Trong điều kiện kinh tế thị trường, việc tôn trọng quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các đơn vị y tế cơ sở phải đi đôi với tăng cường quản lý Nhà nước về y tế. Nhà nước là người ban hành luật pháp, giám sát và điều chỉnh tài chính giữa thơng qua chính sách thuế, chi của ngân sách quốc gia và các quy định về kiểm soát hoạt động chu chuyển và thanh toán tiền tệ trong hệ thống tài chính y tế. Nhà nước cũng có thể điều chỉnh cơ chế hoạt động của hệ thống tài chính y tế trong những trường hợp cần thiết.
Trước đổi mới cho đến cuối những năm 80 của thế kỷ trước, NSNN là nguồn tài chính chủ yếu của bệnh viện. Việc phân bổ NSNN cho các cơ sở KCB được thực hiện dựa trên các yêu cầu nguồn lực đầu vào để đảm bảo vận hành cơ sở KCB, như số giường bệnh được giao và định mức bình quân cho giường bệnh, số biên chế, trang thiết bị và chi tiêu thường xuyên khác. Với khả năng tài chính hạn hẹp, song hầu như mọi người dân được KCB miễn phí với chất lượng dịch vụ hạn chế. Cơng
tác quản lý tài chính y tế trong thời kỳ này được thực hiện theo phương thức kế hoạch hố tập trung. Bộ tài chính, Bộ kế hoạch và Đầu tư thống nhất quản lý ngân sách đầu tư cho lĩnh vực y tế. Bộ y tế có rất ít thơng tin quản lý ở địa phương.
Trước khi có luật ngân sách sửa đổi 2002, NSNN được phân bổ cho các bệnh viện theo những định mức chung theo khu vực kinh tế - xã hội. Từ khi có luật ngân sách sửa đổi, mức ngân sách cho tuyến tỉnh và huyện chủ yếu do chính quyền địa phương quyết định và có sự khác nhau đáng kể. Hiện chưa có một hệ thống dữ liệu chính thức và phương thức phân bể cho ngân sách chính thống cho các bệnh viện.
Nguồn kinh phí do NSNN cấp bao gồm: kinh phí đảm bảo hoạt động thường xuyên thực hiện chức năng nhiệm vụ được giao, kinh phí thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và cơng nghệ, kinh phí thực hiện các chương trình đào tạo bồi dưỡng cán bộ viên chức trong đơn vị, kinh phí thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia, vốn đầu tư xây dựng cơ bản, kinh phí mua sắm trang thiết bị sửa chữa lớn tài sản cố định phục vụ hoạt động sự nghiệp y tế...
Từ năm 2007, phương thức phân bổ ngân sách đã có những chuyển đổi theo hướng khốn ngân sách, giảm bớt những quy định liên quan tới các định mức tài chính khá cứng nhắc đối với các cơ sở bệnh viện.
Cùng với việc thực hiện chính sách thu một phần viện phí, nhất là chính sách xã hội hoá, giao quyền tự chủ cho bệnh viện, tỷ trọng NSNN cấp cho bệnh viện ngày càng có xu thế giảm.
NSNN cấp cho các cơ sở cung ứng dịch vụ KCB công lập hiện nay chủ yếu là để chi cho lương và hỗ trợ đầu tư phát triển ( tuỳ theo khả năng tự chủ về tài chính của bệnh viện) và một phần cho chi thường xuyên. Kinh phí hoạt động thường xuyên của các bệnh viện có khả năng tự chủ về tài chính cao chủ yếu lấy từ nguồn thu sự nghiệp (gồm viện phí và chi trả của BHYT). Nguồn đầu tư phát triển được cấp theo các quyết định đầu tư được duyệt.