Bên cạnh những mặt đã làm được, trong thời gian qua công tác kiểm sát hoạt động khởi tố, điều tra của VKSQS Qn khu 5 cịn có những hạn chế tồn tại nhất định, làm ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động của mặt công tác này.
Trong hoạt động kiểm sát khởi tố vụ án hình sự, VKSQS đã phát hiện có trường hợp quyết định khởi tố vụ án hình sự của CQĐT không ghi khoản của điều luật theo quy định tại Điều 104 BLTTHS. Tuy nhiên vi phạm này vẫn rất khó khắc phục, bởi khi khởi tố vụ án CQĐT mới xác định có dấu hiệu của tội phạm mà chưa thu thập được đủ các chứng cứ để xác định khung tăng nặng quy định trong điều luật. Ví dụ: Ngày 23/6/2009, Nguyễn Thanh N điều khiển xe ô tô chở vật liệu xây dựng lưu hành trên Quốc lộ 1A theo hướng Bắc-Nam, đến khu vực gần trạm thu phí Hịa Phước (Hịa Vang, Đà Nẵng) do đi lấn đường nên đã va chạm với xe ơ tơ của Binh đồn 15 đi ngược chiều làm quân nhân Siu B chết, xe ô tô của Binh đồn hư hỏng nặng. CQĐT hình sự khu vực Binh đồn 15 đã khởi tố vụ án hình sự về tội “Vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường bộ” nhưng không ghi khoản của Điều 202 BLHS, do chưa có kết luận của Hội đồng định giá tài sản đối với
thiệt hại của xe ô tô bị tai nạn. Mặt khác, có loại tội phạm khi phát hiện đã bị CQĐT khởi tố, nhưng không khởi tố theo khoản tương ứng được do bởi chưa có văn bản pháp luật nào hướng dẫn.
Trong hoạt động kiểm sát khởi tố bị can vẫn còn trường hợp VKSQS Quân khu 5 phải ra quyết định hủy quyết định khởi tố bị can của CQĐT. Tuy lý do của việc phải hủy các quyết định khởi tố bị can nói trên khơng phải là do bị can không phạm tội, mà do khởi tố không đúng với tội mà các bị can đã phạm. Nhưng qua đó cũng cho thấy rằng cơng tác việc khởi tố bị can vẫn chưa chặt chẽ, quá trình nghiên cứu, đánh giá các chứng cứ mà CQĐT thu thập ban đầu để làm cơ sở cho việc khởi tố vụ án, khởi tố bị can của VKSQS còn chưa bảo đảm đầy đủ căn cứ pháp lý cho việc khởi tố. Việc đề ra các yêu cầu điều tra sau khi CQĐT khởi tố vụ án vẫn cịn có trường hợp chung chung, mang nặng tính hình thức, thủ tục nên chưa đáp ứng được mục đích của việc đề ra yêu cầu điều tra. Số án phải tạm đình chỉ do hết thời hạn điều tra mà vẫn không xác định được bị can đã thực hiện tội phạm vẫn còn tồn tại ở các năm. Trong hoạt động KSĐT đối với một số vụ án đã không được thực hiện thường xuyên, chưa bám sát chặt chẽ q trình điều tra nên cơng tác KSĐT trở nên thụ động, từ đó khơng kịp thời phát hiện ra các vi phạm pháp luật trong quá trình điều tra cũng như khơng chỉ đạo được q trình điều tra. Những thiếu sót trong cơng tác KSĐT cũng là nguyên nhân làm cho chất lượng điều tra vụ án cũng như chất lượng công tác kiểm sát hoạt động điều tra chưa được cao, dẫn đến tình trạng phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Việc phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung vẫn còn xảy ra (từ năm 2007 đến năm 2011 VKSQS Quân khu và các VKSQS khu vực đã phải trả hồ sơ cho CQĐT để điều tra bổ sung 08 vụ/ 19 bị can). Việc trả hồ sơ để điều tra bổ sung là do các lý do sau:
- Do chứng cứ chưa bảo đảm cho việc truy tố mà VKSQS không thể bổ sung, thu thập được. Đây là hạn chế của việc thực hiện chức năng kiểm sát điều tra, VKS không phát hiện được những vi phạm, thiếu sót của CQĐT
trong q trình điều tra vụ án. Những chứng cứ thiếu không bảo đảm cho việc truy tố thường gặp là việc xác định hành vi, vai trò, mục đích, động cơ gây án của người thực hiện hành vi phạm tội; xác định năng lực trách nhiệm hình sự của người phạm tội; chưa làm rõ trách nhiệm của những người có liên quan, những tình tiết tăng năng hoặc giảm nhẹ trách nhiệm hình sự; nhân thân của người phạm tội; xác định trách nhiệm dân sự, các vấn đề về bồi thường thiệt hại; chưa tổ chức giám định hoặc giám định không khách quan, chưa thu thập vật chứng, việc định giá tài sản bị thiệt hại chưa đúng quy định tại Nghị định số 26/2005/NĐ-CP ngày 02 tháng 3 năm 2005 của Chính phủ...
- Do có căn cứ để khởi tố bị can thêm về một tội danh khác. Đây là trường hợp bị can phạm nhiều tội nhưng trong quá trình KSĐT, VKS đã khơng phát hiện được để kịp thời yêu cầu CQĐT ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố bị can, nên khi CQĐT đã kết luận điều tra và chuyển hồ sơ sang VKSQS đề nghị truy tố thì VKS mới phát hiện việc khởi tố sót tội.
Đối với việc thực hiện chức năng kiểm sát hoạt động khám nghiệm hiện trường, một số KSV chưa nhận thức rõ vai trị, trách nhiệm của mình nên trong nhiều trường hợp tham gia kiểm sát hoạt động khám nghiệm hiện trường còn lúng túng, thụ động, tham gia cho đủ thành phần chứ không phát hiện các vi phạm của CQĐT trong quá trình khám nghiệm hiện trường, hoặc nếu có phát hiện nhưng lại khơng đề ra u cầu khắc phục kịp thời, dẫn đến việc gặp nhiều khó khăn trong q trình giải quyết vụ án. Đối với một số trường hợp khám nghiệm hiện trường chưa được thực hiện kịp thời nên việc thu thập dấu vết trên hiện trường bị hạn chế do hiện trường không được bảo vệ nguyên vẹn.