Hiện nay, việc kiểm tra tình hình thực hiện các nhiệm vụ tài chính, kiểm tra sổ sách kế toán của Trung tâm được thực hiện định kỳ hàng năm. Tuy nhiên, nếu chỉ kiểm tra hàng năm khối lượng công việc lớn, nếu phát hiện sai sót thì điều chỉnh không kịp thời. Do đó, việc kiểm tra các khoản thu ngân sách, thu sự nghiệp của đơn vị; kiểm tra các khoản chi ngân sách, các khoản chi khác; kiểm tra việc xác định các khoản chênh lệch thu chi hoạt động và trích lập các quỹ; kiểm tra việc quản lý và sử dụng tài sản cố định; quản lý và sử dụng quỹ lương,… không chỉ được thực hiện vào cuối năm tài chính mà phải được kiểm tra thường xuyên, hàng tháng, hàng quý để kịp thời đưa ra các quyết định hiệu chỉnh. Để đảm bảo công tác quản lý tài chính được tốt thì vấn đề kiểm tra, kiểm
soát tài chính trong đơn vị là rất cần thiết. Vì thông qua công tác kiểm tra đánh giá được tình hình chấp hành dự toán ngân sách hàng năm của đơn vị, tình hình chấp hành quy chế chi tiêu nội bộ, tình hình chấp hành tiết kiệm, chống lãng phí của đơn vị đồng thời cũng đánh giá được chất lượng hoạt động, tình tình chấp hành cơ chế, chính sách và các khoản thu, chi tài chính, quản lý và sử dụng tài sản, tiền vốn, sử dụng các quỹ của đơn vị. Qua đó sớm phát hiện và chấn chỉnh kịp thời các sai phạm, áp dụng xử lý các sai phạm theo quy định, tổ chức rút kinh nghiệm, đánh giá những khuyết điểm, nguyên nhân và phương hướng, biện pháp khắc phục nhằm tăng cường công tác quản lý tài chính tốt hơn.
Bất kỳ hoạt động nào muốn đạt hiệu quả phải thực hiện kiểm tra, kiểm soát nhằm phát hiện những điểm không phù hợp để kịp thời điều chỉnh, kịp thời cải thiện hiện trạng, kịp thời giải quyết hậu quả. Do đó để hoàn thiện quản lý tài chính phải tăng cường kiểm tra, kiểm soát từ khâu lập dự toán thu, chi tài chính, đến khâu thực hiện thu chi và chấp hành dự toán thu chi và báo cáo quyết toán nhằm hạn chế tối đa sự thiệt hại về tài chính và thực hiện không đúng chế độ tài chính do Nhà nước quy định. Cần thực hiện thường xuyên kiểm tra việc quản lý tài sản để kịp thời thay thế hoặc bố trí sử dụng tài sản hợp lý.
+ Kiểm tra việc lập dự toán ngân sách thu, chi: Cần kiểm tra căn cứ lập dự toán theo các văn bản hướng dẫn lập dự toán của Bộ Tài chính và cơ quan cấp có thẩm quyền hướng dẫn.
+ Kiểm tra sử dụng kinh phí, cần xem xét từng khoản chi phí thực hiện có đúng quy định không? (có vượt quá chế độ, tiêu chuẩn, định mức do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định không? chứng từ hoá đơn có hợp lệ không?) nhất là đối với các khoản chi thanh toán cá nhân, chi thanh toán dịch vụ công cộng, chi thuê mướn, chi vật tư, văn phòng, thông tin tuyên truyền, liên lạc, chi công tác phí trong nước, hội nghị, chi các đoàn đi công tác nước ngoài và đón khách nước ngoài vào Việt Nam…
+ Kiểm tra việc sử dụng kinh phí quản lý hành chính giao để thực hiện chế độ tự chủ tiết kiệm được: Cuối năm ngân sách, sau khi đã hoàn thành các nhiệm vụ, công việc được giao, cơ quan thực hiện chế độ tự chủ có số chi thấp hơn số dự toán kinh phí quản lý hành chính được giao (kinh phí do ngân sách nhà nước cấp, các khoản phí, lệ phí được để lại theo chế độ quy định, các khoản thu hợp pháp khác), kiểm tra cần xem xét kinh phí tiết kiệm được có sử dụng đúng nội dung và mục đích không?
+ Kiểm tra việc quyết toán kinh phí: Quá trình này, kiểm tra lại số kinh phí tiết kiệm được, việc hạch toán kế toán và mục lục ngân sách có đúng quy định không? việc quyết toán ngân sách có đúng thời hạn, bảng mẫu không? xem xét quyết toán có được công khai không?