Điều tra hình sự Quân đội phù hợp với tiến trình cải cách tư pháp
Thực hiện quan điểm của Đảng về cải cách tư pháp trong các Nghị quyết số 08-NQ/TW, Nghị quyết 48, 49-NQ/TW; Kết luận số 79-KL/TW của Bộ Chính trị về đề án đổi mới tổ chức và hoạt động của Tòa án, Viện kiểm sát và Cơ quan điều tra theo Nghị quyết 49-NQ/TW; trong Văn kiện Đại hội lần thứ XI của Đảng; Nghị quyết số 67/NQ-ĐUQSTƯ và ý kiến của Quân uỷ Trung ương về triển khai các Đề án đổi mới về tổ chức và hoạt động của các Cơ quan tư pháp trong quân đội. Do những đặc thù riêng, từ chính sách quốc phịng của Đảng và Nhà nước ta là: “Xây dựng nền quốc phịng tồn dân” nên xương sống của các tổ chức Quân đội là các Qn khu; các Qn đồn, Binh chủng đóng quân trên địa bàn các Quân khu, có trách nhiệm phối hợp với các đơn vị của Quân khu trong việc bảo vệ an ninh, quốc phịng trên địa bàn đóng qn. Hơn nữa các vụ án xảy ra trong quân đội khơng nhiều, nhưng địa bàn quản lý rộng, đi lại khó khăn, nếu tổ chức thành nhiều đầu mối thì
biên chế tổ chức, cơ sở vật chất, phương tiện đảm bảo cho hoạt động của các cơ quan tư pháp sẽ bị hạn hẹp và một điều rất quan trọng là khi VKS thực hiện “tăng cường trách nhiệm công tố trong hoạt động điều tra, gắn công tố với hoạt động điều tra” thì phải xây dựng được cơ chế phối hợp nhịp nhàng, hiệu quả giữa các cơ quan tư pháp mà trực tiếp là giữa VKS và CQĐT trong đấu tranh phòng, chống tội phạm. Vì vậy, cần tổ chức mô hình TAQS, VKSQS, CQĐT hình sự Quân đội theo 3 cấp: cấp Trung ương, cấp vùng (theo địa bàn các quân khu) và khu vực. Về tổ chức ở mỗi vùng tương đương với mỗi Quân khu tổ chức một Tòa án, một VKS, một CQĐT. Tùy theo địa bàn của từng vùng mà tổ chức các Tòa án, VKS, CQĐT cấp khu vực cho phù hợp. Tổ chức như vậy đảm bảo nguyên tắc thực hiện thẩm quyền theo lãnh thổ mà pháp luật hiện hành quy định. Chẳng hạn như với địa bàn Quân khu 5 thì tổ chức 03 VKS khu vực; 05 đến 06 CQĐT khu vực để thực hiện thẩm quyền trên địa bàn Quân khu 5 mà không tổ chức thêm các CQĐT, VKS các quân đoàn, quân chủng, binh chủng khác. Căn cứ theo số lượng án xảy ra mà biên chế cả về cán bộ và phương tiện, vật chất đảm bảo. Trong đó ưu tiên hơn cho CQĐT và VKS, vì tính chất cơng việc thường xun là đột xuất, hay tập trung nhiều người giải quyết công việc cùng một lúc. Cơ chế Đảng lãnh đạo cũng như về hành chính quân sự được tổ chức theo ngành dọc nhằm tránh sự can thiệp không cần thiết của người chỉ huy các đơn vị quân đội. Như vậy, sẽ đảm bảo cho CQĐT hình sự Quân đội được tốt hơn cả về chất lượng ĐTV, cán bộ điều tra lẫn về cơ sở vật chất, phương tiện, kỹ thuật phục vụ công tác điều tra và cả trong quan hệ phối hợp chặt chẽ với VKSQS trong đấu tranh phòng, chống tội phạm.