Quá trình thực hiện cơ chế tự chủ của cơ quan hành chính có liên quan đến các cơ quan nhƣ sở Nội vụ, sở Tài chính và Kho bạc nhà nƣớc. Sự phối hợp tích cực của các cơ quan này có ảnh hƣởng quan trọng tới chất lƣợng thực hiện cơ chế tự chủ cũng nhƣ kết quả thực hiện.
Triển khai thực hiện cơ chế tự chủ ở các cơ quan hành chính rất cần sự phối hợp, hỗ trợ của Sở Nội vụ trong việc xác định số biên chế hợp lý, Sở Tài chính trong việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ và xác định mức kinh phí giao tự chủ, Kho bạc nhà nƣớc trong việc đảm bảo nguồn kinh phí cho các cơ quan thực hiện cơ chế tự chủ. Nếu một trong các cơ quan đó phối hợp không tốt với cơ quan hành chính trong việc thực hiện cải cách thì việc thực hiện cơ chế tự chủ sẽ gặp khó khăn. Do đó rất cần thiết phải thiết lập cơ chế phối hợp giữa các cơ quan có liên quan để đảm bảo trách nhiệm cao của các cơ quan trong hỗ trợ
cơ quan hành chính thực hiện cơ chế tự chủ, cơ chế này có thể thiết lập bằng cách đƣa ngƣời đứng đầu các cơ quan này cùng với chuyên viên đƣợc phân công phụ trách chính vào là thành viên Ban Chỉ đạo cải cách hành chính của tỉnh.
Thông qua hoạt động của Ban Chỉ đạo cải cách hành chính để thông tin đến thủ trƣởng các cơ quan này những vấn đề mà các cơ quan hành chính gặp vƣớng mắc trong quá trình triển khai thực hiện, từ đó kịp thời chỉ đạo các cơ quan này cần có sự phối hợp tốt hơn với các cơ quan hành chính để tăng cƣờng thực hiện cơ chế tự chủ tại các cơ quan hành chính.
Nhƣ vậy, Sở Tài chính không chỉ có nhiệm vụ thực hiện cơ chế tự chủ tại đơn vị mình mà còn là một cơ quan chuyên môn có trách nhiệm giúp các cơ quan nhà nƣớc khác triển khai thực hiện và thực hiện có hiệu quả cơ chế tự chủ về mặt quản lý biên chế.