Pháp luật về ĐKKD đối với DN trong nước do Nhà nước ban hành chỉ có thể được thực hiện khi Nhà nước tổ chức ra những cơ quan thay mặt cho Nhà nước, thực hiện chức năng kiểm tra, giám sát và tổ chức ĐKKD cho DN. Chính vì vậy, để tổ chức các hoạt động quản lý ĐKKD cho DN, Nhà nước không chỉ quy định các trình tự, thủ tục ĐKKD mà cần phải tổ chức ra cơ quan ĐKKD với các quy định cụ thể về cơ cấu tổ chức và chức năng, nhiệm vụ cụ thể. Với việc quy định như vậy, một mặt Nhà nước nhằm đảm bảo việc tổ chức, phối hợp quản lý ĐKKD cho DN có hiệu quả, mặt khác là đảm bảo sự thống nhất về mô hình tổ chức và chức năng quản lý ĐKKD trên phạm vi toàn quốc tránh sự tuỳ tiện, mỗi địa phương đề ra một hình thức tổ chức cơ quan ĐKKD.
Nhà nước là tổ chức quyền lực của nhân dân, đại diện cho nhân dân thống nhất quản lý mọi mặt đời sống xã hội vì mục tiêu chung của toàn xã hội, vì vậy phạm vi QLNN bao giờ cũng mang nội dung rộng, đòi hỏi phải có sự phối hợp quản lý của nhiều cơ quan khác nhau. Trong hoạt động quản lý ĐKKD của DN, vai trò của Nhà nước không chỉ là thực hiện việc xem xét hồ sơ và cấp GCN ĐKKD mà là một quá trình kiểm tra, xác nhận về các điều kiện kinh doanh, về
vốn pháp định, cấp giấy phép kinh doanh và đánh giá tính hợp lệ của hồ sơ, giấy tờ để quyết định việc cấp hay từ chối cấp GCN ĐKKD cho DN. Để đáp ứng được các hoạt động quản lý này, Nhà nước phải tổ chức ra nhiều cơ quan khác nhau với những nhiệm vụ cụ thể do Nhà nước giao phó. Hoạt động kiểm tra, xác nhận các điều kiện kinh doanh, cấp giấy phép kinh doanh hay xác nhận vốn kinh doanh có hiệu quả và phù hợp nhất vẫn là do các cơ quan chuyên môn, quản lý các ngành, lĩnh vực cụ thể thực hiện. Tuy nhiên, việc tổng hợp kiểm tra, đánh giá tính hợp lệ của hồ sơ ĐKKD và cấp GCN ĐKKD cho DN cần phải được thực hiện tại cơ quan chuyên trách mới có thể đáp ứng được việc theo dõi, cung cấp thông tin về hệ thống các DN, đảm bảo sự quản lý của Nhà nước. Trong các cơ quan QLNN về ĐKKD thì cơ quan ĐKKD đóng vai trò quan trọng nhất và có ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng của hoạt động QLNN về ĐKKD đối với DN trong nước. Vì vậy, bất cứ Nhà nước nào cũng coi đây là nhiệm vụ quan trọng. Thực tế, không có một mô hình vạn năng áp dụng có hiệu quả cho mọi quốc gia mà xuất phát từ điều kiện kinh tế, xã hội cụ thể, mỗi nước đều lựa chọn cho mình một hình thức quản lý phù hợp. Về cơ bản, thủ tục ĐKKD của các nước đều có những điểm chung, điểm khác nhau chủ yếu là ở chỗ cơ quan nào có thẩm quyền thực hiện ĐKKD cho DN. Một số nước như Pháp, Đức tổ chức cơ quan ĐKKD nằm trong hệ thống Toà án, nhưng cũng có những nước tổ chức một cơ quan chuyên trách thực hiện việc ĐKKD cho DN như ở Thụy Điển, Singapore.
Ở Việt Nam, pháp luật hiện hành quy định thẩm quyền ĐKKD cho DN thuộc về nhiều cơ quan khác nhau. Chính phủ là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất trong bộ máy nhà nước, thống nhất quản lý về các mặt kinh tế, xã hội. Trong việc quản lý ĐKKD cho DN, Chính phủ thực hiện sự phân cấp quản lý cho nhiều cơ quan khác nhau, trong đó, cơ quan ĐKKD giữ vai trò trung tâm,
các cơ quan liên quan khác đóng vai trò phối hợp quản lý. Thực hiện chức năng chủ thể QLNN trong hoạt động ĐKKD là các cơ quan được Nhà nước giao quyền, gồm có: cơ quan ĐKKD, cơ quan cấp giấy phép đầu tư, cơ quan cấp giấy phép đủ điều kiện kinh doanh, cơ quan cấp GCN đủ điều kiện kinh doanh, cơ quan ngân hàng xác định vốn và các cơ quan quản lý ngành, quản lý theo địa phương và vùng lãnh thổ (UBND cấp tỉnh) tham gia thẩm định đánh giá tác động ảnh hưởng của dự án đến ngành và địa phương. Chính phủ quy định quyền hạn và nhiệm vụ cụ thể của từng cơ quan, đồng thời giữa các cơ quan, giữa các ngành và địa phương có nhiệm vụ phối hợp quản lý ĐKKD, đảm bảo cho DN đầu tư đúng mục đích, phù hợp yêu cầu phát triển của từng ngành, từng địa phương trên cơ sở định hướng phát triển kinh tế – xã hội của Nhà nước. Các CQNN có thẩm quyền cấp GCN ĐKKD (bao gồm cả cơ quan cấp Giấy phép đầu tư) cho DN là Bộ KH&ĐT, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi là UBND cấp tỉnh), Ban quản lý các khu công nghiệp khu chế xuất thực hiện cấp Giấy phép đầu tư theo uỷ quyền, Phòng ĐKKD thuộc UBND tỉnh (sau đây gọi tắt là phòng ĐKKD cấp tỉnh). Tuy nhiên, hầu hết các DN trong nước thực hiện việc ĐKKD tại Phòng ĐKKD cấp tỉnh. Việc tổ chức cơ quan ĐKKD ở nhiều cấp, nhiều ngành như hiện nay nhằm đảm trách việc ĐKKD cho nhiều đối tượng kinh doanh khác nhau.
Như vậy, để công tác ĐKKD được thực hiện, bên cạnh việc ban hành pháp luật về ĐKKD, Nhà nước cần quy định về tổ chức và hoạt động của cơ quan ĐKKD. Việc quy định về cơ cấu tổ chức DN như thế nào, theo hình thức chuyên trách, thống nhất từ Trung ương đến địa phương hay tổ chức trong một Bộ, ngành đều phải căn cứ vào yêu cầu nâng cao năng lực và hiệu lực của cơ quan ĐKKD trong việc giám sát các hoạt động của DN. LDN 2005 xác định rõ quyền
hạn và trách nhiệm cơ bản của cơ quan ĐKKD tại Điều 163, nhưng về cơ cấu tổ chức của cơ quan ĐKKD thì LDN 2005 giao cho Chính phủ quy định (tại Nghị định 88/2006/NĐ-CP), theo đó cơ quan ĐKKD được tổ chức ở cấp tỉnh và cấp huyện, bao gồm:
+ Phòng ĐKKD trong Sở KH&ĐT (Phòng ĐKKD cấp tỉnh): tiếp nhận hồ sơ ĐKKD và cấp GCN ĐKKD cho các loại hình DN, bao gồm: DNTN, công ty TNHH một thành viên, công ty TNHH 2 thành viên trở lên, công ty cổ phần và công ty hợp danh.
+ Phòng ĐKKD cấp huyện thuộc UBND cấp huyện (Phòng ĐKKD cấp huyện): tiếp nhận đơn ĐKKD và cấp GCN ĐKKD cho Hộ kinh doanh. Như vậy, theo Nghị định 88 thì cơ quan ĐKKD cấp huyện không được Chính phủ phân cấp thẩm quyền cấp GCN ĐKKD đối với DN trong nước.
Như vậy, để tránh việc quản lý tùy tiện, không thống nhất, Nhà nước quy định rõ chức năng nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan ĐKKD. Khi thực hiện việc ĐKKD cho DN, cơ quan ĐKKD chỉ được thực hiện theo thẩm quyền những nội dung mà pháp luật đã quy định, mọi quyết định không dựa trên cơ sở pháp luật, vượt quá thẩm quyền quy định đều bị coi là hành vi vi phạm pháp luật và cần xử lý. Bên cạnh việc trao quyền cho cơ quan ĐKKD, pháp luật hiện hành còn quy định trách nhiệm thực hiện sự phối hợp trong quản lý với các cơ quan liên quan, hướng dẫn người ĐKKD về ngành, nghề kinh doanh phải có điều kiện, xây dựng và quản lý và cung cấp thông tin về DN…Những trách nhiệm được giao theo quy định của Nhà nước, đòi hỏi DN phải hoàn thành, trường hợp không thực hiện đúng quy định của Nhà nước sẽ không mang lại hiệu quả trong quản lý.