* Đối với Chính phủ: Tiếp tục hoàn thiện hệ thống văn bản pháp lý về cơ chế quản lý tài chính, chế độ kế toán áp dụng cho các đơn vị sự nghiệp được giao quyền tự chủ đảm bảo tính hợp lý, khả thi và thống nhất, tiến tới ban hành chuẩn mực kế toán công ở Việt Nam, góp phần tạo môi trường pháp lý lành mạnh và hỗ trợ cho việc quản lý, kiểm tra, giám sát của Nhà nước về hoạt động kế toán, phù hợp với điều kiện của đất nước và hội nhập với khu vực và thế giới.
Để đảm bảo hoàn thiện môi trường pháp lý về kế toán áp dụng cho các đơn vị hành chính sự nghiệp nói chung và các Bệnh viện công lập nói riêng phù hợp với điều kiện hiện nay thì ngoài các văn bản về kế toán có tính pháp lý cao nhất như Luật kế toán Việt Nam, các văn bản dưới luật còn hiệu lực, cần tiếp tục đổi mới hệ thống kế toán hành chính sự nghiệp nhất là các đơn vị sự nghiệp công lập ngành Y tế.
Cần tiếp tục triển khai việc hướng dẫn Luật kế toán ra phạm vi toàn xã hội thông qua các văn bản cụ thể để các đơn vị sự nghiệp dễ thực hiện. Đồng thời, định kỳ hàng năm phải có sự kiểm tra, tổng kết của các cơ quan chức năng đối với việc chấp hành luật của các đơn vị nhằm có những biện pháp xử lý kịp thời những hành vi vi phạm pháp luật.
*Đối với Bộ Tài chính: Cần có các văn bản hướng dẫn cụ thể hơn nữa cho các đơn vị khi áp dụng Thông tư 107/TT-BTC như việc hạch toán các hoạt động sản xuất kinh doanh.
* Đối với Bộ Y tế: Cần hoàn thiện các tiêu chuẩn, định mức áp dụng cho các đơn vị Y tế như: Ban hành tiêu chuẩn máy móc thiết bị y tế chuyên dùng, định mức vật tư tiêu hao, xây dựng các văn bản áp dụng rõ ràng để làm cơ sở thanh toán toán chi phí khám chữa bệnh BHYT.
Trong điều kiện thực hiện cơ chế tự chủ tài chính, Nhà nước cần hoàn thiện và đổi mới hệ thống định mức tiêu chuẩn, xây dựng được các định mức chi phí hợp lý, phù hợp với điều kiện phát triển đất nước cũng như phù hợp với điều kiện phát triển của ngành y tế. Bởi hệ thống các tiêu chuẩn, chế độ, định mức, là những chuẩn mực cực kỳ quan trọng để đo lường tiết kiệm hiệu quả của các hoạt động. Nó là điều kiện để đảm bảo quản lý chi tiêu được tốt hơn, làm cơ sở cho quá trình lập, chấp hành và quyết toán ngân sách Nhà nước. Mặt khác, Nhà nước phải có chính sách tiền lương hợp lý, thể hiện được chính sách ưu tiên cho cán bộ, công chức, đội ngũ y bác sỹ trong ngành Y tế, nhằm khuyến khích họ nghiên cứu phát huy tài năng, nâng cao trình độ chuyên môn và đạo đức nghề nghiệp.
Tăng cường nguồn đầu tư, phân cấp nhiều hơn nữa về quản lý cho các Bệnh viện, nhằm phát huy tính chủ động sáng tạo của các đơn vị. Tăng cường đầu tư vốn xây dựng cơ sở vật chất và phương tiện máy móc thiết bị phục vụ công tác khám chữa bệnh. Ban hành cơ chế hoạt động riêng về tài chính cho ngành Y tế.