Tháng 9/2008 mô hình tổ chức mới hướng đến khách hàng, lấy khách hàng làm trọng tâm (Customer centrix) được hình thành, theo đó hoạt động ngân hàng bán lẻ cũng như hướng đến khách hàng cá nhân của BIDV đã chính thức triển khai. BIDV đã vận hành mô hình tổ chức mới tại Trụ sở chính và từ tháng 10/2008 bắt đầu triển khai tại chi nhánh. Theo đó, Trụ sở chính được phân tách theo 7 khối chức năng: Khối ngân hàng bán buôn; Khối ngân hàng bán lẻ và mạng lưới; Khối vốn và kinh doanh vốn; Khối quản lý rủi ro; Khối tác nghiệp; Khối Tài chính kế toán và Khối hỗ trợ.
Tại chi nhánh bộ máy tổ chức cũng được cơ cấu lại theo định hướng này được sắp xếp thành 5 khối: Khối quan hệ khách hàng; Khối quản lý rủi ro; Khối tác nghiệp; Khối quản lý nội bộ và Khối trực thuộc nhằm hướng tới phục vụ khách hàng tốt hơn. Mô hình tổ chức mới được vận hành tốt là nền tảng quan trọng để BIDV tiến tới trở thành một ngân hàng bán lẻ hiện đại. Khối trực thuộc, khối tác nghiệp và khối quan hệ khách hàng là các khối liên quan và chịu trách nhiệm với yêu cầu của khách hàng, các khối còn lại sẽ hỗ trợ các khối này thực hiện mục tiêu chung về khách hàng của chi nhánh.
Cơ cấu tổ chức như trên đã tạo ra cơ chế “một cửa’ thuận tiện, nhanh chóng cho khách hàng. Tuy các thủ tục và tiến trình giải quyết yêu cầu của khách hàng nhưng khách hàng chỉ tiếp xúc với 1 thực thể đại diện cho chi nhánh, điều đó khiến khách hàng cảm thấy thuận tiện, thoải mái và được trân trọng hơn.