Nhật Bản là quốc gia được đánh giá là áp dụng hệ thống thông quan từ
rất sớm (năm 1978). Cơ sở pháp lý cho mô hình hải quan điện tử ở Nhật là Luật Hải quan Nhật Bản và đạo luật đặc biệt NACCS (NACCS Speacial Rules Act). Hải quan Nhật Bản được thực hiện trên tinh thần tựđộng hóa tập trung, phi giấy tờ, bao gồm hệ thống làm thủ tục hải quan tự động (NACCS), hệ thống thông tin tình báo (CIS), hệ thống quản lý rủi ro và hệ thống kiểm tra sau thông quan. Hệ thống làm thủ tục hải quan tự động của Nhật bao gồm 2 hệ thống: SEA-NACCS và AIR-NACCS áp dụng cho hàng hóa xuất nhập khẩu bằng đường biển và đường hàng không. Việc thông quan hàng hóa trong hệ thống NACCS được dựa vào hệ thống hỗ trợ ra quyết định và hệ thống thông tin tình báo (CIS) [27]. Quy trình thông quan điện tử Nhật Bản như sau:
Mọi khai báo của doanh nghiệp được lưu lại tại cơ sở dữ liệu của NACCS. Sau khi tiếp nhận thông tin khai báo của doanh nghiệp, NACCS gửi yêu cầu tới hệ thống hỗ trợ, hệ thống hỗ trợ sẽ ra quyết định truy vấn thông tin từ CIS
để có thể ra quyết định hình thức kiểm tra. Tương tự như ở Việt Nam, Hải quan Nhật Bản cũng quy định 3 hình thức kiểm tra: miễn kiểm tra, kiểm tra chứng từ và kiểm tra thực tế hàng hóa. Sau khi ra quyết định hình thức kiểm tra, CIS tiếp tục gửi thông báo và lệnh giải phóng hàng cho doanh nghiệp. Doanh nghiệp chỉ cần xuất trình những giấy tờ được yêu cầu để làm thủ tục thông quan hàng hóa.
Cùng với việc áp dụng NACCS, việc ứng dụng hệ thống một cửa
(single window) đã giúp quy trình thông quan ở Nhật Bản ngày càng nhanh
chóng, đơn giản và thuận tiện. Bởi thế, số lượng doanh nghiệp áp dụng hệ
thống thông quan qua NACCS tính đến tháng 4 năm 2010 là 6527 doanh
nghiệp, trong đó số doanh nghiệp sử dụng hệ thống SEA-NACCS chiếm đa số
65
thực hiện khai hải quan qua hệ thống NACCS, mang lại hiệu quả rất lớn cho nền kinh tế Nhật.