Một bộ phận ĐTV, KSV năng lực còn hạn chế, lại bảo thủ, thiếu cầu thị dẫn đến chất lượng giải quyết án không cao, thời gian giải quyết kéo dài, có trường hợp sai lầm khơng thể khắc phục, ảnh hưởng xấu đến quan hệ phối hợp giữa hai ngành. Có thể đánh giá sự hạn chế về năng lực thể hiện qua việc để trả hồ sơ điều tra bổ sung nhiều; phải gia hạn điều tra nhiều; Tỉ lệ khám phá thấp, án tạm đình chỉ nhiều; cịn để lọt tội phạm và người phạm tội.
Trong 5 năm (từ 2007 - 2011), VKSQS 2 cấp ở Quân khu 5 đã trả hồ sơ cho các CQĐT hình sự Quân đội để điều tra bổ sung 08 vụ/19 người. Tuy không nhiều nhưng rõ ràng thể hiện hạn chế của ĐTV, KSV. Lí do trả hồ sơ để điều tra bổ sung là do vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng như không chỉ định luật sư cho người chưa thành niên trong trường hợp khơng có người bào chữa, vi phạm điều 305 Bộ luật tố tụng hình sự, có trường hợp ĐTV tham gia Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng với tư cách thành viên Hội đồng là không đúng quy định tại Điều 42, Điều 60 Bộ luật tố tụng hình sự; do thiếu chứng cứ quan trọng đối với vụ án (theo khoản 1 Điều 168 Bộ luật tố tụng hình sự). Quá trình điều tra thu thập chứng cứ của ĐTV phiến diện, nhiều mâu thuẫn trong lời khai của bị can, người bị hại, người làm chứng nhưng không được làm rõ, đánh giá chứng cứ hời hợt, một chiều, kết luận chủ quan. KSV được phân công kiểm sát điều tra vụ án cũng không phát hiện những mâu thuẫn trong hồ sơ, những khiếm khuyết về chứng cứ trong quá trình điều tra để yêu cầu ĐTV khắc phục trước khi kết thúc điều tra, đến khi báo cáo vụ án với Lãnh đạo thì thấy khơng thể truy tố nên phải trả hồ sơ yêu cầu điều tra bổ sung; Bỏ lọt tội phạm trong quá trình điều tra thường ở hai dạng: lọt tội danh đối với bị can và lọt đồng phạm. ĐTV do hạn chế năng lực khơng phát hiện ngồi hành vi đã bị khởi tố, bị can cịn có hành vi phạm tội khác hoặc có đồng phạm khác nên khơng đề xuất khởi tố bổ sung mà kết luận điều tra chuyển VKS đề nghị truy tố. VKS thấy lọt tội nên trả hồ sơ điều tra bổ sung.
Cũng có trường hợp, trong quá trình điều tra, KSV đã yêu cầu bổ sung chứng cứ, làm rõ đồng phạm nhưng do bảo thủ, ĐTV đã không thực hiện yêu cầu của KSV; sự hạn chế năng lực còn dẫn đến việc điều tra kéo dài, hết thời hạn điều tra cơ bản nhưng chưa thể kết thúc điều tra nên phải đề nghị VKS gia hạn thời hạn điều tra mặc dù vụ án không quá phức tạp. Hoặc có vụ do đã hết thời hạn gia hạn tạm giam mà không thể gia hạn thêm, khi vụ án chưa được điều tra tồn diện, nhưng khơng thể thay đổi biện pháp ngăn chặn khác nên CQĐT kết thúc điều tra, chuyển hồ sơ đề nghị truy tố cho VKS và VKS phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Trong 5 năm (2007 - 2011) VKSQS Quân khu 5 đã thực hiện gia hạn thời hạn điều tra 20 vụ, chiếm tỷ lệ 6,92%; gia hạn thời hạn tạm giam 20 bị can, chiếm tỷ lệ 4,47%; sự yếu kém của ĐTV còn thể hiện ở việc khám phá các vụ án. Trong 5 năm (2007 - 2011) đã phải tạm đình chỉ 31 vụ/19 người, chiếm tỷ lệ 10,72% số vụ, 4,25% số người. Trong đó chủ yếu là do hết thời hạn mà khơng tìm ra người phạm tội; hoặc cịn để xảy ra đình chỉ 02 vụ/07 bị can theo khoản 2 Điều 107 Bộ luật TTHS. Sự yếu kém về nghiệp vụ của một số ĐTV là một trở ngại cho CQĐT trong việc giải quyết vụ án [58].
Sự hạn chế về năng lực của ĐTV, KSV không chỉ làm cho việc điều tra, xử lí vụ án kéo dài mà trong một số trường hợp còn làm cho oan sai, lọt tội phạm. ĐTV là người chịu trách nhiệm chính trong việc thu thập chứng cứ, đề xuất khởi tố và áp dụng các biện pháp ngăn chặn. KSV là người chịu trách nhiệm nghiên cứu hồ sơ, đánh giá chứng cứ và đề xuất phê chuẩn quyết định khởi tố và áp dụng các biện pháp ngăn chặn. Do đó khi năng lực hạn chế, họ đề xuất sai khiến làm oan người vơ tội. Có trường hợp khởi tố, truy tố sai tội danh, khi đưa ra xử, Hội đồng xét xử tuyên một tội danh khác nhẹ hơn. Tuy trong 5 năm qua chỉ có một trường hợp Tịa án tun bị cáo khơng phạm tội (Vụ Phạm Minh Công, về hành vi hủy hoại rừng Điều 189 BLHS), một trường hợp truy tố sai tội danh, khi đưa ra xử, Hội đồng xét xử tuyên một tội danh khác nhẹ hơn (vụ Nguyễn Đức, VKS truy tố tội giết người, Tòa án xét
xử về tội gây rối trật tự công cộng) nhưng đã xâm phạm nghiêm trọng danh dự, nhân phẩm của công dân bị hàm oan. Ngược lại, nhiều trường hợp sau khi xác minh tin báo, tố giác tội phạm đã có căn cứ để khởi tố vụ án nhưng ĐTV do năng lực hạn chế lại đề xuất ra quyết định không khởi tố vụ án vì cho rằng khơng đủ căn cứ để khởi tố. KSV cũng đồng tình quan điểm với ĐTV. Chỉ khi VKS Quân khu phối hợp với CQĐT hình sự Quân khu 5 kiểm tra mới phát hiện yêu cầu hủy bỏ quyết định không khởi tố, tiến hành khởi tố, điều tra. Cũng có trường hợp do năng lực hạn chế nên lẽ ra phải đề nghị truy tố thì ĐTV lại đề xuất đình chỉ điều tra bỏ lọt tội phạm và VKS phải hủy bỏ 03 quyết định đình chỉ vụ án, 03 quyết định đình chỉ bị can của CQĐT [58].
Bảo thủ đang là vấn đề ảnh hưởng nhiều đến quan hệ phối hợp ở nhiều địa phương hiện nay. Sự bảo thủ thường đi kèm và có nguyên nhân là hạn chế về trình độ, năng lực, bản lĩnh.