An Giang đã tích cực trong việc tham mưu Bộ, ngành Trung ương kịp thời tháo gỡ những vướng mắc trong cơ chế chính sách, như: đề xuất Bộ, ngành Trung ương ban hành Quy định số 65/2007/QĐ- TTg ngày 11/05/2007 về việc ban hành Quy chế hoạt động của khu kinh tế cửa khẩu tỉnh An Giang; góp ý sửa đổi bổ sung một số điều của Quyết định 254/QĐ- TTg ngày 07/11/2006 về việc quản lý hoạt động thương mại biên giới với các nước có chung đường biên giới, về quy hoạch phát triển mạng lưới chợ biên giới Việt Nam - Campuchia đến năm 2020 kết hợp với Bộ ngành Trung ương phối hợp thực hiện cơ chế kiểm tra mơ hình “một cửa một điểm dừng” về hàng hoá, người và phương tiện qua lại cặp cửa khẩu quốc tế Tịnh Biên,…
Tỉnh cũng đã kiến nghị Bộ, ngành Trung ương về các vấn đề liên quan đến phát triển kinh tế biên giới như: Quyết định số 33/2009/QĐ- TTg ngày 02/02/2009 về ban hành cơ chế chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu; Quyết định số 22/2008/QĐ- BCT ngày 31/07/2008 của Bộ Công Thương về việc ban hành Quy chế chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong khu kinh tế cửa khẩu.
Ngồi ra, Ban điều hành Chương trình phát triển kinh tế biên giới đã đề xuất Uỷ ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 03/2007/QĐ-UBND ngày 11/01/2007 về 26 chợ biên giới chợ trong khu kinh tế cửa khẩu.
- Vấn đề uỷ quyền
Theo quy định của Chính phủ, một số Bộ, ngành Trung ương phải uỷ quyền cho Ban Quản lý thực hiện nhiệm vụ theo từng chuyên ngành, lĩnh vực, nhưng đến nay một vài Bộ, ngành Trung ương vẫn chưa thực hiện, cụ thể như: Bộ Công Thương chưa uỷ quyền cấp form D, chưa uỷ quyền cấp các giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá C/O các loại Form khác (E, AK, AJ…); Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch chưa uỷ quyền cấp Giấy phép thành lập văn phòng đại diện, chi nhánh đối với doanh nghiệp du lịch nước ngoài trong khu kinh tế cửa khẩu. Việc uỷ quyền thực hiện một số nhiệm vụ quản lý nhà nước tại khu kinh tế cửa khẩu cũng chưa rõ, chưa đáp ứng yêu cầu “một cửa tại chỗ”, nhiều nội dung cần phải điều chỉnh và cần quy định lại cho phù hợp hơn và nên trực tiếp giao nhiệm vụ cho Ban quản lý thực hiện mà không phải qua bước uỷ quyền nữa, chẳng hạn như:
Đối với những dự án phải thực hiện lập báo cáo, đánh giá tác động môi trường khu kinh tế cửa khẩu (chủ yếu trong các khu chức năng): Uỷ ban nhân dân tỉnh ban hành quyết định uỷ quyền cho Ban Quản lý thực hiện việc thẩm định và phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường đối với những dự án loại này. Tuy nhiên, theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường, đối với những dự án chỉ thực hiện đăng ký cam kết bảo vệ môi
trường, thẩm quyền thuộc Uỷ ban nhân dân huyện, thị, thành phố. Như vậy, cùng một khu chức năng (ví dụ như khu công nghiệp), Ban quản lý trực tiếp quản lý, thực hiện các thủ tục “một cửa, tại chỗ”, nhưng khi thực hiện việc quản lý, đánh giá tác động mơi trường thì phải chia ra làm hai loại, điều này dẫn đến việc khó thực hiện được thủ tục “một cửa, tại chỗ” và sẽ chồng chéo trong việc quản lý.
- Vấn đề khác
Theo quy định hiện hành, việc cấp phép xây dựng, lao động,… trong khu kinh tế cửa khẩu do Ban Quản lý khu kinh tế thực hiện. Tuy nhiên, vấn đề ở đây là phạm vi khu kinh tế cửa khẩu rộng (nhiều nơi, khu vực cửa khẩu bao trùm gần bằng với địa giới hành chính của huyện, thị, thành phố nơi có khu kinh tế cửa khẩu). Như vậy, việc thực thi nhiệm vụ của Ban Quản lý khu kinh tế trong việc cấp phép xây dựng, lao động… trong phạm vi khu kinh tế cửa khẩu có phần trùng lắp với việc thực hiện nhiệm vụ của Uỷ ban nhân dân các huyện, thị, thành phố (nơi đã có đầy đủ bộ máy quản lý các lĩnh vực này). Và điều này sẽ gây khó khăn cho Ban Quản lý khu kinh tế khi thực hiện vì liên quan đến tổ chức bộ máy quản lý (như thế cũng trùng với bộ máy của huyện?). Để giải quyết vấn đề này, Uỷ ban nhân dân tỉnh An Giang đã ban hành quy chế phối hợp giữa Ban Quản lý khu kinh tế với các sở, ngành và địa phương và Ban Quản lý khu kinh tế chỉ cấp phép giới hạn trong phạm vi các khu chức năng mà thôi.
Vấn đề cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho các doanh nghiệp đầu tư trong khu kinh tế cửa khẩu đến nay cũng chưa được Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn rõ ràng.