Các cơ quan thực hiện khoán chi lập dự toán năm căn cứ theo quy định. Việc lập dự toán đ−ợc thực hiện nh− sau:
Đối với các nội dung khoán chi, cơ quan chỉ lập cho năm đầu tiên sau khi nhận khoán và khi có sự điều chỉnh về mức khoán. Dự toán đ−ợc xây dựng trên cơ sở sau:
- Chỉ tiêu biên chế đ−ợc cơ quan quản lý có thẩm quyền giao
+ ở Trung −ơng là Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ hoặc tổ chức đ−ợc uỷ quyền;
+ ở địa ph−ơng là Uỷ ban nhân dân Tỉnh, thành phố trực thuộc Trung −ơng hoặc Ban Tổ chức chính quyền đ−ợc Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung −ơng uỷ quyền.
- Tổng quỹ l−ơng xác định trên cơ sở số biên chế đ−ợc cơ quan có thẩm quyền giao khoán, hệ số tiền l−ơng theo chức vụ bầu cử, hệ số tiền l−ơng theo ngạch, bậc l−ơng, phụ cấp (nếu có) của cán bộ, công chức liên quan đến chính sách tiền l−ơng hiện hành của Nhà n−ớc.
- Hệ thống định mức, tiêu chuẩn, chế độ sử dụng kinh phí th−ờng xuyên của ngân sách nhà n−ớc theo quy định và tình hình sử dụng kinh phí của cơ quan trong 03 năm liền kề tr−ớc khi thực hiện khoán.
Trên cơ sở dự toán năm đ−ợc duyệt, hàng quý các cơ quan lập dự toán quý gửi Kho bạc nhà n−ớc làm cứ cho việc quản lý và cấp phát.
Đối với các khoản không thực hiện khoán chi, cơ quan lập dự toán theo quý, năm dựa trên quy định hiện hành. Tr−ờng hợp có sự thay đổi mức khoán, cơ quan lập dự toán giải trình chi tiết các yếu tố tăng, giảm chi đối với các nội dung chi đã đ−ợc khoán, gửi cơ quan có thẩm quyền để xem xét điều chỉnh.