Lịch sử hình thành và phát triển của CQĐT trong QĐND Việt Nam gắn liền với sự trưởng thành của QĐND Việt Nam. Sau khi cách mạng Tháng Tám thành công, cùng với nhiệm vụ chiến đấu chống thực dân Pháp và các tổ chức Việt gian phản động, cơng tác giữ gìn bí mật qn sự, phịng gian, bảo mật, bảo vệ lực lượng vũ trang cũng được đặt ra. Chính vì vậy, ngày 23 tháng 8 năm 1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký Sắc lệnh số: 163 về tổ chức Toà án binh lâm thời, trong đó quy định trách nhiệm các cấp chỉ huy tiến hành điều tra những vi
phạm trong đơn vị Quân đội và báo cáo cho Toà án binh biết có cần truy tố, xét xử hay khơng?
Để đảm bảo cho hoạt động của Toà án binh xét xử đúng người, đúng tội cần có hệ thống thực hiện cơng tác điều tra trong Quân đội. Ngày 16 tháng 02 năm 1947, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh số 19 quy định chức năng, quyền hạn của Ủy viên Chính phủ ở Tồ án binh kiêm cơng tố trước Toà án, tổ chức dự thẩm (nay gọi là Điều tra viên) được hình thành từ Trung ương cho đến cấp liên khu. Như vậy, mặc dù chưa có quyết định chính thức nhưng hệ thống CQĐT đã được hình thành trong lực lượng Quân đội nhân dân.
Để đáp ứng yêu cầu đấu tranh chống tội phạm xảy ra trong Quân đội nhân dân, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký Sắc luật số 218, ngày 19 tháng 11 năm 1948 về thành lập hệ thống Quân pháp trong Quân đội nhân dân cấp Trung ương đến cấp liên khu. Ngày 19 tháng 6 năm 1949, Chủ tịch Hồ Chí Minh cơng bố Sắc lệnh số 50 quy định Bộ Quốc phòng được tổ chức hệ thống Quân pháp trong đó có cả Tồ án binh.
Như vậy, hệ thống Quân pháp được thành lập theo cơ cấu tổ chức từ Tổng Cục chính trị đến các sư đồn, đại đồn. Chức năng, nhiệm vụ chính của lực lượng Quân pháp không chỉ thực hiện nhiệm vụ điều tra, xét xử mà cịn làm cơng tác bảo vệ chính trị nội bộ, bảo đảm sự trong sạch trong lực lượng vũ trang, chống địch xâm nhập nội bộ. Trên cơ sở đó, năm 1951 Quân uỷ Trung ương đã ra quyết định thành lập lực lượng Bảo vệ - Quân pháp thuộc Tổng cục chính trị. Năm 1955, do u cầu của cơng tác bảo vệ nội bộ, Quân uỷ Trung ương quyết định tách lực lượng Bảo vệ - Quân pháp thành 02 lực lượng độc lập: Bảo vệ Quân đội (tiền thân của Cơ quan An ninh điều tra Quân đội) và Quân pháp. Ngày 29 tháng 9 năm 1961, Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định số 132/CP quy định về nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Bộ Công an đã quy định: Cục Quân pháp sau khi tách khỏi Cục Bảo vệ - Quân pháp có nhiệm vụ đấu tranh đấu tranh chống tội phạm hình sự trong Quân đội, điều tra
các vụ án, hoàn thành hồ sơ và chuyển vụ án sang Phịng Cơng tố thuộc Tồ án binh để xét xử. Trong gian này VKSQS thuộc Cục Quân pháp cùng các lực lượng làm nhiệm vụ điều tra tiến hành điều tra các vụ án hình sự các vụ án hình sự liên quan đến quân nhân phạm tội hoặc thường dân gây thiệt hại nghiêm trọng cho Quân đội.
Đến năm 1974, do yêu cầu thực tế của tình hình đấu tranh chống tội phạm trong Quân đội, Bộ Quốc phòng đã ra Quyết định số: 205 tháng 12 năm 1974 tách VKSQS thành một bộ phận độc lập. Cục Quân pháp lúc này chỉ làm nhiệm vụ điều tra hình sự. Năm 1980, Bộ Quốc phịng đã ra Quyết định số 550/ QĐ - BQP đổi tên Cục Quân pháp thành Cục điều tra hình sự thuộc Bộ Quốc phịng. Lực lượng điều tra hình sự được thành lập từ cấp Bộ đến các Tổng cục, Quân khu, Quân chủng, Sư đoàn, Bộ chỉ huy quân sự cấp tỉnh. Cũng vào năm 1980 theo Quyết định số 704/QĐ - BQP ngày 05 tháng 12 năm 1980 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Cục Bảo vệ chuyển giao nhiệm vụ điều tra những vụ án phản cách mạng cho Cục điều tra hình sự. Như vậy, lực lượng điều tra hình sự của Bộ Quốc phịng có nhiệm vụ điều tra tất cả các tội phạm thuộc thẩm quyền xét xử của TAQS.
Sau khi có Bộ luật TTHS và Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự, CQĐT hình sự trong Quân đội được tổ chức thành 02 lực lượng: CQĐT hình sự và Cơ quan An ninh điều tra. Để cụ thể hoá các quy định của Bộ luật TTHS và pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự, Bộ Quốc phịng đã ban hành Quyết định số 236/QĐ-TM ngày 21/8/1990 về tổ chức CQĐT hình sự trong Quân đội.
Theo chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước về cải cách tư pháp theo hướng tinh giảm biên chế và đầu mối nhưng bảo đảm công tác chuyên môn. Uỷ ban Thường vụ Quốc hội ra Nghị quyết số: 728/2004/NQ - UBTVQH11, ngày 20/8/2004 về việc: “Thành lập cơ quan điều tra hình sự, Cơ quan An ninh điều tra Quân khu và tương đương, cơ quan điều tra hình sự khu vực” [48].
Hệ thống tổ chức tồn ngành ĐTHS Quân đội hiện nay (năm 2012) gồm có 98 Cơ quan ĐTHS các cấp, bao gồm 3 cấp là: CQĐT hình sự Bộ Quốc phịng (Cục); 31 CQĐT hình sự các Quân khu, Quân chủng, Quân đoàn, Tổng cục và Bộ Tổng tham mưu, binh chủng, binh đoàn, Bộ đội Biên phịng và CQĐT hình sự các Tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ Quốc phịng
(Phịng) và 66 CQĐT hình sự khu vực.
Do có những đặc thù riêng về thẩm quyền của các cơ quan tư pháp trong Quân đội. TAQS có thẩm quyền xét xử theo lãnh thổ; CQĐT hình sự trong Quân đội là vừa thực hiện thẩm quyền điều tra theo địa phận nơi tội phạm xảy ra, vừa thực hiện thẩm quyền điều tra theo đối tượng quản lý; VKSQS thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra các vụ án xảy ra trên phạm vi cả nước. Truy tố và thực hành quyền công tố, kiểm sát xét xử tại TAQS nơi tội phạm được thực hiện. Do đó, VKSQS ở các Quân khu thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra các vụ án hình sự thuộc thẩm quyền điều tra của các CQĐT Quân khu mình xảy ra trên phạm vi cả nước; thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra các vụ án hình sự thuộc thẩm quyền điều tra của các CQĐT các Binh đoàn, Binh chủng, CQĐT cơ quan Bộ Quốc phòng và CQĐT các Tổ chức sự nghiệp Bộ Quốc phòng xảy ra trên địa bàn quân khu mình. Đối với các VKSQS khu vực thực hành quyền công tố và kiểm sát hoạt động tư pháp đối với những vụ án hình sự thuộc thẩm quyền theo địa bàn được phân công của Quân khu.
Vì vậy, hiện nay Cơ quan VKSQS Quân khu 5 (gồm cấp Quân khu và cấp khu vực) thực hành quyền công tố và kiểm sát hoạt động tư pháp trong giai đoạn điều tra đối với các CQĐT hình sự Quân đội sau:
- Các CQĐT hình sự thuộc Qn khu 5 (phịng Điều tra hình sự và 05 CQĐT hình sự khu vực);
- Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh đồn 15 - Bộ Quốc phòng; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh đồn 11 - Bộ Quốc phịng;
- Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh đồn 12 - Bộ Quốc phịng; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh đồn 16 - Bộ Quốc phịng; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Tổng cục Hậu cần - Bộ Quốc phịng; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực 2, các tổ chức sự nghiệp - Bộ Quốc phịng;
- Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực cơ quan Bộ Quốc phòng; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh chủng Cơng binh; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh chủng Thông tin liên lạc; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh chủng Đặc cơng; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh chủng Hóa học; - Phịng ĐTHS và CQĐT hình sự khu vực Binh chủng Pháo binh; Riêng các CQĐT thuộc Qn chủng Hải qn, Phịng khơng - khơng qn, Biên phịng thì do các VKSQS qn chủng đó kiểm sát khi có vi phạm pháp luật, tội phạm xảy ra trên địa bàn lực lượng vũ trang Quân khu 5, mà không thuộc thẩm quyền của VKSQS Quân khu 5.
Như vậy, có thể thấy tính phức tạp của địa bàn lực lượng vũ trang Quân khu 5 với rất nhiều các cơ quan, đơn vị của Quân khu và của Bộ Quốc phòng đứng chân, từ các đơn vị quân sự đến các đơn vị kinh tế quốc phịng. Do đó, mối quan hệ giữa VKSQS Quân khu 5 với các CQĐT hình sự Quân đội nêu trên rất đa dạng, phức tạp trong việc quản lý tình hình vi phạm, tội phạm thuộc thẩm quyền xét xử của TAQS xảy ra trên địa bàn Quân khu 5.