Thực hiện tự chủ tài chính là một nội dung trong công tác quản lý tài chính, là một cuộc cải cách có quy mô lớn, lại diễn ra trong bổi cảnh nền kinh tế
còn nhiều khó khăn, do vậy cần hội đủ các điều kiện về tài chính, ngân sách về đổi mới cơ chế quản lý biên chế, hệ thống thang, bậc lƣơng để định ra bƣớc đi thích hợp. Trƣớc hết, để đảm bảo thống nhất trong việc đánh giá kết quả thực hiện nhiệm vụ của các cơ quan nhà nƣớc từ Trung ƣơng đến địa phƣơng, Chính phủ cần sớm ban hành các tiêu chí khung đánh giá các nội dung cơ bản nhƣ: khối lƣợng, chất lƣợng công việc thực hiện, thời gian giải quyết công việc, tình hình chấp hành chính sách, cơ chế và quy định về tài chính. Dựa vào tiêu chí khung, các cơ quan chủ quản cấp trên có cơ sở ban hành tiêu chí cơ bản là căn cứ đánh giá kết quả thực hiện nhiệm vụ của các cơ quan trực thuộc.
Xuất phát từ yêu cầu, thực tiễn nêu trên kiến nghị với Chính phủ một số vấn đề sau:
- Kịp thời chỉ đạo Bộ Tài chính, Bộ Nội vụ phối hợp với các đơn vị có liên quan xây dựng và hoàn thiện cơ chế tự chủ tài chính cho phù hợp với điều kiện hiện nay và có hƣớng mở đối với từng ngành riêng biệt.
Xây dựng Nghị định quy định cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính của cơ quan nhà nƣớc,thay thế Nghị định số 130/2005/NĐ-CP và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP hiện hành. Sau hơn 15 năm triển khai thực hiện quy định về cơ chế tự chủ trong quản lý biên chế và kinh phí quản lý hành chính của cơ quan nhà nƣớc, đến nay, việc thực hiện cơ chế tự chủ đã thực hiện hầu hết ở các cơ quan nhà nƣớc thuộc các Bộ, cơ quan trung ƣơng; các cơ quan, đơn vị ở cấp tỉnh, cấp huyện. Cơ chế khoán kinh phí quản lý hành chính đã tăng quyền chủ động của các cơ quan trong quá trình chi tiêu, thực hiện nhiệm vụ. Tuy nhiên, cơ chế tự chủ cho phép thủ trƣởng cơ quan quyết định mức chi tiêu trong phạm vi kinh phí đƣợc giao nhƣng phải tuân thủ định mức đƣợc ban hành trong rất nhiều văn bản, trong khi giá cả thị trƣờng luôn biến động và định mức Nhà nƣớc ban hành chƣa đƣợc điều chỉnh kịp thời để phù hợp với tình hình thực tế; do vậy trong một số trƣờng hợp, các cơ quan không thật sự chủ động trong việc quyết định mức chi.
- Chỉ đạo các đơn vị có liên quan xây dựng đƣợc bộ tiêu chí khung trong việc đánh giá chất lƣợng, hiệu quả hoàn thành công việc, tạo điều kiện cho các bộ, ngành xây dựng tiêu chí riêng, phù hợp với đặc thù công việc.
- Thƣờng xuyên chỉ đạo các cơ quan quản lý có chức năng kiểm tra, kiểm soát việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính của các đơn vị để chấn chỉnh kịp thời, đồng thời lấy ý kiến để sửa đổi và bổ sung cho phù hợp với thực tế.