Thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư được thực hiện khi nhà đầu tư có nhu cầu thay đổi. Căn cứ vào hồ sơ xin điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư mà cơ quan có thẩm quyền sẽ điều chỉnh cho nhà đầu tư. Trường hợp cơ quan đăng ký đầu tư từ chối điều chỉnh thì sẽ thơng báo bằng văn bản cho nhà đầu tư và nêu rõ lý do. Tuy nhiên, đối với những dự án thuộc diện phải quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội, Thủ tướng Chính phủ, UBND tỉnh thì cơ quan đăng ký đầu tư cần thực hiện thêm thủ tục xin quyết định chủ trương đầu tư trước khi điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Vì vậy, tuỳ theo từng dự án khác nhau thì cách thức điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư được tiến hành khác nhau và thời gian xem xét khác nhau.
Để tiến hành thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thì nhà đầu tư cần tiến hành theo trình tự các bước sau:
Bước 1: Nhà đầu tư nộp hồ sơ xin điều chỉnh cho cơ quan đăng ký đầu tư;
Bước 2: Cơ quan đăng ký đầu tư sẽ xem xét hồ sơ, trường hợp cần xin ý kiến của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì cơ quan đăng ký đầu tư gửi hồ sơ để lấy ý kiến về những nội dung điều chỉnh. Trường hợp sau khi có ý kiến về nội dung điều chỉnh, cơ quan đăng ký đầu tư lập báo cáo thẩm định các nội dung điều chỉnh dự án đầu tư trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra quyết định;
Bước 3: Với những dự án thuộc diện phải quyết định chủ trương đầu tư thì sau khi nhận được quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì cơ quan đăng ký đầu tư tiến hành điều chỉnh Giấy chứng nhận
đăng ký đầu tư cho nhà đầu tư. Còn các trường hợp khác nếu hồ sơ hợp lệ thì cơ quan đăng ký đầu tư xem xét và điều chỉnh thay đổi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho nhà đầu tư.