Quản lý nước thải, bùn thải luôn là vấn đềđược quan tâm bởi cơ quan quản lý và các cơ sở nuôi. Như đã phân tích ở các phần đã trình bày trong báo cáo này, ngoài mô hình nuôi tôm – vi khuẩn có thể giảm lượng bùn thải và nước thải, các mô hình nuôi khác như nuôi tuần hoàn, nuôi nhiều giai đoạn sau mỗi vụ nuôi (trong quá trình nuôi và cuối vụ) đều thải ra một lượng lớn nước thải và bùn thải[10]. Thực tiễn phản ánh hiện nay các cơ sở nuôi phổ biến áp dụng quy trình xử lý nước thải bùn thải như sau: đối với các ao xử lý nước thải thường thả nuôi các loài cá (sau khi cho nước thải đi qua các ao lắng tiến hành thả nuôi cá rô phi, cá đối, cá chốt) nhằm cải thiện nước để tái sử dụng cho ao nuôi hoặc thải ra ngoài môi trường. Đâyđược xem là biện pháp kiểm soát, xử lý nước thải sinh học, đơn giản, tương đối hiệu quả. Cuối mỗi vụ nuôi, các cơ sở nuôi (cả quy mô doanh nghiệp và hộ gia đình) thường dùng lưới có kích cỡ phù hợp để lọc chất thải rắn cỡ lớn (ví dụ vỏ tôm), loại chất thải này có thể dùng cho mục đích phân bón, còn đối với lượng bùn thải, hiện chủ yếu được thu gom vào một khu vực theo quy định của các cơ quan quản lý.
[10] Năm 2017, tổng diện tích nuôi tôm nước lợ của cả nước là 700.000 ha, trong đó có gần 57% (tương đương 400.000 ha, tập trung chủ yếu ở Cà Mau, Kiên Giang) là nuôi tôm quảng canh, quảng canh cải tiến (hình thức nuôi hở, không cho ăn) lượng bùn thải từ nuôi tôm không lớn và chất lượng bùn khá tốt; 43% còn lại (khoảng 300.000 ha, phân bổ trên phạm vi cả nước) là nuôi tôm thâm canh, lượng bùn thải ra môi trường rất lớn, ước tính năm 2017 khoảng 1,8 đến 2,0 triệu tấn. Trong tổng số diện tích 300.000 ha nuôi tôm thâm canh, có khoảng 120.000 ha nuôi tôm quy mô nhỏ, là những hộ có diện tích 1–3 ao, nuôi với mật độ thấp, không lót bạt, khối lượng bùn thải ra môi trường khoảng 400.000 tấn/năm. Chất lượng bùn thải xấu, độ độc cao, bao gồm hóa chất xử lý đáy và môi trường ao nuôi (Vôi, Dolomite, chlorin), dư lượng kháng sinh trị bệnh, phân tôm, vỏ tôm lột xác, xác tảo; đặc biệt là đất lở từ bờ và đáy ao khá lớn. Đến năm 2025, để đạt mục tiêu 10 tỷ USD tôm xuất khẩu, thì sản lượng tôm cần tăng ít nhất hai lần và lượng bùn thải cũng sẽ tăng lên khoảng 2 lần (3,0 đến 3,4 triệu tấn/năm). Chất thải nuôi tôm nếu không được xử lý mà thải thẳng ra môi trường, chẳng những gây ô nhiễm hữu cơ, ô nhiễm khí độc (NH3, H2S, CO2) mà còn gây bệnh cho giáp xác tự nhiên (bao gồm tôm) và gây bệnh cho tôm nuôi.
Kết quả điều tra tại tỉnh Sóc Trăng, Bạc Liêu và Cà Mau cho thấy hầu hết các cơ sở nuôi đềuđã quan tâm đầu tư xây dựng hệ thống liên quan đến kiểm soát, xử lý nước thải, bùn thải trong quá trình nuôi (kênh dẫn, ao chứa, xử lý nước thải). Hiện nay đa số các hộ nuôi trải bạt cho kênh thoát nước thải (cả trên bờ, taluy và đáy). Đây có thể xem là một cải tiến mang tính chất đầu tư hơn cho hệ thống thoát nước của cơ sở nuôi. Hiện nay cũng có một số doanh nghiệp nuôi đã xây dựng hệ thống kênh bê tông nổi với độ dốc phù hợp sử dụng cho việc bơm thoát nước thải trong quá trình nuôi (biện pháp này làm tăng chi phí liên quan đến bơm nước thải từ ao (máy bơm, nhiên liệu); tuy nhiên có ưuđiểm là dễ dàng kiểm soát, xử lý nước thải, tách lọc bùn khỏi nước thải trước khi thải nước ra khu vực thải và lưu giữ bùn thải. Đối với những cơ sở nuôi có điều kiện thuận lợi về tài chính, bố trí diện tích đất có thể nghiên cứu áp dụng hệ thống này. Hầu hết các cơ sở nuôi tôm công nghệ cao đều có hệ thống ao lắng, ao xử lý nước thải đáp ứng cơ bản nhu cầu kiểm soát, xử lý nước thải trong quá trình nuôi. Ở trong ao nuôi, hầu hết các cơ sở nuôi đều xây dựng hệ thống “rút đáy” để xả nước thải, hiện một số hộ đãáp dụng hệ thống bơm tự độngđể bơm nước đọng dưới bạt để tăng tuổi thọ sử dụng cho bạt, tạo điều kiện thuận lợi cho kiểm soát bùn thải trong ao. Đáng lưu ý hiện có một số hộ đã cải tiến xây dựng hệ thống ao nuôi dạng nổi hoặc nửa nổi, nửa chìm nhằm mục đích thuận tiện cho việc xả bớt nước thải trong quá trình nuôi hoạch xả nước thải cuối mỗi vụ nuôi.
Hình 10. Mô hình ao nuôi nổi tại Cà Mau
Áp dụng mô hình semi-biofloc (còn gọi là mô hình nuôi tôm – vi khuẩn) kết hợp với tuần hoàn ít thay nước và nuôi 2 giai đoạn đượcđánh giá khá hiệu quả trong việc giảm số lượng và nâng cao chất lượng nước thải, bùn thải trong quá trình nuôi (đãđượcđánh giá cụ thể tại mục 4.2). Do vậy đến thời điểm hiện tại, mô hình ứng dụng kết hợp nhiều loại công nghệ này có thể được xem là mô hình hiệu quả nhất xét về phương diện giảm chất thải, bùn thải trong quá trình nuôi.
Nhìn chung đã có những cải tiến về kiểm soát, xử lý nước thải trong quá trình nuôi tôm công nghiệp. Tuy nhiên những cải tiến này chưa phát huy rõ nét tính đột phá hay hiệu quả. Vì thế, vẫn rất cần tiếp tục được các bên có liên quan chung tay nghiên cứu đổi mới, phát triển trong thời gian tới. Vấn đề xử lý nước thải, bùn thải vẫn còn những khoảng trống, cần được tiếp tục nghiên cứu giải quyết trong thời gian tới nhằm giải quyết nguy cơ tiềm ẩn ô nhiễm môi trường đồng thời gây nguy hiểm tới chính các cơ sở nuôi trong vùng.