QLNN là việc tổ chức, điều hành mọi hoạt động trong xã hội, đảm bảo cho các quan hệ của các cá nhân, tổ chức thực hiện trong một trật tự nhất định, phù hợp với lợi ích chung của toàn xã hội. Tuy nhiên, mỗi chủ thể lại luôn tồn tại với những lợi ích cục bộ, vì vậy hoạt động của họ luôn có nguy cơ xâm phạm lợi ích chung, do đó các quy định pháp luật của Nhà nước có thể không được thực hiện đầy đủ. Một khi vì lợi ích cục bộ, các chủ thể thực hiện quyền và nghĩa vụ không đúng quy định của pháp luật thì các quy định của pháp luật trở thành không có ý nghĩa đối với công tác QLNN. Chính vì vậy, khi ban hành pháp luật điều chỉnh các quan hệ trong xã hội, Nhà nước không thể chỉ quy định về quyền và nghĩa vụ của các chủ thể, (được làm những gì, làm như thế nào, không được làm những gì và bắt buộc làm gì) mà phải có cơ chế bảo đảm cho các chủ thể thực hiện đúng quyền và nghĩa vụ của họ. QLNN trong hoạt động ĐKKD của DN là hoạt động quản lý vĩ mô của Nhà nước nhằm đảm bảo một trật tự trong kinh doanh. Hiệu quả QLNN trong hoạt động ĐKKD của DN có đạt được hay không, phụ thuộc vào sự tuân thủ pháp luật của các chủ thể tham gia vào quá trình ĐKKD của DN. Cùng với hệ thống pháp luật đầy đủ, thống nhất, các chủ thể tham gia hoạt động ĐKKD như các cán bộ, công chức thực hiện chức năng của CQNN với người ĐKKD là những chủ thể quyết định đến hiệu quả QLNN trong lĩnh vực này. Để các cơ quan ĐKKD, cơ quan xác nhận về điều kiện kinh doanh, vốn pháp định, cơ quan cấp giấy phép kinh doanh và người ĐKKD không vi phạm các quy định về ĐKKD, thực hiện đúng các quyền và đầy đủ các nghĩa vụ của mình, Nhà nước cần quy định về các biện pháp chế tài để xử lý nghiêm mọi hành vi vi phạm. Quy định về các hình thức xử lý vi phạm pháp luật trong ĐKKD là một trong những nội dung quan trọng không thể thiếu trong công tác QLNN. Để quản lý ĐKKD, Nhà nước có thể sử dụng nhiều công cụ quản lý khác
nhau, trong đó quy định pháp luật về xử lý vi phạm trong ĐKKD là công cụ quản lý rất quan trọng vì nó đảm bảo cho các hoạt động quản lý khác nhau của Nhà nước được thực hiện nghiêm túc. Trong nền kinh tế thừa nhận tự do kinh doanh, mặc dù chức năng chủ yếu của Nhà nước là tạo môi trường, điều kiện thuận lợi cho DN gia nhập thị trường nhưng vẫn cần gắn với việc xử lý các vi phạm trong ĐKKD, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho DN, Nhà nước và cộng đồng. Mục đích của quy định này là nhằm ngăn ngừa, giáo dục ý thức tuân thủ pháp luật về ĐKKD cho mọi tổ chức cá nhân và có cơ sở pháp lý để xử lý khi có hành vi vi phạm, đảm bảo kỷ cương Nhà nước. Đây chính là cơ chế bảo đảm cho việc ĐKKD được thực hiện đúng pháp luật trong đó cơ quan ĐKKD chỉ được thực hiện theo thẩm quyền những gì pháp luật quy định, tránh sự tuỳ tiện, xâm phạm quyền của nhà đầu tư. Về phía nhà đầu tư cũng chỉ được thực hiện quyền của mình theo phạm vi luật định và phải thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ mà Nhà nước quy định.
Quy định về biện pháp xử lý các hành vi vi phạm trật tự ĐKKD, Nhà nước đã xác định rõ hành vi nào là vi phạm, mức độ vi phạm và biện pháp xử lý với từng mức độ vi phạm cụ thể. Để đạt được mục đích ngăn ngừa, giáo dục, pháp luật bao quát hết các hành vi vi phạm, đồng thời có biện pháp chế tài tương thích với mức độ vi phạm của từng chủ thể, tránh hiện tượng quy định hình thức xử lý quá nặng hay quá nhẹ, tạo tâm lý coi thường hoặc thiếu niềm tin vào pháp luật Việt Nam.
Hiện nay, ngoài biện pháp thu hồi GCN ĐKKD theo quy định của LDN 2005 (Khoản 2 Điều 165), pháp luật hiện hành còn đưa ra hai hình thức xử lý vi phạm trong lĩnh vực ĐKKD của DN là xử lý hành chính theo Nghị định 53/2007/NĐ-CP ngày 04/4/2007 và xử lý hình sự theo Bộ luật Hình sự 1999.
Theo đó, đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính về ĐKKD, tổ chức, cá nhân vi phạm phải chịu cảnh cáo hoặc phạt tiền, ngoài ra có thể bị áp dụng biện pháp kèm theo như buộc đăng ký cấp lại GCN ĐKKD khi DN không đăng ký thay đổi khi thay đổi địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh, vốn đăng ký, người đại diện,v.v…Mức phạt tiền cao nhất được áp dụng đối với hành vi vi phạm hành chính về ĐKKD là 10.000.000 đồng (như hành vi đăng ký cá nhân không có quyền thành lập và quản lý DN, không duy trì mức vốn pháp định đối với DN kinh doanh ngành nghề phải có vốn pháp định, đăng ký không trung thực, không chính xác những thay đổi nội dung ĐKKD, bố trí người chưa có chứng chỉ hành nghề thực hiện nghiệp vụ mà quy định phải có chứng chỉ hành nghề v.v…). Việc áp dụng các biện pháp xử lý hình sự là biện pháp nghiêm khắc nhất chỉ được đặt ra đối với những hành vi ngoan cố, đã bị xử lý hành chính mà vẫn tiếp tục vi phạm.