Được Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định thành lập từ ngày 27-10- 1998, với tổng diện tích 21.283 ha, gồm có 03 cửa khẩu: Cửa khẩu quốc tế Mộc Bài và hai cửa khẩu phụ Phước Chi, Long Thuận. Hiện nay, khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài đang tập trung triển khai các dự án thuộc khu thương mại trong nước và khu thương mại quốc tế, tạo điều kiện cho cư dân biên giới hai nước trao đổi, buôn bán hàng hố. Tiếp tục mở rộng giao lưu bn bán, tăng cường trao đổi thông tin với Campuchia và Thái Lan bằng nhiều hình thức như tham quan, hội đàm đẩy mạnh việc nghiên cứu xúc tiến đầu tư, xây dựng Mộc Bài thành một đầu mối xuất nhập khẩu hàng hoá, kể cả hàng chuyển khẩu, tạm nhập tái xuất và hàng hố q cảnh. Từ năm 2004, khi Chính phủ bổ sung một số chính sách ưu đãi, khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài đã thật sự bắt đầu chuyển động mạnh.
Vốn đầu tư xây dựng khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài ngày càng tăng. Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Nam Hiệp Thành đưa vào hoạt động Khu trưng bày giới thiệu sản phẩm, khu chợ trung tâm lô A với 104 gian hàng và kho thương mại, một nhà hàng mang tên Hương Việt với 5.000 chỗ ngồi và một siêu thị rộng 8.000m2 chuẩn bị đưa vào phục vụ… Như vậy, sau siêu thị miễn thuế, chợ đường biên, khu ẩm thực, đây là một trong những “trụ cột” lớn tại khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài.
Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài đã quy trình hiện đại trong việc thực hiện nối mạng máy tính cho tồn khu vực. Nhờ áp dụng phương pháp này, nên việc mua bán hàng hoá miễn thuế tại đây được quản lý chặt chẽ và minh bạch; tình trạng các đầu nậu tổ chức cư dân quanh vùng thu gom giấy chứng
minh nhân dân để mua hàng miễn thuế, gian lận thương mại đã giảm hẳn. Từ khi đi vào hoạt động (tháng 3 - 2006), đến nay doanh thu của chợ đường biên đã đạt trên 65 tỉ đồng, siêu thị miễn thuế đạt trên 165 tỷ đồng. Sở dĩ có được doanh số trên là nhờ lượng khách đến tham quan, mua sắm tại khu thương mại - công nghiệp và số đơn vị kinh doanh tại chợ ngày càng tăng. Tại siêu thị miễn thuế, hàng nhu yếu phẩm bán rất mạnh, trong đó hàng Việt Nam bán chạy hơn cả do giá cả phù hợp với nhiều chủng loại hàng hóa nên đáp ứng nhu cầu của người tiêu dùng. Hiện nay đã có khoảng trên 40.000 mặt hàng được bày bán tại siêu thị, trong sắp tới sẽ nâng lên khoảng 60.000 mặt hàng, nhưng vẫn ưu tiên cho hàng Việt Nam, không mở rộng nhiều mặt hàng nhập khẩu trong nước đã sản xuất được. Được biết, hơn 60% hàng nhập khẩu bày bán tại Campuchia hiện nay là của Việt Nam, 30% là của Thái Lan và 10% của các khác. Do đó, ngay cả khi Việt Nam gia nhập thương mại thế giới (WTO), thì kinh kinh tế cửa khẩu này vẫn phát triển tốt, vì đây là trung tâm trung tập kết trung chuyển hàng hoá để bán qua nước thứ ba.
Hiện nay, khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài đã có trên 28 dự án được Uỷ ban nhân dân Tỉnh chấp nhận, với tổng vốn đầu tư trên 5.414 tỉ đồng, trong đó, có 8 dự án trên 410 tỷ đồng đã đi vào hoạt động, 5 dự án đầu tư hạ tầng các cụm công nghiệp, 8 dự án về nhà ở, 22 dự án thuộc lĩnh vực thương mại - dịch vụ, 1 nhà máy sản xuất, chế biến gỗ với công suất 100.000m3 thành phẩm/năm, 1 nhà máy luyện cán thép phế liệu công suất 24.000 tấn/năm. Chẳng hạn như dự án Công ty TNHH Phương Trinh liên doanh với một đối tác Campuchia khai thác vận tải hành khách công cộng tuyến Bến Thành - Mộc Bài và Mộc Bài - Thị xã Tây Ninh, có tổng số vốn đầu tư trên 3 triệu USD. Với 36 chuyến xe dành cho các ngày thường và 40 chuyến xe vào ngày chủ nhật, nên đã thu hút lớn lượng du khách đến mua sắm ở khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài ngày càng tăng.