Đây cũng là một giải pháp quan trọng trong việc tăng cƣờng thực hiện cơ chế tự chủ, công khai dân chủ vừa là điều kiện để thực hiện vừa là một phần mục tiêu kết quả của cơ chế tự chủ. Có thực hiện tốt công khai dân chủ mới thực hiện cơ chế tự chủ một cách hiệu quả, đồng thời thực hiện tốt cơ chế tự chủ là phải tạo ra đƣợc một môi trƣờng thực sự dân chủ trong các cơ quan. Công khai dân chủ trong các cơ quan là một vấn đề hết sức tế nhị, không có định mức để kiểm tra, đánh giá mức độ công khai dân chủ trong các cơ quan, khi đƣợc khảo sát, ý kiến của công chức trong cơ quan về mức độ công khai dân chủ cũng khác nhau. Đây là một vấn đề khá quan trọng trong thực hiện cải cách ở các CQHCNN, và cũng là một mục tiêu cần đạt tới của cải cách hành chính. Xây dựng môi trƣờng hành chính công khai, minh bạch và dân chủ tiến tới hình thành một nền hành chính hiện đại, đó là mục tiêu của cải cách hành chính nói chung, thông qua thực hiện điều đó sẽ ra tạo cơ sở cho việc thực hiện tốt các chính sách cải cách trong giai đoạn hiện nay, trong đó có cơ chế tự chủ.
Một yêu cầu quan trọng khi thực hiện tự chủ là xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ và quản lý tài sản công trên cơ sở các ý kiến thảo luận công khai, dân chủ của toàn bộ công chức cơ quan. Thực tế cũng chỉ ra, chỉ khi thực hiện tốt công khai, dân chủ thì quy chế chỉ tiêu nội bộ đƣợc xây dựng mới có chất lƣợng cao, từ đó thực hiện cơ chế tự chủ mới thu đƣợc kết quả tốt. Trong thực tế thực hiện, ở một số cơ quan, thực hiện công khai dân chủ chƣa đƣợc tốt đã dẫn đến xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ chƣa thể hiện đƣợc hết mong muốn, nguyện vọng của toàn thể công chức cơ quan, chất lƣợng quy chế không cao dẫn đến việc thực hiện cơ chế tự chủ một cách rất hình thức, hời hợt, ý thức của công chức cơ quan về việc thực hiện cơ chế tự chủ cũng bị ảnh hƣởng, không còn coi trọng và tin tƣởng vào mục tiêu của chính sách.
Yêu cầu nâng cao thực hiện công khai, dân chủ trong các cơ quan hành chính là yêu cầu chung của công cuộc cải cách, mà để thực hiện điều này một cách thực chất không phải là công việc dễ dàng, không thể nóng vội mong muốn làm đƣợc ngay một lúc. Việc này đòi hỏi phải có sự tham gia tích cực của toàn thể cán bộ, công chức trong cơ quan, phải có cơ chế lắng nghe ý kiến phản ánh của cán bộ, công chức cơ quan về thực hiện công khai tại đơn vị, trên cơ sở tập hợp các thông tin đó tiến hành kiểm tra làm rõ và giải quyết các khúc mắc. Để làm điều này đòi hỏi thực hiện tốt chức năng kiểm tra, giám sát của Ban Chỉ đạo cải cách hành chính của tỉnh, với vai trò và trách nhiệm là cơ quan quản lý cao nhất đối với toàn bộ công cuộc cải cách hành chính trên phạm vi của tỉnh. Bên cạnh đó cần tăng cƣờng hơn nữa vai trò của các tổ chức chính trị, chính trị xã hội trong cơ quan nhƣ chi bộ Đảng, công đoàn… để tạo áp lực buộc Thủ trƣởng cơ quan phải thực hiện tốt công khai dân chủ.