Không thể phủ nhận lợi ích của Hải quan điện tử đối với cả Hải quan và doanh nghiệp. Tuy nhiên, đến nay, các doanh nghiệp xuất nhập khẩu Việt Nam vẫn tỏ ra không mấy mặn mà đối với mô hình này.
62
Trước hết là vì nhiều doanh nghiệp đang gặp phải những khó khăn
trong việc chuẩn bị các yêu cầu kỹ thuật vềđường truyền dữ liệu, về các thiết bị như: máy tính, modem, cũng như kinh phí cho việc ký hợp đồng, cài đặt phần mềm và sự hạn chế về kỹ thuật máy tính của các cán bộ trong doanh nghiệp.
Thứ hai là vì thủ tục hải quan điện tử hiện nay vẫn chưa hoàn thiện, còn gặp nhiều sự cố trong khi khai báo, chưa tạo được lòng tin đối với doanh nghiệp. Trong quá trình triển khai Hải quan điện tử, doanh nghiệp thường gặp các lỗi, sự cố về phần mềm khai báo hải quan, hệ thống máy tính, đường truyền và hệ thống tiếp nhận của nội bộ Hải quan. Những lỗi này nếu xảy ra sẽ khiến quá trình thông quan lâu hơn bình thường. Bởi vậy, nhiều doanh nghiệp tỏ ra ngần ngại khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thay vào đó, họ
quay trở lại với cách làm truyền thống. Theo số liệu tháng 11 năm 2010, lượng hàng hoá xuất nhập khẩu qua các cửa khẩu cảng biển, sân bay tại thành phố Hồ Chí Minh chiếm khoảng 45% cả nước. Có khoảng 12.000 doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu đăng ký làm thủ tục hải quan tại Hải quan thành phố Hồ Chí Minh với khối lượng hàng hóa rất lớn. Tính đến ngày 15/10/2010, Cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh đã phải xử lý trên một triệu tờ khai với tổng giá trị hơn 45 tỷ USD. Nếu cứ làm theo cách truyền thống, cơ quan này sẽ không có chỗ để chứa hồ sơ. Tuy nhiên, cho đến thời
điểm này, số doanh nghiệp đăng ký Hải quan điện tử chưa đến con số 500 [43].
Khó khăn trong giai đoạn đầu thực hiện thủ tục hải quan điện tử là điều không thể tránh khỏi. Nhưng thực hiện thủ tục hải quan điện tử là một xu thế
tất yếu và không thể đảo ngược. Do đó, trong thời gian tới, với sựủng hộ, hợp tác tích cực hơn nữa của doanh nghiệp, các Bộ, Ngành liên quan và sự nỗ lực
63
của bản thân ngành Hải quan, thủ tục hải quan điện tử sẽ được thực hiện tốt
hơn, qua đó thu hút nhiều doanh nghiệp tham gia thủ tục hải quan điện tử.