Hiện có nhiều cơ quan, sở ban ngành cùng tham gia quản lý dịch vụ logistics trên địa bàn Hà Nội,. Điều đó dẫn đến tình trạng có sự chồng chéo trong quản lý và có tình trạng mạnh ai người nấy làm. Hậu quả là gây khó khăn cho doanh nghiệp triển khai các hoạt động của mình. Do vậy các cơ quan quản lý liên quan cần phải có sự phối kết hợp với nhau để tạo điều kiện thuận lợi nhất cho nhanh nghiệp.
Để khắc phục tình trạng quản lý chồng chéo giữa các cơ quan quản lý cần phải có các chính sách phân cấp, phân quyền giữa các cơ quan này. Đâu là cơ quan quản lý chính, những lĩnh vực nào sẽ do cơ quan nào ban hành và khi ban hành cần phải phối hợp như thế nào cần phải được làm rõ hơn.
Nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động hơn nữa của các cơ quan quản lý, cần hình thành một cơ quan quản lý riêng biệt cho dịch vụ logistics của thủ đô. Do những điều kiện hạn chế thì ban đầu có thể hình thành một phòng hoặc ban trong Sở Công thương thành phố. Cơ quan này làm nhiệm vụ hợp tác trao đổi thông tin giữa các sở ban ngành với nhau. Tăng cường vai trò của Nhà nước trong việc định hướng và hỗ trợ, tạo điều kiện cho hệ thống logistics thành phố phát triển. Nếu nhìn sang Singapore, chúng ta có thể thấy sức mạnh của Nhà nước tác động đến hệ thống logistics thành phố như thế nào. Vì vậy, để tăng cường vai trò “bàn tay vô hình” của Nhà nước thì một trong những biện pháp đó là tăng cường hơn nữa vai trò của Sở Công Thương như là đầu mối quản lý, tránh trường hợp xem ngành logistics nằm trong xuất nhập khẩu, hoặc vận tải như hiện nay. Việc phân công, thẩm quyền giữa các Sở có liên quan (Sở GTVT, Sở Kế hoạch - Đầu tư, Sở Tài chính, Cục Hải quan…) phải được quy định chặt chẽ, cụ thể, để không chồng chéo và thiếu đồng bộ. Ngoài ra, để thu hút các doanh nghiệp trong và ngoài nước mạnh dạn đầu tư thì trong một số giai đoạn và lĩnh vực, nhà nước cần đầu tư nhằm tạo cơ sở ban đầu và nền tảng cho sự phát triển của hệ thống logistics thành phố.