Những hạn chế của công tác QLDA tại Công ty CP Nước sạch Thái Nguyên như đã nêu ở trên là do các nguyên nhân:
- Do đội ngũ cán bộ làm công tác QLDA còn thiếu sót trong vấn đề QLDA một cách công bằng nên xảy ra tình trạng quan liêu không minh bạch trong công tác QLDA, cụ thể là công tác lựa chọn nhà thầu thi công.
- Dù đã nhận được nhiều sự quan tâm của Công ty nhưng cơ sở vật chất, kỹ thuật phục vụ công tác QLDA ở Ban QLDA đầu tư xây dựng thuộc Công ty CP Nước sạch Thái Nguyên còn rất sơ sài, lạc hậu, khó có thể ứng dụng các công nghệ tiên tiến và vì vậy chưa phát huy được tác dụng hỗ trợ quá trình QLDA ở Ban.
- Trong công tác QLDA, các dự án thường xuyên điều chỉnh về thiết kế, tổng mức đầu tư, kế hoạch nhân sự và thời gian triển khai nên các dự án thường xuyên bị chậm tiến độ. Điều này do nguyên nhân quy trình và chất lượng trong công tác lập dự án còn thiếu, vì thế dẫn đến những sai sót cần phải điều chỉnh còn khá nhiều.
- Chất lượng dự án được quản lý còn chưa chặt chẽ, chưa có sự phối hợp nhịp nhàng giữa ban QLDA, tư vấn và nhà thầu, chưa có sự sát sao của cán bộ
quản lý hiện trường trong việc tìm ra những vấn đề sai phạm gây ảnh hưởng đến tiến độ thi công. Tiến độ các dự án cũng chưa được theo dõi nghiêm ngặt, đôi khi cán bộ không chú trọng việc nhắc nhở, xử lý các nhà thầu có vi phạm về tiến độ, xuất phát từ tâm lý cả nể trong công việc vì nhiều lúc các nhà thầu làm việc với ban từ lâu năm, do đó có những mối quan hệ ngoài công việc.
- Nguồn kinh phí phục vụ xây dựng đầu tư cơ bản của các dự án nhìn chung là eo hẹp vì thế việc chuẩn bị và sắp xếp nguồn vốn cho các dự án đòi hỏi phải có sự khoa học, linh hoạt, và điều này hiện nay là điểm còn hạn chế của ban QLDA. Nguyên nhân xuất phát từ trình độ nhân viên còn nhiều điểm hạn chế đối với hoạt động quản lý tài chính.
- Sự phối hợp giữa các Ban, ngành và địa phương có liên quan đến dự án còn lỏng lẻo, thiếu đồng bộ.
- Các quy định, văn bản pháp lý của Nhà nước về công tác QLDA còn rườm rà, ngoài ra, hiệu lực pháp lý của các văn bản pháp luật chưa cao. Nhiều dự án không tuân thủ các quy định như trình tự lập, thẩm tra, thẩm định, phê duyệt dự án và sự phù hợp với chính sách, quy hoạch, kế hoạch của nhà nước trong việc ra quyết định đầu tư.