Trước hết, trong quá trình nghiên cứu, luận án đã gặp phải những hạn chế trong việc tiếp cận đối tượng điều tra khảo sát. Với mong muốn ban đầu của luận án muốn điều tra ở các trường đại học khác có cùng mô hình tổ chức đào tạo, tuy nhiên cũng rất khó khăn trong việc tiếp cận cũng như có được sự đồng ý của các bộ phận quản lý ở các đơn vị khác. Cũng để khắc phục một phần ở điểm yếu này, luận án đã sử dụng nhiều phiếu khảo sát hơn trong cuộc điều tra, khảo sát và tiến hành điều tra ở hai
trường có hình thức triển khai đào tạo từ xa E-Learning lớn nhất cả nước, đó là trường Đại học Kinh tế quốc dân và Đại học mở Hà Nội.
Thứ hai, trong quá trình điều tra khảo sát, do điều tra trên mẫu nghiên cứu là sinh viên, nên quá trình điều tra khá mất công sức và có nhiều phiếu không hợp lệ cũng như nhận được những câu hỏi còn thiếu chính xác do sự trả lời không trung thực của sinh viên. Điều này cũng có thể gây nhiễu cho kết quả nghiên cứu. Tuy nhiên, trong quá trình phân tích dữ liệu, tác giả cũng đã dùng các biện pháp thống kê để loại bỏ bớt những phiếu không hợp lệ, những phiếu gấy nhiễu, những phiếu trả lời không hợp tác…., tuy nhiên cũng không thể loại bỏ hoàn toàn và điều này cũng có thể gây nên sự sai khác trong những nhận định khi phân tích.
Thứ ba, trong quá trình nghiên cứu và đánh giá, còn có thể có một số nhân tố khác tác động đến sự hài lòng của sinh viên thông qua các cơ chế chính sách, thông qua tính thương hiệu của chương trình, thông qua hình ảnh và định vị chương trình trong xã hội, cũng chưa được đề cập đến trong nghiên cứu. Có thể đây là yếu tố khuyết thiếu trong quá trình nghiên cứu và là cơ sở để đề xuất hướng nghiên cứu tiếp theo.