Công tác tổ chức cán bộ là một trong những cơng tác có tầm quan trọng và ảnh hưởng rất lớn đến khả năng hồn thành nhiệm vụ của đơn vị. Do đó, việc kiện tồn lại cơ cấu tổ chức, sắp xếp lại đội ngũ cán bộ Kiểm sát viên VKSQS Quân khu ở cả hai cấp sẽ đáp ứng được những yêu cầu trong việc thực hiện chức năng thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp.
Mơ hình tổ chức của VKSQS hiện nay theo cấp quản lý hành chính là chưa phù hợp với thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự là quản lý theo lãnh
thổ. Do hoạt động theo sự quản lý hành chính quân sự nên giữa VKSQS Quân khu 5 với các VKSQS khác thường có sự chồng chéo, trùng lặp khi thực hiện nhiệm vụ. Điều này dẫn đến chất lượng của kiểm sát hoạt động khởi tố, điều tra các vụ án hình sự bị ảnh hưởng khơng nhỏ. Vì vậy, cơ cấu tổ chức của VKSQS cần phải được đổi mới cho phù hợp với yêu cầu cải cách tư pháp, xây dựng Nhà nước Pháp quyền Việt Nam xã hội chủ nghĩa.
Trong thời gian tới, VKSQS cần đổi mới bộ máy tổ chức hoạt động theo hướng phù hợp với thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự. VKSQS cấp quân khu, khu vực sẽ quản lý, xử lý, giải quyết vi phạm, tội phạm xảy ra trên địa bàn Quân khu 5 mà khơng phụ thuộc vào việc qn nhân có hành vi phạm tội đó thuộc sự quản lý hành chính qn sự của đơn vị nào, cũng như thiệt hại gây ra cho quân đội có liên quan đến Qn khu 5 hay khơng. Hiện nay, VKSQS Quân khu 5 chỉ có 3 khu vực, trong đó VKSQS khu vực 52 quản lý địa bàn rộng, giao thông không thuận lợi với 4 Bộ chỉ huy quân sự tỉnh, hai Binh đoàn và rất nhiều đơn vị độc lập có qn số thường trực chiến đấu rất đơng. Để bảo đảm cho việc kiểm sát hoạt động khởi tố điều tra các vụ án hình sự của các CQĐT qn đội trên địa bàn có hiệu quả, thì cần nên thành lập thêm một VKSQS cấp khu vực trên địa bàn Tây Nguyên.
Công tác tạo nguồn của VKSQS Quân khu 5 phải được mở rộng việc tuyển đầu vào. Ngoài hai nguồn tuyển chọn như trước đây, theo chúng tôi nên bổ sung thêm việc tìm nguồn cán bộ ở nơi khác về. Đó là việc có thể nhận các sỹ quan đã tốt nghiệp Học viện chính trị quân sự, hoặc sỹ quan đã tốt nghiệp Đại học các chuyên ngành xã hội, sau đó đưa về VKSQS vừa rèn luyện thực tiễn, vừa cho đi học văn bằng hai Đại học Luật để đáp ứng tiêu chí bổ nhiệm KSV cũng như bảo đảm được kiến thức chuyên môn cơ bản.
Ngành kiểm sát quân sự quân khu cần thường xuyên tổ chức đào tạo bồi dưỡng, luân chuyển đội ngũ KSV vào những công việc phù hợp, nhất là chú trọng đến việc giao nhiệm vụ cho KSV thực hành quyền công tố và kiểm
sát điều tra vụ án hình sự. Cần tăng cường cơng tác rà sốt để phát hiện những cán bộ KSV bị hạn chế về mặt nào đó trong cơng tác kiểm sát để kịp thời bồi dưỡng, bên cạnh đó cũng xác định được cán bộ KSV thiếu trách nhiệm trong công tác, vi phạm kỷ luật…để xử lý kỷ luật cũng như đưa ra khỏi ngành.