Kiểm sát hoạt động khởi tố, điều tra là hoạt động duy nhất chỉ có ở cơ
quan VKS các cấp trong và ngồi qn đội. Vì vậy, tổ chức cũng như nhân sự ở các cơ quan này là điều kiện rất quan trọng để nâng cao chất lượng cho việc kiểm sát hoạt động khởi tố, điều tra.
VKSQS Trung ương trong thực tiễn chỉ đạo điều hành đã luôn chú ý xây dựng và hoàn thiện để nâng cao hiệu quả trong q trình thực hiện nhiệm vụ của các phịng nghiệp vụ của VKSQS Trung ương, của VKSQS cấp quân khu và tương đương, của các VKSQS khu vực phù hợp với Hiến pháp, Luật tổ chức VKSND và Pháp lệnh tổ chức VKSQS. Xây dựng đội ngũ cán bộ, Kiểm sát viên đủ về số lượng, đảm bảo về chất lượng, thường xuyên chỉ đạo hướng dẫn cụ thể đối với VKSQS cấp dưới trong THQCT và Kiểm sát các hoạt động tư pháp.
VKSQS cấp quân khu và tương đương là các Viện kiểm sát cấp thứ 2 trong hệ thống VKSQS, đặt dưới sự chỉ đạo, điều hành và quản lý của VKSQS Trung ương. Vị trí, vai trị của VKSQS cấp thứ 2 được đảm bảo về cơ cấu tổ chức, trong đó có vai trị của Lãnh đạo viện, ban nghiệp vụ và đội ngũ cán bộ KSV. Như vậy với một cơ cấu tổ chức hợp lý, một đội ngũ cán bộ KSV có phẩm chất chính trị vững vàng, giỏi về chun mơn, trong sáng về đạo đức thì VKSQS cấp quân khu và tương đương sẽ thực hiện tốt chức năng nhiệm vụ của ngành trong điều kiện đổi mới hiện nay.
Cấp cơ sở trong cơ cấu tổ chức của VKSQS là các VKSQS khu vực. Địa bàn thực hiện chức năng kiểm sát của các VKSQS khu vực tùy thuộc vào đặc điểm địa lý cũng như tình hình của từng qn khu, qn đồn, qn chủng. VKSQS khu vực THQCT và kiểm sát hoạt động tư pháp đối với các vụ án hình sự về những tội phạm ít nghiêm trọng, tội phạm nghiêm trọng, tội
phạm rất nghiêm trọng (trừ một số loại tội phạm như các tội xâm phạm an ninh quốc gia, các tội chống phá hòa bình, chống lồi người và tội phạm chiến tranh, các tội quy định tại các điều 93, 95, 96, 172, 216… BLHS). Đội ngũ cán bộ, kiểm sát viên của VKSQS khu vực chính vì vậy ln được tuyến chọn bổ sung, tăng cường và ln được học tập để nâng cao trình độ năng lực chun mơn và kiến thức qn sự, chính trị để kịp thời đáp ứng với yêu cầu trong quá trình cải cách tư pháp và hồn thành tốt nhiệm vụ được giao.
Đối với việc nâng cao chất lượng của hoạt động kiểm sát việc khởi tố, điều tra các vụ án hình sự thì việc bảo đảm về tổ chức khơng chỉ trong nội bộ của hệ thống VKSQS mà cịn bảo đảm về tổ chức trong hệ thống cơ quan điều tra quân đội. Các CQĐT trong quân đội được biên chế đủ nhân lực, Thủ trưởng, Phó Thủ trưởng CQĐT, các ĐTV được trang bị đầy đủ kiến thức về pháp luật, tinh thông về thực hiện các kỹ năng, nghiệp vụ trong khởi tố điều tra sẽ làm cho việc xử lý các vụ án hình sự được nhanh chóng, chính xác và đảm bảo đúng trình tự, quy định của pháp luật. Bên cạnh đó, xây dựng mối quan hệ giữa VKSQS và CQĐT trong phối hợp giải quyết các vụ án thuộc thẩm quyền cũng là điều kiện để bảo đảm cho VKSQS thực hiện tốt chức năng kiểm sát việc khởi tố, điều tra các vụ án hình sự do các CQĐT trong quân đội thụ lý.
Ngồi ra, trong q trình giải quyết các vụ án hình sự cịn có sự tham gia của cơ quan thanh tra quốc phòng, những cơ quan bổ trợ tư pháp như cơ quan giám định, tổ chức luật sư; các Trung tâm trợ giúp pháp lý… Cơ quan thanh tra quốc phịng có trách nhiệm phối hợp với CQĐT quân đội, VKSQS, Tòa án quân sự trong việc phát hiện và xử lý tội phạm. Khi phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì phải chuyển ngay các tài liệu có liên quan và kiến nghị Cơ quan điều tra quân đội, Viện kiểm sát quân sự xem xét để khởi tố, điều tra vụ án hình sự. Hoạt động của các cơ quan giám định, tổ chức luật sư; các Trung tâm trợ giúp pháp lý cũng có ảnh hưởng rất lớn tới hiệu quả hoạt
động điều tra của CQĐT, truy tố của VKSQS. Vì vậy, kiện tồn tổ chức, nâng cao chất lượng hoạt động của các cơ quan nói trên cũng là điều kiện quan trọng bảo đảm cho việc kiểm sát hoạt động khởi tố, điều tra các vụ án hình sự của VKSQS được khách quan, chính xác, đúng pháp luật.