Bệnh viện Bạch Mai là một trong những bệnh viện lớn nhất của Việt Nam, có uy tín trong việc KCB và nghiên cứu y học. Năm 2006, Bệnh viện Bạch Mai đã đƣợc Bộ Y tế công nhận là Bệnh viện đa khoa hoàn chỉnh hạng đặc biệt đầu tiên của Việt Nam.
Bệnh viện Bạch Mai thuộc nhóm đầu tiên trong số các bệnh viện công lập thực hiện quyền tự chủ tài chính. Việc tự chủ tài chính tại đây đƣợc bắt đầu ngay từ sau khi có Nghị định số 10/2002/NĐ-CP của Chính phủ nhƣng đƣợc triển khai mạnh mẽ từ sau khi có Nghị định 43/2006/NĐ-CP. Căn cứ Nghị định 43/2006/NĐ-CP; Thông tƣ 71/2006/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế của các đơn vị sự nghiệp công lập và Quyết định số 5550/QĐ- BYT ngày 28/12/2006 của Bộ trƣởng Bộ Y tế về việc trao quyền tự chủ cho Bệnh viện Bạch Mai, Quy chế chi tiêu nội bộ ban hành ngày 21/5/2007, lãnh đạo Bệnh viện Bạch Mai đã giao quyền tự chủ trực tiếp cho các khoa có nguồn thu. Trong Kế hoạch triển khai cơ chế tự chủ, Bệnh viện Bạch Mai đã thực hiện phân cấp tự chủ tài chính tới cấp khoa chuyên môn theo nguyên tắc:
- Các khoa chuyên môn có nguồn thu trong Bệnh viện đƣợc chủ động quyết định các biện pháp thực hiện để hoàn thành tốt nhiệm vụ đƣợc giao, đƣợc đề nghị mua sắm tài sản, đầu tƣ xây dựng cơ sở vật chất từ quỹ phát triển sự nghiệp của mình theo quy hoạch chung của Bệnh viện, đƣợc liên doanh, liên kết thực hiện các dịch vụ chuyên môn.
- Về nhân sự, lãnh đạo các khoa chuyên môn đƣợc quyền cân đối nhân sự và đề nghị ủy quyền ký hợp đồng khoán nhân lực đối với các công việc
không cần bố trí biên chế thƣờng xuyên nhƣng phải đƣợc sự đồng ý của Lãnh đạo Bệnh viện.
- Về nguyên tắc tài chính: các khoa đƣợc thu giá dịch vụ theo đúng quy định của Nhà nƣớc và của quy chế chi tiêu nội bộ của Bệnh viện và thực hiện chung thống nhất trên cùng hệ thống kế toán của Bệnh viện tại Phòng Tài chính-Kế toán; đƣợc chi thu nhập tăng thêm cho ngƣời lao động và chủ động sử dụng quỹ thi đua khen thƣởng theo phƣơng án đã đƣợc Lãnh đạo Bệnh viện phê duyệt. Việc chi trả lƣơng tăng thêm đƣợc thực hiện theo nguyên tắc thu nhập tƣơng thích với đóng góp.
Việc triển khai thực hiện chính sách tự chủ tài chính tại Bệnh viện Bạch Mai đã đạt đƣợc nhiều thành tựu khả quan: đời sống của đội ngũ nhân viên, ngƣời lao động đƣợc cải thiện rõ rệt; nguồn đầu tƣ của Nhà nƣớc giảm dần theo thời gian và cho tới thời điểm hiện tại Bệnh viện đã tự chủ 100%, chủ động về các khoản thu-chi và đầu tƣ phát triển; chất lƣợng dịch vụ tăng lên, hƣớng tới vì lợi ích của ngƣời bệnh. Bệnh viện Bạch Mai có thể tự chủ đƣợc sớm và hiệu quả là do Bệnh viện vốn đã có truyền thống và danh tiếng từ lâu, số lƣợng bệnh nhân nhiều, Bệnh viện ở trung tâm Thủ đô, nơi có mức sống cao và nhiều bệnh nhân có khả năng chi trả ở mức cao cho các dịch vụ y tế.