Truy tố là giai đoạn cuối của hoạt động kiểm sát điều tra vụ án hình sự, thể hiện qua việc VKSQS ra cáo trạng truy tố bị can ra trước Tòa án quân sự để xét xử về một tội danh nào đó được quy định tại BLHS.“Cơng tác kiểm sát thực hành quyền công tố và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc điều tra các vụ án hình sự bắt đầu từ khi có dấu hiệu tội phạm xảy ra đến khi kết thúc việc điều tra, Viện kiểm sát ra quyết định truy tố hoặc đình chỉ vụ án theo quy định của pháp luật” (Điều 2-Quy chế công tác thực quyền công tố và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong việc điều tra các vụ án hình sự).
Thời hạn quyết định truy tố được quy định tại Điều 166 BLTTHS. Trong thời hạn 20 ngày đối với tội phạm ít nghiêm trọng và tội phạm nghiêm trọng, 30 ngày đối với tội phạm rất nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng kể từ ngày
nhận được kết luận điều tra đề nghị truy tố cùng toàn bộ hồ sơ vụ án do CQĐT quân đội chuyển đến, VKSQS phải ra một trong các quyết định sau:
- Truy tố ra trước Tòa án quân sự cùng cấp bằng một bản cáo trạng. Đây là trường hợp sau khi xem xét đánh giá chứng cứ có trong hồ sơ vụ án, VKSQS thấy đã đầy đủ chứng cứ để truy tố bị can ra trước Tòa án quân sự để xét xử theo đề nghị của CQĐT.
- Trả hồ sơ cho CQĐT để điều tra bổ sung trong trường hợp qua xem xét đánh giá chứng cứ, thấy cần phải tiếp tục thu thập tài liệu chứng cứ để làm rõ hành vi phạm tội của bị can đã bị khởi tố hoặc cần điều tra làm sáng tỏ thêm một số nội dung trong vụ án.
- Đình chỉ hoặc tạm đình chỉ vụ án hình sự theo quy định tại Điều 169 BLTTHS.
Trong thời hạn 3 ngày kể từ ngày ra các quyết định trên, VKSQS phải thông báo cho bị can, người bào chữa biết. Đối với cáo trạng thì phải tống đạt cho bị can và lập biên bản tống đạt theo quy định.
Đối với những trường hợp cần thiết, do yêu cầu khách quan cần có thêm thời gian để xử lý, VKSQS có thể gia hạn thời hạn quyết định truy tố, nhưng không quá 10 ngày đối với tội phạm ít nghiêm trọng và tội phạm nghiêm trọng, khơng q 15 ngày đối với tội phạm rất nghiêm trọng và không quá 30 ngày đối với tội phạm đặc biệt nghiêm trọng.
Khoản 3 Điều 166 BLTTHS quy định trong thời hạn 3 ngày kể từ ngày ra ra quyết định truy tố bằng bản cáo trạng, VKSQS phải bàn giao cáo trạng cùng tồn bộ hồ sơ vụ án cho Tịa án qn sự cùng cấp để Tòa án thụ lý giải quyết theo thẩm quyền.
Bản cáo trạng là một văn bản pháp lý thể hiện quan điểm của VKS đối với người phạm tội và đối với vụ án hình sự. Nội dung của bản cáo trạng phải chặt chẽ, chính xác và tuân thủ theo các quy định tại Điều 167 BLTTHS.
Trong quá trình KSĐT, ngoài việc kiểm sát các hoạt động như đã nêu trên của CQĐT, VKSQS còn phải thực hiện chức năng giám sát việc tuân theo
pháp luật trong hoạt động tố tụng khác được quy định cụ thể trong BLTTHS như: kiểm sát việc lấy lời khai của người bị hại, nguyên đơn dân sự, bị đơn dân sự, người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan đến vụ án (Điều 136); kiểm sát việc đối chất (Điều 138); kiểm sát việc nhận dạng (Điều 139); kiểm sát việc khám người (Điều 142); kiểm sát việc khám chỗ ở, chỗ làm việc, địa điểm (Điều 143); kiểm sát việc kê biên tài sản (Điều 146); kiểm sát việc thực nghiệm điều tra (Điều 153).... Tùy theo đặc điểm của từng vụ án mà CQĐT tiến hành các hoạt động khác nhau để giải quyết vụ án hình sự, do đó VKSQS phải thực hiện tốt chức năng của mình để đảm bảo cho hoạt động khởi tố, điều tra tội phạm của CQĐT ln ln đúng theo trình tự, thủ tục cũng như các quy định của pháp luật.