KTNN là đơn vị dự toán cấp I của ngân sách Trung −ơng có 10 đơn vị dự toán cấp III và 03 đơn vị sự nghiệp.
Các đơn vị dự toán cấp III gồm có 09 KTNN khu vực và Văn phòng KTNN. Các đơn vị này trực tiếp sử dụng ngân sách, đ−ợc đơn vị dự toán cấp I (KTNN) giao dự toán ngân sách, có trách nhiệm tổ chức, thực hiện công tác kế toán và lập báo cáo quyết toán năm của đơn vị mình.
03 đơn vị sự nghiệp gồm: Trung tâm Khoa học và Bồi d−ỡng cán bộ, Tạp chí Kiểm toán, Trung tâm Tin học hoạt động theo cơ chế quản lý tài chính đối với đơn vị sự nghiệp có thu.
Phòng Tài vụ - Kế toán thuộc Văn phòng KTNN vừa thực hiện chức năng chuyên môn của đơn vị dự toán cấp III vừa có chức năng quản lý nhà n−ớc của đơn vị dự toán cấp I. Văn phòng KTNN đại diện cho cơ quan KTNN là đơn vị trực tiếp nhận dự toán ngân sách hàng năm do Thủ t−ớng Chính phủ giao và thực hiện phân bổ, giao dự toán ngân sách cho các đơn vị trực thuộc trong toàn ngành; chịu trách nhiệm về việc tổ chức, thực hiện công tác kế toán và quyết toán ngân sách của toàn ngành.
Về kinh phí đầu t− XDCB: KTNN là chủ quản đầu t−, tổng hợp, xây dựng kế hoạch đầu t− trình Chính phủ. Văn phòng KTNN (phòng Đầu t− XDCB) tham m−u cho lãnh đạo KTNN về quản lý đầu t− XDCB: thẩm tra, xét duyệt thiết kế dự toán của dự án đầu t− và quyết toán công trình hoàn thành. Các đơn vị có dự án trực tiếp làm chủ đầu t−. Nguồn vốn đầu t− XDCB đ−ợc quản lý và cấp phát qua Kho bạc Nhà n−ớc. Các công trình xây dựng nhỏ và sửa chữa lớn từ nguồn vốn sự nghiệp có tính chất đầu t− đ−ợc lập và quyết toán vào kinh phí chi th−ờng xuyên của đơn vị.
* KTNN quản lý và sử dụng các nguồn kinh phí sau: - Kinh phí đ−ợc NSNN cấp bao gồm:
+ Kinh chi cho hoạt động th−ờng xuyên theo chức năng nhiệm vụ đ−ợc giao (chi quản lý nhà n−ớc loại 13- 01) gồm các khoản chi tiền l−ơng, các khoản phụ cấp l−ơng; chi quản lý hành chính: vật t− văn phòng, dịch vụ công cộng, thông tin liên lạc, công tác phí, hội nghị phí…; chi nghiệp vụ chuyên môn của ngành; chi mua sắm tài sản, máy móc thiết bị, chi trang phục… + Kinh phí chi cho đào tạo lại loại 14- 11 đ−ợc sử dụng để đào tạo nâng cao trình độ cho cán bộ, kiểm toán viên.
+ Kinh phí chi cho hoạt động nghiên cứu khoa học loại 11- 02 dùng để nghiên cứu các đề tài khoa học cấp Nhà n−ớc, cấp bộ, cấp cơ sở trong toàn ngành.
+ Kinh phí đầu t− xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị trong toàn ngành.
- Nguồn kinh phí thu từ hoạt động sự nghiệp gồm:
+ Thu từ hoạt động của Tạp chí Kiểm toán nh− quảng cáo, phát hành tạp chí…
+ Thu từ dịch vụ đào tạo, Nghiên cứu khoa học của Trung tâm Đào tạo và bồi d−ỡng cán bộ, Tạp chí Nghiên cứu Khoa học Kiểm toán.
+ Thu từ dịch vụ đào tạo, sửa chữa bảo d−ỡng của Trung tâm Tin học. + Các khoản thu khác theo quy định của pháp luật.