Ngày 15/11/2001, Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội đã có quyết định thành lập Bệnh viện Tim Hà Nội trên cơ sở tổ chức lại bệnh viện Hoàn Kiếm, có chức năng, nhiệm vụ KCB chuyên khoa sâu về nội, ngoại khoa tim mạch cho tất cả các đối tƣợng bệnh nhân.
Bệnh viện Tim Hà Nội bắt đầu thực hiện cơ chế tài chính tự hạch toán toàn bộ từ năm 2005. Ngay từ những ngày đầu đi vào hoạt động, Bệnh viện đã thực hiện tự chủ về tài chính theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ. Đến năm 2017, Bệnh viện đƣợc thành phố Hà Nội
giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và biên chế. Hoạt động theo cơ chế bệnh viện công lập tự chủ và với nguyên tắc “lấy bệnh nhân là hạt nhân và trung tâm”. Hiện nay, Bệnh viện Tim Hà Nội là Bệnh viện chuyên khoa hạng I cấp thành phố.
Từ khi thực hiện cơ chế tự chủ, chất lƣợng hoạt động của Bệnh viện Tim Hà Nội đã nâng lên về mọi mặt. Tổng số lƣợt KCB tăng từ 7.005 lƣợt ngƣời (năm 2004) lên 345.575 lƣợt ngƣời (năm 2018), trong đó tổng số lƣợt KCB của bệnh nhân ngoại tỉnh từ 2.969 lƣợt ngƣời (năm 2004) lên 70.219 lƣợt ngƣời (năm 2018); số bệnh nhân đƣợc can thiệp tim mạch cũng tăng nhanh qua các năm, từ 504 ca (năm 2009) lên 8.247 ca (năm 2018). Đội ngũ y, bác sĩ của Bệnh viện cũng đã kịp thời can thiệp xử lý nhiều ca bệnh khó, giúp cứu sống hàng trăm bệnh nhân. Từ 9 khoa, phòng lúc mới thành lập, đến nay Bệnh viện phát triển lên 37 khoa, phòng, 5 trung tâm với 5 mũi nhọn chuyên môn là phẫu thuật tim mạch, can thiệp tim mạch, tim mạch nội khoa, tim mạch nhi khoa và tim mạch chuyển hóa. Không chỉ thực hiện tốt nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe cho nhân dân Thủ đô, Bệnh viện Tim Hà Nội còn tích cực chuyển giao kỹ thuật, hỗ trợ điều trị cho các bệnh viện trên khắp cả nƣớc.
Cùng với nâng cao chất lƣợng KCB, nguồn thu từ dịch vụ y tế của Bệnh viện cũng không ngừng tăng: Từ 22,5 tỷ đồng (năm 2005) lên 1.139 tỷ đồng (năm 2018), gấp 50,6 lần; giá trị tài sản ban đầu từ 50 tỷ đồng (năm 2005) lên 277 tỷ đồng (năm 2018), gấp 5,5 lần. Nguồn nhân lực của Bệnh viện đƣợc nâng cao hơn, số y bác sỹ đƣợc đào tạo sau Đại học, cử đi đào tạo chuyên sâu về chuyên môn, kỹ thuật ở trong và ngoài nƣớc tăng lên so với các năm trƣớc. Hiện nay, Bệnh viện có 1 giáo sƣ, tiến sỹ y học; 1 phó giáo sƣ, tiến sỹ; 10 tiến sỹ, 2 bác sỹ chuyên khoa II; 71 thạc sỹ y học, 41 bác sỹ nội trú... Bệnh viện xây dựng cơ chế làm việc để cán bộ làm việc với tâm thế là ngƣời cung cấp dịch vụ chứ không chỉ là phục vụ và ngƣời bệnh đƣợc coi là nhân vật trung
tâm. Bên cạnh đó, Bệnh viện Tim Hà Nội hoạt động với phƣơng châm 3H (Head, Hand, Heart - làm việc với trí tuệ, kỹ năng và cái tâm) và 3 TH (Bệnh viện thân thiện, dịch vụ thuận tiện, nhân viên thanh lịch) của các y, bác sỹ dành cho bệnh nhân và trả lƣơng cũng nhƣ các khoản thu nhập tăng thêm theo khối lƣợng hoàn thành công việc.
Hoạt động cơ chế tự chủ giúp thu nhập bình quân đầu ngƣời tăng 18,1 lần (từ 1,34 triệu đồng/ngƣời/tháng vào năm 2005 lên 24,3 triệu đồng/ngƣời/ tháng vào năm 2018). Bệnh viện đã nộp NSNN tăng dần qua các năm, từ 4,6 tỷ đồng (năm 2005) lên 14,7 tỷ đồng (năm 2018).
Ngoài những kết quả đạt đƣợc, Bệnh viện Tim Hà Nội cũng gặp phải khó khăn trong thực hiện tự chủ, một trong những khó khăn đặt ra là đơn giá các dịch vụ KCB chƣa đƣợc tính đúng, tính đủ. Mặc dù năm 2018, việc rà soát, điều chỉnh giá dịch vụ y tế đã đƣợc thực hiện, nhƣng vẫn chƣa khắc phục triệt để hạn chế trong Thông tƣ số 37 của Bộ Y tế, đó là phải tính chi phí quản lý, chi phí khấu hao vào trong giá dịch vụ y tế; khó khăn trong hạch toán thu chi và trả lƣơng cho cán bộ, nhân viên y tế. Bên cạnh đó, việc giao dự toán số tiền BHYT cho từng cơ sở KCB, cùng với việc tạm ứng và thanh quyết toán chi phí KCB bằng BHYT giữa cơ quan quản lý BHYT và các cơ sở KCB chƣa đảm bảo tiến độ, gây khó khăn cho các cơ sở KCB trong việc chi tiêu, cân đối tài chính.