Với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn đ−ợc giao theo quy định của Luật KTNN, có thể khái quát một số điểm cơ bản ảnh h−ởng đến thực hiện ph−ơng án tự chủ tài chính của KTNN nh− sau:
Thứ nhất, KTNN là cơ quan kiểm tra tài chính từ bên ngoài, độc lập với công tác quản lý điều hành kinh tế - tài chính. Sự ra đời và phát triển của KTNN theo yêu cầu của cải cách hành chính và trách nhiệm giải trình của Chính phủ đối với lĩnh vực tài chính công. Luật KTNN đã dành một ch−ơng riêng quy định về đảm bảo kinh phí cho hoạt động KTNN nhằm đảm bảo tính độc lập về tài chính đối với cơ quan KTNN, đây là cơ sở pháp lý để đảm bảo cung cấp kinh phí và điều kiện cơ sở vật chất đáp ứng hoạt động KTNN, trong đó có việc vận dụng chế độ tự chủ tài chính và áp dụng những cơ chế bổ sung kinh phí khi thực hiện những nhiệm vụ kiểm toán nằm ngoài kế hoạch kiểm toán hàng năm theo yêu cầu của các cơ quan chức năng;
Thứ hai, Cơ cấu tổ chức bộ máy của KTNN ch−a ổn định và còn phát triển mạnh để đáp ứng chức năng, nhiệm vụ đ−ợc giao. Đối t−ợng kiểm toán của Kiểm toán Nhà n−ớc là việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà n−ớc ở tất cả các cơ quan, đơn vị, tổ chức có liên quan với phạm vi rộng lớn trên tất cả các lĩnh vực của nền kinh tế quốc dân. Địa bàn hoạt động của KTNN theo khu vực do vậy cần phải bố trí kinh phí ngoài chế độ tự chủ để đảm bảo cơ sở vật chất, ph−ơng tiện làm việc, trụ sở làm việc cho KTNN.
Thứ ba, Hoạt động KTNN mang tính chuyên môn, chuyên nghiệp rất cao, phải tuân theo chuẩn mực, quy trình, quy chế một cách chặt chẽ; Đội ngũ kiểm toán viên phải có kiến thức, kinh nghiệm và kỹ năng t−ơng xứng, đòi hỏi phải có quá trình tuyển dụng, đào tạo, huấn luyện rất công phu; Đòi hỏi phải đ−ợc trang bị sử dụng các ph−ơng tiện kỹ thuật hiện đại, đồng bộ (hệ thống dữ liệu, công nghệ thông tin, các ph−ơng tiện đặc chủng trong lĩnh vực đầu t− - dự án...). Những vấn đề này có tác động lớn trong việc xây dựng ph−ơng án tự chủ tài chính của KTNN trên cả giác độ các khoản khoán chi và các khoản không khoán, đồng thời xác định số biên chế đ−ợc giao cho từng thời kỳ phù hợp với bản chất, chức năng, nhiệm vụ của KTNN.
Thứ t−, Chủ thể hoạt động kiểm toán - các KTV vừa là công chức nhà n−ớc, vừa có quy định đặc thù về tiêu chuẩn, trách nhiệm, quyền hạn, có
quyền độc lập và quyền bảo l−u kết quả kiểm toán, chịu trách nhiệm về kết quả kiểm toán theo quy định của pháp luật. Hoạt động kiểm toán phân tán trên địa bàn rộng lớn cả n−ớc (trung bình mỗi kiểm toán viên mỗi năm phải đi công tác xa nhà, dài ngày khoảng 6 đến 7 tháng); hàm chứa nhiều rủi ro về chuyên môn, phẩm chất đạo đức của kiểm toán viên. Do vậy, việc vận dụng chế độ đãi ngộ phù hợp đối với đội ngũ kiểm toán viên là một trong những giải pháp hạn chế rủi ro về đạo đức nghề nghiệp mà ph−ơng án tự chủ tài chính, áp dụng chế độ đặc thù cho KTV cũng nên đề cập đến.