TCCTKT là một trong những nội dung quan trọng trong tổ chức quản lý của đơn vị sự nghiệp. Với chức năng cung cấp thông tin và kiểm tra các hoạt động kinh tế tài chính trong đơn vị nên cơng tác kế tốn ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng và hiệu quả của công tác quản lý ở đơn vị. Hơn thế nữa, nó cịn ảnh hưởng tới việc đáp ứng các yêu cầu quản lý khác nhau của các đối tượng có quyền lợi trực tiếp hoặc gián tiếp tới hoạt động của đơn vị, trong đó có cơ quan quản lý NN.
TCCTKT giúp cho các nhà quản lý nắm được các thông tin về tài sản, nguồn thu, chi và kết quả hoạt động toàn đơn vị, từng bộ phận, từng nhiệm vụ một cách thường xuyên, liên tục. Khi đó, thủ trưởng đơn vị có thể điều hành trơi chảy mọi hoạt động trong đơn vị, xác định được hiệu quả các hoạt động, lập kế hoạch hoạt động trong ngắn hạn và dài hạn.
TCCTKT giúp cho NN có thể theo dõi được sự phát triển của đơn vị, tiến tới tổng hợp sự phát triển của ngành, lĩnh vực. Đồng thời còn giúp NN trong việc hoạch định chính sách, soạn thảo và ban hành luật lệ về cơ chế, chính sách với tình hình hoạt động từng Bộ, ngành.
Để TCCTKT trong ĐVSN được khoa học và hợp lý cần căn cứ vào quy mô hoạt động, đặc điểm của ngành và lĩnh vực hoạt động, đồng thời cũng phải căn cứ vào các chính sách, chế độ, luật được NN ban hành. TCCTKT phù hợp với tình hình hoạt động của đơn vị khơng chỉ tiết kiệm chi phí NSNN mà cịn đảm bảo cung cấp thơng tin nhanh chóng, đầy đủ, có chất lượng phù hợp với yêu cầu quản lý khác nhau.
Như vậy chức năng tổ chức thực hiện khối lượng cơng tác kế tốn và sắp xếp nhân sự kế tốn, tổ chức cơng tác kế tốn ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng và hiệu quả của cơng tác kế tốn nói riêng và cơng tác quản lý nói chung.