Cũng như thủ tục quyết định chủ trương đầu tư, khơng phải mọi dự án đầu tư đều phải có Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư, mà chỉ những dự án được pháp luật quy định mới phải có Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư. Hiện nay, những trường hợp phải thực hiện và không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư được quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 36 Luật Đầu tư năm 2014.
"Điều 36. Trường hợp thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
1. Các trường hợp phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:
a) Dự án đầu tư của nhà đầu tư nước ngoài;
b) Dự án đầu tư của tổ chức kinh tế quy định tại khoản 1 Điều 23 của Luật này.
2. Các trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:
a) Dự án đầu tư của nhà đầu tư trong nước;
b) Dự án đầu tư của tổ chức kinh tế quy định tại khoản 2 Điều 23 của Luật này;
c) Đầu tư theo hình thức góp vốn, mua cổ phần, phần vốn góp của tổ chức kinh tế."
Những dự án của nhà đầu tư nước ngồi và của tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài quy định tại khoản 1 Điều 23 Luật Đầu tư năm 2014 bắt buộc phải có Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư.
Ngồi ra, những dự án thuộc trường hợp khơng bắt buộc phải có Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư (khoản 2 Điều 36) vẫn có thể thực hiện thủ tục để được cấp Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư nếu nhà đầu tư có nhu cầu. Để được cấp Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư thì nhà đầu tư nộp hồ sơ cho cơ quan đăng kí đầu tư theo quy định của pháp luật, khi nhận đủ hồ sơ thì cơ quan đăng kí đầu tư sẽ cấp Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư cho nhà đầu tư sau 15 ngày.
Trường hợp dự án thuộc trường hợp xin quyết định chủ trương đầu tư thì Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư sẽ được cấp sau 5 ngày làm việc kể từ khi cơ quan đăng kí đầu tư nhận được văn bản chấp thuận đầu tư. Do vậy, nhà đầu tư chỉ phải nộp hồ sơ 1 lần nếu thuộc trường hợp phải quyết định chủ trương đầu tư và phải có Giấy chứng nhận đăng kí đầu tư.
Quy định này đã tạo thuận lợi cho nhà đầu tư trong quá trình thực hiện các thủ tục đầu tư.
Cụ thể, đối với nhà đầu tư trong nước hoặc tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngồi thuộc các trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 23 Luật Đầu tư năm 2014 thì khi muốn thành lập tổ chức kinh tế chỉ cần tiến hành thủ tục xin cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo quy định của pháp luật doanh nghiệp, hợp tác xã hiện hành. Còn các nhà đầu tư nước ngồi hoặc tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngồi thuộc các trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 23 Luật Đầu tư năm 2014 thì thủ tục đầu tư cần tiến hành qua 2 bước chính khi có dự án đầu tư:
Bước 1: Trước khi thành lập tổ chức kinh tế, nhà đầu tư phải làm thủ tục xin cấp Giấy chứng nhận đầu tư (hiện nay gọi là Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư);
Bước 2: Sau khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư, nhà đầu tư thực hiện thủ tục thành lập doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và các tổ chức kinh tế khác theo quy định của pháp luật hiện hành.
Luật Đầu tư năm 2014 đã phân biệt rõ ràng hai loại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, điều mà Luật Đầu tư năm 2005 không làm được. Việc tách bạch rõ ràng này cũng thể hiện rõ sự khác nhau về ý nghĩa của hai loại giấy tờ này. Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư xác nhận việc thực hiện một hoạt động đầu tư theo qui định của pháp luật, còn Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp chứng nhận một doanh nghiệp mới được thành lập.
Trước đây, theo Luật Đầu tư năm 2005, dự án có vốn đầu tư nước ngồi có quy mơ vốn đầu tư dưới 300 tỷ đồng Việt Nam và khơng thuộc danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện, khơng thuộc dự án do Chính phủ chấp thuận chủ trương đầu tư thì thực hiện theo thủ tục xin đăng ký đầu tư và nhận Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Nhưng theo Luật Đầu tư năm 2014 thì Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư khơng đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
Do vậy, để thành lập doanh nghiệp, nhà đầu tư nước ngồi phải có dự án đầu tư và phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Đối với trường hợp điều chỉnh nội dung hoạt động, nếu việc điều chỉnh dự án đầu tư làm thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp thì nhà đầu tư cần tiến hành thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.