Một trong những yêu cầu cơ bản nhất đối với công tác quản lý tài chính là công tác lập dự toán thu chi. Lập dự toán là khâu mở đầu của một chu trình NSNN, những khoản thu, khoản chi khi đã được ghi vào dự toán chi sẽ được cấp có thẩm quyền xét duyệt. Có thể nói đây là kế hoạch định hướng về mặt tài chính cho hoạt động của Nhà nước diễn ra theo đúng mục tiêu, nhiệm vụ đã hoạch định. Dự toán được lập dựa trên căn cứ các nhiệm vụ cụ thể của từng đơn vị, định mức phân bổ, chính sách, chế độ tiêu chuẩn do cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Định kỳ theo chế độ quyết toán kinh phí đã quy định của Luật NSNN, các đơn vị khi phân tích đánh giá kết quả thực hiện của kỳ báo cáo phải lấy dự toán làm căn cứ đối chiếu so sánh. Do vậy, dự toán thu, chi đã được xác lập theo chỉ tiêu nào, theo khoản mục nào thì quyết toán chi cũng phải được lập như vậy.
Vì vậy quá trình lập dự toán cần đưa ra các mục tiêu, các kết quả mong muốn và các hoạt động để xác định các nguồn lực cần thiết trong bảng kế hoạch chi. Trong khi lập dự toán thu, chi cần đưa ra nhiều phương án để lựa chọn cách tổ chức thực hiện phục vụ nhiệm vụ được giao và đạt mục tiêu đề ra. Đồng thời cần xem xét tới những nguồn lực có sẵn và tham khảo các kế hoạch ngân sách, chỉ tiêu của các năm trước đó. Do đó việc xây dựng dự toán thu chi một cách khoa học để bảo vệ trước các cơ quan chức năng của tỉnh là hết sức cần thiết.
Trong điều kiện cụ thể ở ban hiện nay, phương pháp lập dự toán trên cơ sở quá khứ vẫn là phương pháp được sử dụng rộng rãi. Các chỉ tiêu trong dự toán dựa vào kết quả hoạt động thực tế của kỳ liền trước và điều chỉnh theo tỷ lệ tăng trưởng và tỷ lệ lạm phát dự kiến. Như vậy phương pháp này rất rõ ràng, dễ hiểu và dễ sử dụng, được xây dựng tương đối ổn định, tạo điều kiện, cơ sở bền vững cho nhà quản lý trong đơn vị trong việc điều hành mọi hoạt động. Tuy nhiên, để đáp ứng yêu cầu đổi mới của cơ chế tự chủ tài chính, một số các yếu tố chi phí Trung tâm nên nghiên cứu triển khai áp dụng phương pháp lập dự toán cấp không, các chỉ tiêu trong phương pháp lập dự toán này dựa vào nhiệm vụ, mục tiêu hoạt động trong năm kế hoạch, phù hợp với điều kiện cụ thể hiện có của Trung tâm chứ không dựa trên kết quả hoạt động thực tế của năm trước. Như vậy, đây là phương pháp lập dự toán phức tạp hơn do không dựa trên số liệu, kinh nghiệm có sẵn sử dụng phương pháp này sẽ đánh giá được một cách chi tiết hiệu quả chi phí hoạt động của đơn vị, chấm dứt tình trạng mất cân đối giữa khối lượng công việc và chi phí thực hiện, đồng thời giúp đơn vị lựa chọn được cách thức tối ưu nhất để đạt được mục tiêu đề ra.