Trong quy hoạch tổng thể phát triển ngành logistics thành phố cần quan tâm xây dựng các trung tâm logistics lớn có tầm dài hạn 50 đến 100 năm. Hai khu vực có thể quy hoạch thành các trung tâm logistics lớn của Hà Nội gồm khu vực huyện Phú Xuyên và phía bắc huyện Đông Anh và phía nam huyên Sóc Sơn.
Khu vực huyện Phú Xuyên: Quy hoạch thành trung tâm logistics phía nam Hà Nội. Địa điểm này có khả năng kết nối tốt với các tuyến đường cao tốc, đường quốc lộ Bắc - Nam, kết nối giữa đường bộ và đường sắt, đường sông. Đây là trung tâm logistics phục vụ trung chuyển, phân phối hàng hóa giữa hai miền Nam - Bắc.
Khu vực phía Bắc huyện Đông Anh và phía Nam huyện Sóc Sơn: Quy hoạch thành trung tâm Logistics phía Bắc Hà Nội. Địa điểm này có khả năng kết nối tốt với cảng biển Hải Phòng và Cái Lân (Quảng Ninh), kết nối với sân bay quốc tế Nội Bài. Đây sẽ là trung tâm logistics phục vụ xuất khẩu hàng hóa cũng như trung chuyển hàng hóa xuất khẩu của miền Bắc.
Ngoài ra, cần quy hoạch và xây dựng các trung tâm nhỏ hơn, được kết nối trên các tuyến đường vành đai thành phố, các đầu mối gom hàng, các kho trữ hàng tại các khu vực tập trung công nghiệp trên địa bàn TP. Hà Nội như khu vực Sài Đồng (quận Long Biên), khu Công nghệ cao Hòa Lạc, Mê Linh…Chú ý phát triển các kho bãi chuyên dụng như kho nóng, kho lạnh.
Đối với việc quy hoạch các cảng cạn thì nên xây dựng các cảng cạn đặt trong trung tâm logistics để thuận tiện cho các công việc liên quan được triển khai liên hoàn và tiết kiệm chi phí và thời gian cho doanh nghiệp logistics. Cần phải đầu tư khoa học công nghệ và thiết bị hiện đại cho các cảng cạn. Tuy nhiên để làm được điều này cần phải có nguồn vốn rất lớn và điều đó sẽ làm được nếu TP. Hà Nội tích cực đẩy mạnh các dự án theo hình thức PPP. Bên cạnh đó cần phải có chính sách khuyến khích các công ty logistics không chỉ của quốc gia mà còn là các công ty
logistics quốc tế mở văn phòng giao dịch tại các cảng cạn để biến các cảng cạn này thành các đầu mối trung chuyển của toàn thế giới.
Tuy nhiên khi quy hoạch các trung tâm logistics và các cảng cạn cần phải chú trọng đến vấn đề là các trung tâm và cảng cạn này phải được xây dựng ở những địa điểm rộng và thuận lợi cho mọi phương thức từ đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa và đường sông. Tốt hơn hết là những trung tâm và cảng cạn cần phải được quy hoạch cách xa khu vực dân cư sinh sống nhằm giảm các tác động tiêu cực đến môi trường như ô nhiễm tiếng ồn, ô nhiễm không khí và các vấn đề xã hội phát sinh như tình trạng di dân, an ninh trật tự tại khu vực. Để làm được điều đó thì TP. Hà Nội cần phải đầu tư quỹ đất hợp lý, đầu tư phát triển các phương tiện vận chuyển sử dụng nguyên nhiên vật liện thân thiện với môi trường và thực hiện các biện pháp đánh giá tác động môi trường một cách thường xuyên.