2.2.1.Nguồn kinh phí từ NSNN:
2.2.3. Huy động từ nguồn viện trợ và các nguồn khác:
Đây là khoản có từ sự trợ giúp của chính phủ nước khác, từ các tổ chức cũng như các tổ chức phi chính phủ đầu tư vào Bệnh viện. Các nguồn này được đưa vào hoạt động trong lĩnh vực từ năm 2003 có 871 tỷ đồng và liên tục tăng hàng năm đạt 1460 tỷ đồng vào năm 2006 tuy nhiên tỷ trọng chiếm 2,7% của chi tiêu y tế toàn xã hội năm 2003 và 2,3% năm 2006.
Nguồn này hỗ trợ đắc lực cho việc nâng cao chất lượng dịch vụ, hiện đại hoá Bệnh viện cũng như đào tạo nguồn nhân lức có năng lực, nâng cao chuyên môn. Trên thực tế Bệnh viện đã nhận được nhiều sự giúp đỡ của các chính phủ, tổ chức nước ngồi tài trợ chính cho các hoạt động chun mơn như dự án Oxford của
chính phủ Anh, dự án Life-gap, HAIVN của chính phủ Mỹ, dự án Jica của Chính phủ Nhật...giúp tăng cường cơng tác chun môn cũng như tạo thêm thu nhập cho cán bộ nhân viên được tham gia trong các dự án, qua đó cịn giúp Viện có thể theo kịp với sự tiến bộ của Y học trên thế giới và ứng dụng các tiến bộ đó cho hoạt động của mình.
Từ năm 2007 đến nay, Bệnh viện đã tiến hành nghiên cứu, thực hiện rất nhiều các đề tài từ cấp cơ sở đến cấp Nhà nước, cùng phối hợp với bộ môn truyền nhiễm trường Đại học Y Hà Nội đã đào tạo cho nhiều đối tượng cả đại học và sau Đại học đã đáp ứng rất tốt cho cơng tác phịng chống dịch bệnh và chuẩn đốn điều trị bệnh truyền nhiễm.
Hợp tác với nhiều tổ chức Quốc tế trong các hoạt động đào tạo, nghiên cứu và triển khai các hoạt động can thiệp, đặc biệt là đối với bệnh nhân HIV/AIDS, Viện thường xuyên được mời cố vấn, tham dự các hội nghị quốc tế và thường xuyên có các tổ chức, chuyên gia y tế nước ngoài đến thăm, trao đổi kinh nghiệm trong các lĩnh vực hoạt động của Bệnh viện, từng bước củng cố thêm uy tín của Bệnh viện đối với các đối tác trong và ngoài nước.
Tuy nhiên, nguồn này hiện nay vẫn còn chiếm một tỷ lệ khá khiêm tốn năm 2007 chỉ có 1201 triệu đồng chiếm 2,9% trong tổng nguồn thu, năm 2008 đạt 340 triệu đồng chiếm 1%, và đến năm 2010 là 1094 triệu đồng chiếm 2% so với tổng nguồn thu. Điều đó chứng tỏ cho dù là con số với nguồn thu này thể rất khiêm tốn trong tổng nguồn thu nhưng Bệnh viện cũng đã cố gắng rất nhiều trong việc huy động vốn tài trợ từ các nước ngoài và nguồn vốn liên doanh liên kết với các tổ chức khác.