2.4. Ph-ơng pháp nghiên cứu
2.4.4. Cách đánh giá kết quả
2.4.4.1. Đánh giá kết quả sản phẩm PCR chẩn đốn, phân biệt 4 lồi KSTSR
Kích th-ớc sản phẩm đặc hiệu đối với từng lồi nh- sau:
+ Kích th-ớc sản phẩm PCR đặc hiệu lồi P. falciparum : 205 base pairs (bp). + Kích th-ớc sản phẩm PCR đặc hiệu lồi P. vivax : 120 bp
+ Kích th-ớc sản phẩm PCR đặc hiệu lồi P. malariae : 144 bp + Kích th-ớc sản phẩm PCR đặc hiệu lồi P. ovale : 786 bp
2.4.4.2. Đánh giá sản phẩm PCR trên các locus đa hình của P. falciparum
+ Đối với locus msp1: Sản phẩm PCR của các kiểu gen có kích th-ớc nằm
trong khoảng sau:
Kiểu gen K1: 142 - 295 bp Kiểu gen MAD20 : 96 - 250 bp Kiểu gen RO33: 160 bp
+ Đối với locus msp2: Sản phẩm PCR của từng kiểu gen nh- sau: Kiểu gen FC: 220 - 550 bp
Kiểu gen IC : 400 - 750 bp + Đối với locus glurp: 470 - 1200 bp
+ Đối với locus Pvcs: Xác định kiểu gen VK210 và VK247 bằng các enzym
giới hạn AluI và BstNI
+ Đối với locus Pvmsp1: sử dụng phần mềm Gene labwork để xác định kích
th-ớc alen đoạn F1, F2 và F3
2.4.4.4. Đánh giá sản phẩm PCR xác định đột biến kháng thuốc sốt rét
Kích th-ớc sản phẩm PCR thu đ-ợc của kiểu gen nhạy, kiểu gen đột biến ở từng vị trí đột biến có kích th-ớc bằng nhau. Phản ứng PCR xác định kiểu gen nhạy và kiểu đột biến đã đ-ợc tiến hành trên các tube riêng biệt do vậy mẫu sẽ đ-ợc chạy điện di ở 2 giếng gel khác nhau (1 cho kiểu nhạy và 1 cho kiểu đột biến). Kích th-ớc sản phẩm thu đ-ợc nh- sau:
- Đối với thuốc pyrimethamin:
Vị trí đột biến điểm 51Asn 51Ile: 565 bp Vị trí đột biến điểm 59Cys 59 Arg: 192 bp Vị trí đột biến điểm 164Ile 164Leu: 508 bp Vị trí đột biến điểm 108Ser108Asn: 335 bp - Đối với thuốc sulfadoxin:
Vị trí đột biến điểm 436Ser 436Ala: 330 bp Vị trí đột biến điểm 437Ala 437Gly: 330 bp Vị trí đột biến điểm 581Ala 581Gly: 761 bp Vị trí đột biến điểm 613Ala 613Ser: 428 bp - Đối với thuốc chloroquin:
Vị trí đột biến điểm 76Lys 76Thr: 366 bp
Chụp ảnh sản phẩm điện di trên gel bằng hệ thống chụp ảnh kỹ thuật số Bioimaging systems SDS – 8000.