 (địa bàn đảm nhiệm gồm các tỉnh Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận) [27].
Về tổ chức đội ngũ cán bộ của VKSQS Quân khu 5, tính đến 2011, về trình độ chun mơn, 100% kiểm sát viên và kiểm tra viên của ngành kiểm sát quân sự Quân khu 5 có trình độ cử nhân Luật. Trong đó, có 03 KSV là thạc sĩ (đạt tỷ lệ 10%) và 06 KSV đang theo học cao học luật (đạt tỷ lệ 20%) và hầu hết KSV đã có trình độ cao cấp lý luận chính trị. Hiện nay được sự quan tâm của Đảng ủy VKSQS Quân khu, đội ngũ cán bộ, Kiểm sát viên, Kiểm tra viên của ngành kiểm sát quân sự Quân khu luôn thường xuyên được tạo điều kiện để bồi dưỡng nâng cao trình độ chun mơn nghiệp vụ và cơng nghệ thông tin…. Đây là một trong những điều kiện tốt để cán bộ, Kiểm sát viên, Kiểm tra viên của VKSQS Quân khu 5 học hỏi kiến thức, trau dồi kinh nghiệm để hồn thành tốt chức năng nhiệm vụ của mình.
Mặc dù lực lượng mỏng, địa bàn đảm nhiệm rộng, cộng với địa hình phức tạp, số lượng án xử lý luôn chiếm tỉ lệ cao trong tổng số vụ vi phạm pháp luật của toàn quân, nhưng đội ngũ cán bộ ngành Kiểm sát quân sự Quân khu 5, luôn thể hiện được bản lĩnh chính trị vững vàng, trình độ chun mơn nghiệp vụ sắc bén, đã đảm bảo được chức năng, nhiệm vụ của Đảng, Nhà nước, Quân đội giao cho góp phần xây dựng Quân đội ngày càng chính quy, hiện đại và trật tự xã hội, an ninh quốc gia được giữ vững. Vì vậy, trong những năm qua Ngành kiểm sát quân sự Quân khu 5 luôn là lá cờ đầu trong các phong trào thi đua của ngành VKSND, của Quân khu và Bộ Quốc phòng.